遊戯、海馬、城之内の3人は、浮上した巨大都市・アトランティス上で、ダーツの化身である全長数キロに及ぶ巨大竜・リヴァイアサンと対峙。デッキからモンスターを召喚して攻めるが、リヴァイアサンは無傷だった。
遊戯は三幻神獣の力で巨大竜・リヴァイアサンを倒し、とらわれた仲間や敵友たちを救い出した。しかし、ダーツはこの地球上の心の闇を全て統括し、最後の大きな攻撃力となって遊戯をのみ込もうとする。
日本へ帰る旅費がないことに気づいた遊戯たちは、旅費の提供を条件に、海馬コーポレーションが主催するデュエル・トーナメント大会に出場する。海馬ランドに行くと、新アトラクションのデュエルマシンがあった。
コンピューターと戦う遊戯は、バランスの悪いドラゴン系のデッキで最上級レベルのコンピューターに苦戦する。敵はサイコショッカーなどの上級モンスターや、複雑なコンボや特殊効果を使い、遊戯のLPは200に下がる。
アメリカ海馬ランドのスタジアムで、KCグランプリの開会式が行われる。グランプリの出場者は16名で、遊戯はディフェンディングチャンピオンとして、その勝者と戦うのだ。開会式の後、すぐに第1回戦が始まった。