民国天津的拜河大典惊现一大一小两具尸体。大的为漕运商会会长丁义秋；小的为一死婴，通体绿毛。刚留学回来的漕运少爷丁卯认为昨晚刚刚救他上岸的小河神郭得友有嫌疑。老河神郭淳对丁义秋施展点烟辨冤，却没说结果。郭得友心存怀疑，潜入漕运商会，不顾禁忌施展点烟辨冤晕倒。被丁卯发现。
郭得友施展点烟辨冤晕倒，青梅竹马小神婆顾影赶到漕运商会解围。原来丁卯也已经验过尸，和郭得友得出的死因一致，丁义秋是死在海里。丁卯在警局拿到临时警探身份，回到龙王庙欲调查郭得友，被郭淳阻止。当晚有人潜入龙王庙偷死婴，老郭展示江湖经验将死婴夺下。丁卯折服，搬到龙王庙拜老郭为师。漕运商会胡总管埋怨郭淳为何要收下丁卯。
郭得友和顾影去鬼市查接生记录，丁卯去警局差失踪人口。最终查出薛府有个小姐薛媛媛前段时间生下一子，近日却亡。郭得友忽悠丁卯以吊唁为幌子调查，薛府老爷薛庆阳以为奸夫上门将其拿下。郭得友和顾影赶到解围。薛庆阳说薛媛媛与人私通怀上一子，后回家。薛庆阳欲掩盖家丑，将薛媛媛软禁。不聊一日薛媛媛带着孩子逃跑，落入河中溺毙。郭得友提出让薛父敛回死婴，母子合葬。薛庆阳应允。
薛府管家贵叔到龙王庙接婴尸，向郭得友道出薛府下人并未亲眼得见薛小姐淹死河中。郭得友借着送死婴的当，对薛媛媛施展点烟辨冤，发现薛媛媛真实死因。市政府肖秘书长千金肖兰兰订婚，丁卯前去随份子，在聚华大饭店门口遇到顾影和郭得友。郭得友称薛媛媛一案明天就能告破。薛媛媛即将下葬，三人赶到阻止，揭露薛媛媛真实死因，薛庆阳认罪。抬棺人突然带着棺材夺门而走。郭得友和顾影追击，丁卯留下问薛庆阳孩子的下落，得到孩子被一个神秘人劫走的消息。
尸体被殓回漕运的慈善医院，医院被漕运商会封锁。肖兰兰得到消息后觉得蹊跷，请丁卯帮忙进入医院。原因是肖兰兰的未婚夫钱子贤已经失踪多日。丁卯带着肖兰兰去医院被拒。郭得友开始着手对绑着丁义秋沉在河底的玄武像展开调查。丁卯回漕运质问胡管家为何封锁，得到怕暴发疫情的借口。丁卯回想起薛庆阳供述抢走薛媛媛孩子的人的特征，似乎跟自己的父亲非常吻合。丁卯意志消沉地回到龙王庙，郭得友告诉他，有办法能进医院。郭得友、丁卯、顾影潜入医院停尸房。
郭得友、丁卯、顾影潜入医院停尸房，发现肖兰兰也混了进来。钱子贤的尸体也混在群尸中。丁卯验尸得到尸体都有一种怪病，呈现为血管有蓝紫色曲张。但钱子贤身上却没有这种感染。所有人都是中毒而死。线索混乱，郭得友点烟辨冤，得出这些尸体生前都吸食过鸦片。通过鸦片的线索，郭得友和丁卯兵分两路，各自展开调查，得到的所有线索都指向一处——位于租界的聚华大饭店。
郭得友和顾影，丁卯和肖兰兰，不约而同来到聚华大饭店。郭得友制造混乱，四人趁乱混进了饭店后院隐藏的鸦片馆。四人大闹鸦片馆，逃走时发现一间密室，里面藏有漕运商会的船只调遣记录。警察查封烟馆，郭得友抓出隐藏很深的烟馆管理者，王掌柜。王掌柜被丁卯带回警局审问，得到其父亲丁义秋一直贩卖鸦片的消息。
当晚胡总管来警局看望丁卯，离开后丁卯发现王掌柜离奇溺死于牢房之中。郭得友经过一番推断，得出结论。肖兰兰通过被封存的报纸查到了玄武像的出处，并且得知丁义秋、胡海江、郭淳二十年前剿灭了一个叫做魔古道的邪教。郭得友利用丁卯伏法的假消息，逼出杀死王掌柜的真凶——胡总管。与此同时，老河神郭淳失踪。郭得友向丁卯讲解了胡总管杀死王掌柜的手法。得知真相的丁卯几近崩溃，胡总管被捕。
丁卯安慰胡总管的妻子，透露出胡总管的儿子胡天明曾为漕运商会卖命而死。如今胡妻孤苦伶仃，丁卯动容。漕运商会的死对头一生门码头上惊现漕运手下冯二马的尸体，双方约下文斗。顾影带着冯二马儿子小孩暂住龙王庙，冯二马尸体也被敛回龙王庙。丁卯来到监狱探望胡总管。胡总管在监狱里向丁卯详细讲述了魔古道的历史，以及丁义秋和魔古道二十年的纠葛，偷走死婴的就是丁义秋，最后为了警醒世人魔古道复苏，丁义秋请求胡总管将自己杀死沉尸。最后，胡总管只请求丁卯保护好漕运。丁卯继任漕运会长。同时，冯二马尸体运往龙王庙。
丁卯来到龙王庙验尸冯二马，从伤口中找到半颗牙齿，而且凶手没有左手无名指。 郭得友对牙齿点烟辨冤，得出咬死冯二马的是一个死人，而且极有可能是已经战死的漕运打手孙老七。郭得友、丁卯、顾影捞到墓地掘墓验尸，发现棺中竟然没有尸体。郭得友判断跟盗墓贼有关，遂带二人潜入盗墓贼老巢，鬼市的深处。三人从盗墓贼老大口中知，孙老七尸体是冯二马死前雇佣盗墓贼挖出的。
小海通过吃早餐回忆起了案发现场。通过小海的回忆，得到孙老七从水中跃出将冯二马拉下水咬死。线索错综迷离。郭得友决定下河去找孙老七。丁卯回忆起儿时跟胡天明的相处时光，不禁感慨。漕运码头上，血腥的文斗展开，丁卯傻眼。就在双方越战越勇之时，文斗被水下冒出的活死人孙老七打断。郭得友及时赶到，杀死活尸孙老七。丁卯和郭得友发现孙老七嘴里吐出一种奇怪的甲虫，郭得友联想到之前潜入医院停尸房时，似乎也接触过这种虫子，随即赶回医院。
连化清出现，用一种乐器，控制浮尸复活。郭得友和丁卯在医院大战百具活死人。与此同时，龙王庙的冯二马也复活，于顾影和肖兰兰展开搏斗。郭得友丁卯成功逃脱，并引发医院爆炸。冯二马也被自己的儿子小海刺死。连华清终于跟丁卯和郭得友见面，并用匕首划开了丁卯的腹部，流血不止。丁卯命悬一线，生死难料。郭得友利用点烟辨怨完成缝合，化险为夷。丁卯在医院醒来，他的德国导师，病毒专家施罗德前来看望，解释活尸源于一种寄生虫，连华清可以驱动活尸，其实是在操控虫子。
丁卯刚刚伤愈，郭得友却上门找丁卯借钱。此时漕运码头因为剧组拍电影而发生冲突，郭得友随丁卯来到码头解决问题，结识了影星王美仁，并应邀聚参加电影宣传晚宴。郭得友来到在鬼市花重金买关于魔古道的情报，就在知情人正要吐露消息时，被奇怪的飞索击杀。凶器疑似江湖秘传神仙索。电影宣传晚宴上影星王美仁应邀表演魔术，但表演过程中突发事件，戏法大师黄一索被吊死在舞台上。
黄一索被吊死，王美仁昏迷，顾影追到舞台后方，也离奇晕倒。王美仁惊吓过度，神情恍惚。郭得友悉心安抚，王美仁这才逐渐平静。顾影在龙王庙转醒，回忆当日是被一个光头胖子抛洒香粉，胖子手中似乎拎着一个皮箱，随即顾影晕倒。郭得友扮作信马潜入黄府，得知黄一索生前贪好酒色。巧遇丁卯顾影。三人意欲深入调查，被黄老夫人阻止。黄府二公子黄玉登报约战杀兄凶手。多方线索指明凶手为早年被黄府逐出门的吴老显。顾影和丁卯追查到吴老显住处，顾影向丁卯陈说多年前与郭得友的一段渊源。同时黄府二公子黄玉离奇失踪。付队长前来黄府调查。
顾影丁卯前去捉拿吴老显，郭得友随后跟随，吴老显房中种植奇花，三人分别身中幻术，顾影丁卯险些丧命。郭得友身陷辨冤幻境，老郭在幻境现身，将郭得友唤醒。小河神赶到吴老显茅屋，见顾影昏迷，没有了气息，神魂落魄对顾影表露衷肠。谁知顾影故作昏迷，引郭得友上钩。三人破解幻术之后，终于找到被勒死的吴老显和已失神的黄玉。黄玉解释说吴老显绑架自己想杀人，出于自卫勒死吴老显。但郭得友识破黄玉诡计，揭破了黄玉杀害自己哥哥和吴老显的阴谋。黄玉对此供认不讳，将犯案过程陈述一遍。欲对郭得友痛下杀手。哪承想郭得友早有防备，虚张声势，黄玉昏迷被捕。黄玉被关到警局后神情失常，丁卯认为黄玉需要做精神检测。
郭得友、顾影、丁卯汇总线索，得出结论，欲除魔古道，先找传经人。三人决定去警局窃取档案。此时一生门崔疯子到漕运商会码头公然用高价抢夺脚力，肖兰兰出主意帮丁卯化解危机。丁卯与肖兰兰关系再进一层。王美仁受郭得友之托到警局看望付队长，郭得友趁机拿到了关于传经人的信息确实经过加密，无法破解，肖兰兰提醒，必须有母本。崔疯子计策并未得逞，气急败坏，神秘人前来表示愿意与他合作搞垮漕运商会。不久，看押黄玉警察就被黄玉勒死在警局之中，行凶之时，黄玉神智清醒，并回忆起连化青深夜探访，授计黄玉夺去下一代家主之位。第二日，付队长带人提审黄玉，黄玉再度精神错乱。
郭得友从警局套出话来，在鬼市找到了破解密码的母本，交予肖兰兰帮忙破解线索。并探听得知，今日有人买走十具尸体，用木箱子呈放。一生门和漕运商会争夺英国领事合作权限，一生门似乎早知内情，占据上风。顾影和张神婆帮一生门做法祈福，发现有人往一生门内部运送很大的木箱子。经过郭得友和顾影的追踪，得知大木箱被运进了英国领事馆。二人潜入正在举行晚宴的领事馆，丁卯也在其中与英国领事商谈合作。黄玉被押送至小西关监狱，肖兰兰破解谜题，得出“小西关特需”。郭得友顾影寻找箱子，发现有人在领事馆阁楼施展炼尸术，施术人，正是胡妻！
胡妻向郭得友顾影交代为何要施展炼尸术，不料尸体复活，领事馆大乱。潜入人群的连化青，趁机遁走。复活的胡天明擒住丁卯，胡夫人为救丁卯，与爱子同归于尽。郭得友、丁卯、顾影和王美仁有惊无险，顺利逃脱。丁卯拆阅胡夫人绝笔，心下凄然。郭得友从肖兰兰得知小西关监狱，并借助肖兰兰的帮忙成功混入小西关。丁卯也利用付队长的关系追查至此。此时，牢房内，黄玉施展缩骨功，顺利逃脱。
郭得友肖兰兰从狱警处获知特需牢房消息，劳内犯人，极度危险，正是魔古道传经人。此时丁卯付队长赶到。突然有狱警被杀，郭得友偷偷潜入牢房，特需牢房内，犯人解下眼罩，催眠了典狱长。丁卯及付队长提审黄玉，发现黄玉早已消失无踪。二人巧遇郭得友，就在郭丁赶往特需牢房之时，典狱长放出了监狱所有犯人，混战一触即发。黄玉救出了魔古道的神秘人物——传经人，小神仙。监狱一片混乱，郭得友和丁卯来到关押传经人的牢房时，发现传经人已然逃离监狱。但通过传经人控制他人的手段分析出，传经人应该是一名催眠高手。郭得友与被催眠的小女孩对峙。肖兰兰遭到犯人猥亵，丁卯挺身而出，成功解救。鱼四赶到，大战犯人。郭得友面对小女孩决定赌一把。
付队长和鱼四挺身而出，压制暴乱。郭得友貌似救下被催眠的小姑娘。黄玉现身，挟持了郭得友为人质，付队长开枪击毙黄玉。突然军队赶到监狱，接管了监狱控制权。肖三告诉肖秘书长，小神仙已死，就地掩埋。王美仁到龙王庙与郭得友告别，遇见顾影，二人和解。郭得友和丁卯找付队长了解监狱暴乱是否与魔古道有关，从付队长口中得知传经人已被处决。肖三安慰肖兰兰，言语点播肖兰兰莫要深查魔古道。肖三与连化青翻脸。反被连化青牵制。顾影与郭得友蜜意柔情被张神婆撞破，言语交锋中，张神婆得知小神仙出世，惊惧万分。经过监狱一事，丁卯与肖兰兰关系更近一步，肖父警告丁卯，不许跟肖兰兰见面。丁卯得知，接管监狱的军队，正是肖家派出。
丁卯和郭得友急欲得知传经人情况，二人从张神婆口中得知，二十年前的往事。连华清找肖三对峙，原来传经人并没有被处决，而是被肖三秘密关押，作为跟连华清谈判的筹码。丁卯与肖兰兰关系更近一步，二人在码头谈心时突然遭遇黑衣人袭击，幸好肖三及时赶到化解危及。顾影不顾神婆劝阻，来到龙王庙寻找郭得友。连华清利用肖三的疏漏，制服肖三，找到了传经人小神仙。小神仙许诺，会找到圣童！肖父从军官处得知，当日私自调兵者，正是肖三，下令全城搜捕！丁卯研习催眠，春情旖旎之间被肖兰兰唤醒，告知丁卯，小神仙尚在人间。龙王庙内，郭得友发现顾影赶仙鞭之上，有一张戏票。顾影失魂落魄，流落街头。
顾影突然失踪，郭得友感到不妙，按照留下的线索，在戏园子与小神仙会面，见识到了小神仙强大的催眠技艺。小神仙道出了魔古道的全部真相，并以顾影的生命为要挟，让郭得友投靠魔古道。肖三被连化青喂食鲜血，染上魔古道病毒！郭得友在街头偶遇肖兰兰，丁卯，告知二人已与小神仙碰面。经二人提醒，郭得友心性大变。找到神婆商讨对策。二人找到肖父讨要铁画银钩风水总图。顾影别小神仙控制，自入水牢。郭得友分析出了关押顾影的地点，寻踪觅迹前来一家废弃的火油工厂解救。郭得友与肖秘书长派遣的军队前往营救。不料军队被小神仙催眠，全部互相开枪惨死。郭得友却也是受小神仙空制入水。
危急之际，郭得友进入辨冤幻境，经师父点化，郭得友突然醒来，把小神仙拉入水中，反将小神仙溺毙，救出顾影。街道上，肖三拦住肖兰兰，告诉肖兰兰连化青有大阴谋，让丁卯组织，同时，郭得友已不可信任。得知自己是魔古道圣童身份的郭得友，决然与顾影分别，与连华清合作。连化青带领郭得友再临废弃工厂，由暗道下潜至地下。天津卫全城通缉郭得友，丁卯为此事与肖父决裂，肖兰兰跟随丁卯离去。丁卯带领漕运众人赶至工厂，与魔古道教众搏斗。争斗间，工厂烟囱轰然炸裂。
原来连华清已经找到了魔古道病毒的源头——恶水之源，是一个有剧毒的地下深潭。连华清的终极计划是炸掉水潭，感染全天津。郭得友假意合作，跟随连华清来到恶水之源。而丁卯肖兰兰也跟随线索追查至此，遭到活人尸化的肖三阻击。连华清聊到郭得友不是真的叛投，展开搏斗。击败肖三的丁卯和肖兰兰赶来帮忙。顾影被老郭带至此地，得知自己的圣童身份，此刻突然赶到，却被垂死挣扎的肖三刺伤。众人拼尽全力，也没能阻止连华清提前准备的炸弹掉入恶水之源。郭得友为救天津城与众人告别，奋不顾身跃入毒水之中。
恶水之源中的炸弹被郭得友成功拆除，却依然发生爆炸。郭得友反被指认为魔古道余孽性命难保。顾影因是魔古道圣童，血液内含抗体，成了拯救全津城的疫苗母体。肖兰兰之父肖砚因魔古道事件引咎辞职，丁卯扛魔有功虽被炸伤了腿，却被新任天津都督敖旦任命为津城秘书长。丁卯上任第一件事是清理被恶水之源污染的河道。肖兰兰的大表哥范君尧引荐了水利专家西格蒙德，提出“裁弯取直”方案，加速海河排污。因裁弯取直会损害一生门码头航运生意，一生门门主崔疯子强烈反对频频闹事。另一边，郭得友摆脱指认后，追查恶水之源爆炸根源，发现崔疯子打理的一处小矿恰好在恶水之源爆炸点的上方。于是郭得友找崔疯子探知其中内情。此时崔疯子正在一家戏院为夫人祝寿
寿宴上，崔疯子戏院厕所内突然化骨而亡。郭得友与丁卯因查恶水之源爆炸率先一步抵达案发现场，随之而来的是津城警局付队长和一生门门众。由于此前丁卯与崔疯子曾有过激烈交锋，这次丁卯更在案发现场，于是跳进黄河也洗不清，眼看双方矛盾一触即发。就在这时，都督新任命的警局郑副队长走马上任，率队解围。在其斡旋之下，丁卯与一生门门众达成，三天之内查明元凶，否则丁卯偿命的赌约。郭得友为救丁卯施展点烟辩冤，发现崔疯子食用的酒宴似有端倪，遂由酒宴追溯至戏院后厨，查到了一个给戏院京剧名角聂小秋熬参汤的小学徒身上。
郭得友丁卯两线查案。丁卯自在治疗腿伤时受到理疗师戎傲霜理疗方法银铃封的影响，记忆感观被放大，由此发迹查得崔疯子与崔夫人感情失和已久的真相。郭得友查得后厨小学徒私匿“金锅”，在老河神的指点下知晓“金锅”是一味名叫“观音莲”的药草发生化学反应而产生的现象，遂由“观音莲”顺藤摸瓜，前往鬼市得知购买“观音莲”的是位夫人。郭、丁双线合并，推测崔夫人有重大作案嫌疑，果不其然，崔夫人恰在此时于警局自首，于是便解了丁卯三日破案之围。郭、丁共审崔夫人，崔夫人供认不讳，直言因受不了崔疯子酒后打骂，一了百了。
崔夫人认罪却并不知晓崔疯子死于何种毒药。于是郭、丁重梳案情终得真凶，竟是京剧名角聂小秋。原来，崔氏夫妇夫妻情薄，崔夫人与聂小秋情深义重，密谋私奔，终未成行。所以，聂小秋经人指点下毒想同归于尽，但由于不懂“观音莲”的药性，他与崔夫人都无事，唯独杀了崔疯子。可郭、丁二人，总觉蹊跷。崔疯子的死应了其生前最爱的铜牛书立，书立将一只铜牛分作两半，崔疯子也是被化骨分作两半，这是巧合吗？崔疯子曾聘请一名名叫泰伯的西洋医生治疗胃病，死前长期服用阿司匹林，导致胃出血，才使得“观音莲”得以施展遇血则化骨的药性，这也是巧合吗？二人虽仍有怀疑，但终归崔疯子案告一段落。此时，裁弯取直一期工程爆破成功，丁卯受都督委托迎接一位抵津外交官——顾唯良。
“海龟”范君尧因开化肥厂与农民产生纠纷，拜求郭得友从中斡旋，郭得友懒得搭理。不久，郭得友又被张神婆逼婚，一时间津门皆知。无独有偶，多时不见的王美仁登门造访，不仅送来结婚请柬，还告知其未婚夫声名显赫的外交官顾唯良很可能是顾影生父，郭得友震惊。此时不明真相的顾影撞见郭得友与王美仁相会，便打翻了醋坛子，郭得友百口莫辩只拿王美仁的请柬说话。不日，郭得友携顾影参加王美仁婚礼，就在郭得友要告知顾影生父可能是顾唯良的啃节上，顾唯良当众起火自燃，化为焦炭。事后，礼品中竟有一张火牛图。不知顾唯良自燃原因的郭、丁二人，找到范君尧，范君尧对不日前郭得友拒绝帮忙耿耿于怀，郭得友表示愿意帮范君尧解决纠纷，于是范君尧化验知晓顾唯良的起火原因，是磷粉引发的自燃。
郭得友帮范君尧解决了与附近农民的纠纷。此时已然凌驾于付正队长之上的郑副队长，却急着给顾外交官的案子结案。原来引发顾唯良过敏的布纺是王美仁买的，含磷粉的过敏药膏是王美仁亲手涂的，点燃磷粉的高温灯是王美仁让人从电影公司借的，凶犯就是王美仁。付队长自是不答应，便伙同郭得友、顾影前往顾宅追查，一番搜查后得到一把钥匙。郭得友知晓顾影自小有一把长命锁。丁卯一线，裁弯取直工程要淹没一部分土地，需在启智女子学校和龙王庙之间做取舍，丁卯前往龙王庙，以给师兄新婚送贺礼的名义做郭得友和老河神的思想工作，结果却吃了闭门羹。
捞尸队众兄弟潜入水下阻止裁弯取直却被氙灯爆瞎双眼，郭得友将众兄弟救下，但从顾宅寻得的钥匙却丢在了海河里。郭、丁二人关系陷入僵局，但二人决定先解决顾外交官案。二人从床单入手，查布匹、丝线、染料，查得顾外交官过敏原虎杖，经过一番抽丝剥茧的曲折调查，最终二人竟得出，顾外交官自燃是意外。顾外交官恰好对虎杖过敏，恰好涂抹了含磷的药膏，恰好选择了一家光线较暗的酒店，恰好王美仁又能借得高亮度的高温灯，所有的一切都来自几乎不可能发生的一系列的惊人巧合。显然，这样的结果不足以说服郭、丁二人，更不足以说服都督和郑副队长，都督暗中授意郑副队长实施一个隐秘计划，但计划详略却遮遮掩掩。顾影却在这时意外得知顾外交官有可能是其生父的事实，郭得友带顾影前往王美仁处询问，最后拿到火牛图，发现火纹独特。事后郭得友要求顾影不要再查下去，顾影不肯，二人气别。
