麻見和史原作の「殺人分析班」シリーズの主人公・木村文乃演じる如月の先輩刑事・鷹野（青木崇高）の活躍を描く。捜査一課から公安部に異動し議員殺害事件のため現場へ招集された鷹野は、古代エジプト神話を模した殺害方法に違和感を持ち筋読みを始めるが、同僚の氷室（松雪泰子）は公安のやり方ではないと苦言を呈す。
偽者の森川は、鷹野（青木崇高）と氷室（松雪泰子）の目の前で爆死する。佐久間（筒井道隆）の指揮で鷹野と氷室はタッグを組み、聞き込みに当たる。その結果、本物の森川の実家を突き止める。一方、爆発物を製造していた郡司（松田洋治）の取り調べをしていた能見（徳重聡）らは、新たな爆発物の存在を知る。
世界新生教の信者で氷室の“S(エス)＝協力者”である北条（二ノ宮隆太郎）からもたらされた情報をもとに爆弾を見つけるため、教団に家宅捜索に入った公安。だが、公安の動きを察知した教団側が、爆弾を別の場所へ移動させてしまい、捜索は空振りに終わる。北条が危険にさらされるのではないかと危惧する氷室。北条は公安のスパイではないかと教団内で疑われ始め、自爆テロの実行者に選ばれてしまい……。
第2の猟奇殺人が発生。第1の猟奇殺人事件と同様、心臓と羽根が載せられた天秤と、ヒエログリフが記された石板が残されていた。鷹野は特殊な殺害方法について見解を仰ぐべく、ある人物を訪ねる。その人物は鷹野の過去に深い関わりを持つ人物であった。公安分析班は強引な手法で捜査一課から吸い上げた情報で筋読みをする。事件を読み解くうちに、実行犯としてひとりの男の存在が浮かび上がり……。
事件に関与したとされる実行犯は、氷室の尋問に対して異様な反応を見せて意識を失う。捜査により、事件直前に実行犯が接触していた人物が、公安の監視対象である民族共闘戦線（民共）という過激派組織に属する人物だったことが判明。一連の猟奇殺人事件には民共が関わっているとにらんだ佐久間は、鷹野に民共メンバーから“S”を獲得するよう命じる。その相手は11年前に鷹野が担当した事件の被害者の息子であった……。
赤崎（奥野瑛太）のスパイ行為が組織に見つかってしまい、赤崎は手ひどい“総括”を受ける。連絡が途絶えたことにより、赤崎の危険を察知した鷹野は佐久間に救出を申し出るも、一蹴されてしまう。赤崎から、佐久間が秘密裏に追っていた“葬儀屋”と呼ばれる実態のつかめない裏組織と民共のつながりを示す証拠品が提供されており、捜査は核心に迫る。そんな中、赤崎の命の危険を確信した鷹野は……。
公安捜査から外された鷹野は古代エジプト研究者の塚本（村井良大）を訪ね、ヒエログリフに書かれていたメッセージの真意に気付く。鷹野は、殺害された2人の被害者に何かしらの接点があるはずだと単独で聞き込み捜査をし、ある重要な手掛かりにたどり着く。また、9年前の葬儀屋最後のテロ未遂事件とかつての相棒・相羽隼人の亡くなった事件が同じ日付であることを知り、奇妙な符合の一致に違和感を抱く。
堤（山路和弘）を尾行した鷹野と氷室が目にしたものは、白骨化した遺体だった。これは一体誰のものか？ 殺害された進藤・笠原以外に残された虎紋会メンバーは堤、そして消息不明の里村。堤を泳がせて里村の足取りを追う公安分析班。里村の身辺を洗ううち、里村が大学時代に古代エジプトの研究をしていたことが判明。そしてある意外な人物が捜査線上に容疑者として浮上する……。
虎紋会最後のメンバーの堤も葬儀屋の犯行と思われる手口で殺されてしまう。一連の事件をエジプト神話になぞらえた真の目的に気付き、憤る公安分析班。鷹野は捜査一課第十一係時代の上司である早瀬（渡辺いっけい）の協力を得て、地道な聞き込みや周辺状況を探っていくうちに、その情報の大きな落とし穴に気付く。一方、公安の捜査情報が漏れていたことで、鷹野へ不信感を募らせる氷室だったが……。
捕まったXは、およそ一連の事件の真犯人とは想像し難い人物であった。その人物は取調室で、ある思想に基づく壮大なテロ計画を告白する。そして鷹野の元相棒・相羽を殺した真犯人として驚くべき人物の名を告げるのだった。鷹野が公安へ異動するきっかけとなった過去の事件の真相とは何か――？ そして公安部は仕掛けられた無差別テロを未然に防ぎ、国家の治安を守ることができるのか――！？
