人里離れた深い森、猛烈な風雨が荒れ狂うなかを走り続ける金髪の少女。 そんな彼女を追う者たち、そして彼女に手を差し伸べる者たち。 さまざまな思惑が激しく交錯するなか、「紗名」という名のその少女は、 生まれて初めて外の世界へと飛び出す。 ……そうして紗名がたどり着いたのは、大勢の人々が行き交う東京の繁華街・新宿歌舞伎町。 その一角にあるコンビニで、樫村蔵六という絵に描いたような“頑固じいさん”と、 彼女は出会う。
行くあてのない紗名を、ひとまず自宅に引き取ることにした蔵六。 昨日の騒ぎがどこにも報道されていないことを確認すると、彼は昔馴染みのある男に連絡を取る。 一方その頃、目を覚ました紗名の前に現れたのは、蔵六の孫娘である早苗。 彼女は仕事に出かけた蔵六に代わって、紗名の面倒を頼まれていた。 初めのうちは早苗に警戒心を抱いていた紗名だったが、次第に心を通わすように。そして彼女は、研究所での暮らしを思い返す。
「アリスの夢」を使って突然、姿を現わした紗名と早苗に樫村生花は大騒ぎに。 ひとまず騒動は収まったものの、「アリスの夢」を使わないという約束を破った紗名を、蔵六は厳しく叱る。 そこで仲裁に入ったのは、蔵六の昔からの顔なじみ・内藤。彼は、蔵六に対してある提案をする。 一方、紗名の行方を追い、鬼頭たちは着実に包囲網を狭めていき……。
一瞬の隙を突いて、紗名がミニーCらに連れ去られてしまった。 事務所に残された蔵六は内藤に対し、紗名の正体がいったい何者なのか、厳しい口調で問い詰める。 一方その頃、ミニーCが操る巨大な「腕」によって、身動きが取れない状態に陥った紗名。 彼女に対してミニーCはこう問うのだった。 「あなたは自分を人間だと思っているんですか？」と……。 すべてが絶望的に見えたその時、紗名の強い想いが思いも寄らない展開をもたらす。
コンテナ船に乗せられた、紗名と蔵六の救助に駆けつけたのは、内閣情報調査室に所属する一条零と山田のり子だった。 彼女らとともに脱出を目論む紗名の前に、再びミニーCが立ちはだかる。 透明かつ自在に動く「腕」で襲い掛かるミニーCに対し、山田と連携し、いくつもの能力を使い分けて対応する一条。 「アリスの夢」同士の激しい戦いが続くかたわら、紗名はある想いを蔵六に告げる。
季節は流れて、すでに冬。クライス＆クラークジャパンの研究所の一件もなんとか無事に終結し、蔵六の家にも平穏な日常が戻ってきた。 樫村家の一員として、すっかり馴染んだ様子の紗名。 早苗を学校に送り出した後は、蔵六とともに樫村生花に向かい、ときには仕事の手伝いに汗を流す……。 まだまだ体力的には問題を抱えているものの、紗名は“外”の世界に適応し始めていた。 そんなある日、紗名は長すぎる髪を切りに出かけるのだが……。
打ち合わせで出かける蔵六に連れられ、紗名は横浜まで足を延ばすことに。 お目付役の一条とともに、海を目にして感動したり、はたまたロボット工場の見学に赴いたり。 初めての遠出を思う存分、楽しむのだった。 打ち合わせを終えた蔵六と合流し、中華街へと繰り出した一同だが、その前に現れたのはなんと、研究所の事件のあと、姿を消していたあさひとよなが。 思わず逃げ出したふたりを、紗名と一条は追うのだが……。
どこにでもいそうな、ごく普通の小学生の女の子・敷島羽鳥。 彼女はある日、“アリスの夢”の力を発現させた。 自分の進学が原因で仲違いするようになった、両親の姿に心を傷め、神様に「優しくて仲良しのパパとママに戻りますように」と祈る羽鳥。 その祈りは、思いも寄らぬ形で成就するのだった。 一方、いつものように樫村生花でお手伝いをする紗名。 彼女はあさひとよながが、事務所を訪ねてやってくるのを楽しみに待っていたのだが……。
羽鳥たちと遭遇したあと、倒れてしまった紗名。 あさひとよながに助けられた彼女は、蔵六の家に運び込まれる。 久しぶりに顔を合わせ、楽しいひと時を過ごす一同。 しかし紗名は、蔵六をひどい目にあわせた羽鳥をこらしめるため、ある作戦を立てる……。 一方の羽鳥の心境もまた、紗名との出会いをきっかけに大きく変わろうとしていた。 能力をもてあまし、「もう二度と学校に行かない」という羽鳥を心配する親友・美浦歩は、もう一度、紗名と会うため、再び原宿の街を訪れる。
自分に会いに原宿へやって来た歩を、 自分が作り出した世界・ワンダーランドに閉じ込めてしまった紗名。 歩から羽鳥の自宅を聞き出した彼女は、今度は羽鳥をワンダーランドへと誘い出す。 羽鳥を驚かせ、こらしめようとする紗名。 しかし対する羽鳥は「自分は悪い魔女」で、「あなたなんか、ちっとも怖くないわ」と言い放つ。 さらに紗名と羽鳥、干渉しあうふたりの“アリスの夢”は思わぬ事態を巻き起こして……。
“アリスの夢”の力の衝突により、ワンダーランドの最奥部に閉じ込められてしまった紗名と羽鳥。 どこまでも続く、現実離れした世界を歩きまわる２人だったが、出口は一向に見つかる気配がない……。 一方、紗名の窮状を知った蔵六と早苗は、一条とともにワンダーランドへと向かうことに。 初めて見る紗名が生まれた世界に、思わず目をみはる２人。 しかし探索を始めて早々に、一条とはぐれてしまう。
紗名と羽鳥がワンダーランドに閉じ込められてから、外の世界では10日が経とうとしていた。 昔の約束を思い出し、羽鳥がもう帰ってこないのではないかと不安を募らせる歩。 早苗とともにワンダーランドで紗名の行方を捜しながら、これまでに起きた出来事を改めて思い返す蔵六。 一方、紗名と羽鳥の２人はついにワンダーランドの外に出る糸口を見つけ出すが、膨張速度を速めたワンダーランドが外の世界に影響を及ぼしつつあり――。
