Sput é um gênio da astrofísica criado e sustentado pela avó. Tina é uma geek semi descolada que adora filmes de ação. Wes é um hacker carente e viciado em games de tiro. No primeiro episódio de Manual, os três amigos descobrem que são os escolhidos para salvar o mundo de uma aliança formada entre aliens, ninjas e zumbis. Isso se eles aprenderem a usar uma estranha chave.
Sput, Tina e Wes tentam usar a chave para ir para a Comic Con de San Diego, mas acabam parando onde não deviam. Enquanto isso, Juarez pede a um velho conhecido que investigue Vanessa, mulher que ele suspeita fazer parte da Aliança. Na Andrômeda Maps, Garcia segue com o plano de assassinar idosos enquanto não encontrar Bartolomeu Boaventura. Mas ele é interrompido por uma pessoa inesperada.
Sput sai em busca de um gibi raro que conta a história de uma invasão alienígena. O perigo é que ele não é o único ser que está atrás desse documento histórico. Os aliens executam um plano macabro. Já Wes descobre o verdadeiro trabalho de Davi e chama Tina para segui-lo e, quem sabe, aprenderem alguma coisa com ele.
A passagem de um cometa agita tanto a Nazca quanto a Aliança. Enquanto Sput, Tina e Wes planejam ir a uma festa para ver o cometa, Garcia se desespera com a chegada do maior líder alien à Terra. E quando as coisas não saem como o esperado, nem para os humanos nem para os aliens, as primeiras brigas acontecem e algumas verdades importantes vêm à tona.
Querendo saber a verdade sobre seu antigo mestre de artes marciais, Tina acaba encontrando uma antiga rival e, hoje, sua verdadeira inimiga. Já Juarez decide eliminar Vanessa, mas uma revelação do passado o impede de seguir em frente. Nesse meio tempo, o primeiro objeto do Manual, depois da chave, é finalmente é descoberto.
Quando um momento ridículo de seu passado reaparece, Sput encontra nele alguém que, com certeza, é um alien. E enquanto ele vai atrás do suspeito junto com a Tina, Wes pede para que seu ídolo Davi lhe dê algumas aulas. Mas não é bem sobre como matar zumbis que Wes está querendo aprender.
Wes finalmente cria coragem e convida seu crush para um date. E como o clima é de romance, Vanessa e Davi planejam uma invasão à Andrômeda Maps, sob o olhar desconfiado de Juarez. Mas os aliens sabem se defender. E essa batalha pode atrapalhar todos os planos da Nazca, inclusive os de Wes.
Com a morte de um dos membros da Nazca, o clima é de luto. Sput decide ajudar Wes na sua missão mais difícil. Tina, por outro lado, recebe novas instruções de Juarez, mas não sabe se é madura o suficiente para isso. Enquanto isso, na Aliança, o clima é de festa. Beatriz descobre a origem de Vanessa e Garcia traça um plano para atraí-la para uma armadilha fatal. E mais um objeto do Manual é descoberto.
Desconfiado de que a Aliança está quieta demais, Juarez pressente que um grande ataque contra a Nazca está prestes a acontecer. Por isso, ele pede atenção redobrada a Tina, Sput e Wes. Mas os hormônios falam mais alto e os três enfiam o pé na jaca em uma festa nerd, especialmente Tina, que reencontra um amor do passado. Só que as consequências são piores do que eles poderiam imaginar.
Quando Juarez corre perigo, até mesmo o Vitamina entra na lista dos suspeitos. Correndo contra o relógio, Tina e Wes seguem as pistas que o velho açougueiro deixou e descobrem que essa guerra não tem mais volta. Sput, sozinho, descobre que sua avó também está desaparecida e não sabe o que fazer. Em meio a tudo isso, o último objeto do Manual é descoberto.
Wes convence Tina de um novo plano, mas uma nova briga entre eles coloca em risco a continuidade da Nazca. Depois de finalmente encontrar sua avó, Sput não desgruda mais dela - atrapalhando assim os objetivos da Aliança. Usando o seu objeto, ele faz uma descoberta que pode mudar para sempre o seu destino na Terra. E o próprio destino da Terra.
Sput coloca sua avó contra a parede e, pela primeira vez, toda a verdade é colocada em pratos limpos. Enquanto isso, Wes, Tina e Vanessa descobrem onde Juarez está e partem para salvá-lo. E é nesse momento, quando a Nazca está enfim unida, que Sput já não sabe se quer mais fazer parte dela.
O último episódio da temporada de Manual coloca, frente à frente e com todas as suas forças, Nazca contra Aliança. A batalha final é marcada pela busca de vingança de Juarez e Vanessa contra o Garcia, enquanto Sput, Tina e Wes tentam impedir o iminente fim do mundo.
