Having come off second-best in his first battle with an Anti Alliance transforming fighter, Shin awakes to find himself on stranded on an island, Mayan. Stuck with them while his wounds heal & while he tries to find a way to signal his base, he strikes up a friendship with island girl Mao, and an understanding of sorts with Mao's older sister, Sara.
1999年、地球に落下した異星人の宇宙戦艦を巡り統合戦争が勃発。それ以来、パイロットたちは次々と失われ、少年たちが戦場に駆り出されていた。ある日、統合軍のパイロットであるシンは愛機「F-14」で出撃するが、反統合同盟の戦闘機に撃墜されてしまう。そして、彼は不時着したマヤン島で巫女のサラと出会う。