Tres médicos de la OMS (Lucía, Damián y Farca) viajan por el sur de México vacunando a los pobladores, para prevenir que se contagien de una peligrosa epidemia. Cuando llegan a Aguazul, un pueblo recóndito, encuentran que sus habitantes se resisten a recibirlos y también a ser vacunados.
Después de perderse en el pantano y ser atacado, Damián regresa al pueblo. Sin embargo, padece síntomas de la enfermedad y está al borde de la muerte. Sorprendida por la rápida recuperación del pueblo tras sufrir de los mismos síntomas, Lucía pide ayuda a Mateo, hermano menor del Niño, para llegar al sitio en donde tienen lugar las sanaciones.
El Niño, que acepta sanar a Damián, luego tendrá que enfrentar al líder de una comunidad vecina, que amenaza con matar a su hermano Mateo si no cura a sus enfermos también. Entretanto, Farca intenta robar el líquido azul que El Niño utiliza para sus sanaciones.
Farca ahonda su enfrentamiento con el Niño y su entorno, pero de todas maneras obtiene autorización para analizar el líquido azul. Camino a la “Ceremonia de la muerte”, Mateo le cuenta a Lucía cómo surge la Santidad del Niño. A la mañana siguiente, El Niño insiste en que Lucía le revele el mensaje que su Padre le envió a través de ella.
Lucía será forzada a transfundirle sangre al Niño. En un confuso episodio, Farca mata a una de sus captores. El Niño insiste en que Lucía tiene que transmitirle un mensaje, pero ella de todas maneras tratará de escapar.
Mateo entrega a Lucía para recuperar la confianza de su hermano. Los doctores son sometidos al Juicio del Desconsuelo para curar sus almas. Todos los enfermos del pueblo vecino van a pedirle ayuda al Niño para que los aleje del sufrimiento. El Niño recibe el mensaje del Padre a través de lágrimas de sangre: lograr la sanación del mundo.
Aguazul ha cambiado desde que el Niño lloró sangre y decidió sanar al mundo; ahora los peregrinos buscan milagros. La llegada de una periodista provoca que la Serpiente salga y declare la guerra al Niño para impedir que su popularidad crezca.
Después de perderse en el pantano y ser atacado, Damián regresa. Padece síntomas de la enfermedad y va a morir. Sorprendida por la recuperación del pueblo, Lucía pide ayuda a Mateo, pero éste se niega. Una señora la guía dónde ocurren las sanaciones