新宮寺有朋（山中聡）の死体発見現場を見た星崎剣三（オダギリ ジョー）は事故死の可能性が高いとにらむが、北島紗英（栗山千明）は他殺だと主張。ひとまず司法解剖の結果を待つことになった。そんな中、星崎らは永遠の森学園の寮へ急行することに。寮長の阿久根淑子（宮田早苗）から、東雲麻衣（三吉彩花）の部屋が荒らされているとの通報があったからだ。寮に到着すると、四十万新也（山﨑賢人）が「椹木みこ（山田彩）の部屋にも泥棒が入ったことがある」と口にした。それはスクールバス失踪事件の約半年前、まだ生徒たちが旧寮に住んでいたころのことらしいが…。