事の始まりは中国、軽慶市。『発光する赤児が産まれた』というニュースだった。 以降各地で「超常」は発見され、いつしか「超常」は「日常」に、「架空(ゆめ)」は「現実」となった。 世界総人口の約八割が何らかの「特異体質」である現在、個性を悪用する敵(ヴィラン)により混乱渦巻く世の中で、かつて誰もが空想し憧れた一つの職業が、脚光を浴びていた。そう、「ヒーロー」と呼ばれる職業である！ 主人公である「緑谷出久」(通称デク)もまた、将来ヒーローになりたいと願う少年。 しかし彼は、今の世の中では珍しい完全な「無個性」の人間だった。 高校入試を控え、夢と現実の間で悩むデクは、ふとしたきっかけからトップヒーローである「オールマイト」と出会う。 オールマイトにヒーローの素質を見出されたデクは、１０ヶ月に及ぶ特訓の末に彼の”譲渡する個性”「ワン・フォー・オール」を引継ぐ。 ぶっつけ本番で挑んだ実技入試において、同会場で知り合った少女「麗日お茶子」のピンチを救おうと飛び出した勇気が認められ、デクは見事憧れの名門「雄英高校」に合格する。
雄英高校ヒーロー科1年A組の面々は、引退したNo.1ヒーロー・オールマイトの後を継ぐ“次世代のヒーロー育成プロジェクト”の一環として、クラス全員で期間限定の校外活動のために日本のはるか南に位置する離島・那歩島を訪れていた。しばらく大きな事件が全く起きていない平和な島で、出久たちは駐在ヒーローとして島の人々の生活を助け、忙しく、それでいてのんびりとした時間を過ごしていた。しかしその静寂を切り裂くように、突如敵たちが那歩島に襲来、次々と島の施設を破壊していく。それを指揮するのは、「ナイン」。出久や爆豪ら1年A組のメンバーは力を合わせて敵に立ち向かう！果たして、島を襲うナインの目的とは！？そして出久たちは、この最凶の敵から島の人々を守ることができるのか！？
ヒューマライズと呼ばれる謎のグループは、奇抜な特異点が未来の世代とさらに混ざり合うと、その力が人類の終焉をもたらすという、特異点終末論を強く信じています。 皆を救うため、世界中のプロヒーローたちはUAアカデミーのトレーニング中のヒーローたちに彼らを支援してもらい、ワールドクラスの選抜されたヒーローチームを結成する。 世界を救うのはヒーローたちです。
緑谷出久とその仲間たちが新たな使命に着手する前に行われる『僕のヒーローアカデミア：世界の英雄の使命』のプロローグ。
