砂漠の真ん中に立ち、崩壊したバベルの塔を見ている浩一。 そんな同じ夢を見続ける中、日常にも浩一に異変が…。 超能力、バベルの塔、バビロンタワービル、そしてヨミ。 壮大な物語が今幕を開ける!
バビル1世が残した「大いなる遺産」のことを知る浩一。 そして同時に、自分がヨミと戦う運命であることを知る。 浩一は次々に襲い掛かるヨミの手下達と戦いながら、 自分の運命を受け入れていく…。
浩一は浩一という人間のままではヨミには勝てないことを知る。 人間としての記憶、自我を消さなければ、ヨミに勝つことはできないのか？ そんな苦悶を抱えながら、浩一はヨミと対峙することになる…。
ヨミの罠により深手を追った浩一は、ガールフレンドの由美子の看病を受ける。 由美子に励まされ、バビル2世として新たなる覚醒を遂げようとしていた…。
UNIAS(国連情報管理局)捜査官・佐伯玲香はヨミが開発した怪ロボットの秘密吉に潜入が、ヨミの部下に捕まってしまう。 絶体絶命のとき、第3のしもべとともに浩一が現れた…。
NYサウスブロンクスで謎の変死体が発見。 それはヨミが開発したウイルスによるものだった。 調査をはじめる浩一と玲香に魔の手が忍び寄り、 ウイルスに感染した玲香は吸血鬼と化してしまう…。
ヨミはバベルの塔をつきとめ、侵略作戦を開始。 バベルの塔に潜む「大いなる遺産」とは?浩一の運命はいかに…!?
壮大な攻防戦が続くバベルの塔。 浩一は、ヨミのボルテック衝動波に苦戦するが、深層意識に宿るバビル1世の力で、ヨミを葬り去る。
ヨミを出し抜いてハデスを掌握したレオンは、ハデス大幹部エンキから、長年封印されていた「ヴァルドゥーク・プロジェクト」の秘密を聞き出そうとする。 浩一は、エネルギー衝撃波でレオンの企みを阻止しようとするが…。
ヨミの残した最終兵器ヴァルドゥーク・プロジェクトを追い、アマゾンの奥地・黄金都市マノクへ向かう浩一、玲香、そしてレオン。 しかしそこには凶暴なガードプレデターが立ちはだかっていた…。
ロデム、ロプロス、ポセイドンのしもべをものともせず、ヴァルドゥークは暗黒のパワーで、世界を大寒波で覆ってしまった。 遂にヨミの最終作戦が開始されようとしていた…。
復活したヨミの最終兵器ヴァルドゥークによって寒波に見舞われた世界。 浩一は、ヨミの秘密基地に潜入するが、フェレスの罠にかかり、その間ヴァルドゥークにバベルの塔を攻撃されてしまう。 炎上し、壊滅状態のバベルの塔に現れたヨミ。 浩一とヨミの決戦の火蓋が切って落とされた！
ロデム、ロプロス、ポセイドン3つのしもべを従う浩一が勝つか?バビル1世が残した「大いなる遺産」とは?果たして浩一はヨミを倒して世界を救うことができるのだろうか? 少年の冒険は今、最大のクライマックスを迎える…!
