かつて世界を崩壊させた『人類史上最大最悪の絶望的事件』―――超高校級の絶望と呼ばれた彼らは、世界各地で同時多発テロを敢行・・・それに対抗すべく組織された『未来機関』。招集された幹部の前に反逆者として引き出されたのは、かつての英雄・苗木誠だった。そして、そこに突然響くモノクマの声、「うぷぷぷ。今回は未来機関の皆さんに、コロシアイをしてもらいまーす！」
裏切り者は、未来機関の中にいる！その犯人を暴くのが、彼らに課せられたゲームだったのだ。行動を制限するNGワードが出されるバングルを腕にはめられながら、裏切り者を特定しようとするメンバーたちだったが、襲撃者を確定できないまま、時間ばかりが過ぎ、仲間の死体が増えてゆく。このゲームをクリアーする方法はあるのだろうか・・・。
コロシアイなどしなくても、脱出できる方法がきっとある――そう信じた苗木は、未来機関幹部に「コロシアイ」の放棄を宣言し、協力を求める。しかし、『人類史上最大最悪の絶望的事件』という死線を潜り抜けてきた幹部たちには、その言葉は綺麗事でしかない。ルールの存在しないコロシアイゲーム、それぞれの思惑が交錯し事態は緊迫する一方であった。
未来機関の希望ともいえる宗方。彼にはたとえ多くの犠牲が出ても、絶望を根絶やしにするためなら自分の死でさえも受け入れる覚悟があった。そんな信念を聞き、自分が築いてきた希望も、結局犠牲があったことを痛感する苗木だったが、未来機関会長の天願は宗方の甘さを見抜いていた。苗木を人類の希望であると信じる天願は後のことをたくすと言うが…。
希望ヶ峰学園76期生の忌村静子、安藤流流歌、十六夜惣之助。かつては仲が良かった3人だったが、今では忌村VS安藤・十六夜という構図でお互いを裏切り者と罵り合うようになっていた。閉鎖された空間で、その対立は過激さを増していく。一方、宗方は、かつての同朋だった天願に刃を向け、絶望をさらに憎んでいく。
探偵としてこのゲームに潜む裏切り者を調べていく霧切、大きなハンデを負う苗木を支える朝日奈。絶望的な場面でもあきらめない仲間の勇気によって自分を奮い立たせた苗木は、自分の手でゲームを壊すことを決める。そして月光ヶ原の協力によって外部とのアクセスを成功させたが、つながった先は78期生の生き残りの一人、十神白夜だった。
塔和シティーで“二代目江ノ島盾子”を名乗る、元・超小学生級の学活の時間、モナカ。彼女は世界を絶望させるべく活動を続け、未来機関のコロシアイにも紛れ込んでいた。そんなモナカを止めるべく、苗木の妹・こまると78期生の生き残り・腐川冬子が再度戦いを挑む。しかし、実際のモナカは堕落しきっており、ただの興味本位で未来機関のコロシアイを見ていたと言うが……。
「苗木誠のせいで、78期生の誰かが死ぬ」、そんな不吉な予言を聞かされる苗木たち。離れて行動し続ける霧切が危ない、そう考え状況を整理しようとするが、宗方に再び追い詰められる。その一方で、霧切はゲームから脱出するためのカギを手に入れた。しかし、その代償はあまりにも悲しいものであった。
ゲームから脱出するためのカギを手に入れた霧切だが、ここから出ることは不可能だという。その代わりに襲撃者である可能性が高い人物にたどりつき、ついに苗木たちと合流を果たす。しかし、襲撃者の手掛かりをつかんだのは霧切だけではなかった。宗方もまた、手掛かりをつかみ、同期の逆蔵十三に合流するが……。
宗方との最後の戦いを受け入れる苗木。これまでの思い出が蘇る中、どんなに悲しいことがあってもただひたすら前に進むことを決意する。その強さは、まさに希望そのものであった。宗方もまた、過去を振り返り、すべてを終わらせるべく苗木のもとへ向かっていた。そしてついにふたつの希望がぶつかりあう。
コロシアイゲームが終了した。コロシアイを続けた襲撃者、そしてゲームの真相はあまりにも信じがたいものであった。苗木は自らを囮にして、襲撃者の正体を確かめることを決意する。宗方もそれに合意するが、予想外の人物が苗木の前に立ちはだかる。
このコロシアイゲームを仕組んだ人物は誰なのか、なぜゲームが行われたのか、黒幕の真の目的はなんなのか。苗木たちは再びこの疑問に立ち返ることになる。多くの疑問が氷解していく中、ある人物が希望のためについに立ち上がった。絶望的なほど希望に満ち溢れた世界を作るために……。
