In the story, Doraemon, Nobita, Shizuka, Gian, and Suneo set out on an adventure in the Caribbean Sea. Nobita is the captain of a ship and fights his enemies on board. Shizuka gets kidnapped, and a storm impedes their journey. Mini-Dora help Nobita and friends on their journey. When the adventurers finally find the mysterious Treasure Island, they discover it is more than just an ordinary island.
Doraemon, Nobita, Shizuka, Gian y Suneo zarpan hacia el mar del Caribe en busca de aventuras. Nobita es el capitán del barco y es el encargado de pelear contra los enemigos que abordan el barco en mitad de su trayecto. Sin embargo, no puede evitar que Shizuka sea raptada. para más inri, una tormenta impide que la tripulación pueda ir tras los raptores. Con la ayuda de Mini-Dora, finalmente logran zarpar siguiendo el rastro de los villanos que persiguen, avistando tierra en la misteriosa Isla del Tesoro. Una vez allí, descubrirán que la isla encierra muchos más secretos de los que ellos nunca pudieron imaginar.
「宝島を見つける」とジャイアンたちに宣言したのび太は、ドラえもんのひみつ道具『宝探し地図』を使って、宝島を探すことに。地図が指し示した場所は、太平洋上に突然現れた新しい島だった！
ノビタオーラ号と名付けた船で宝島に向かう中、島に上陸する直前で海賊（かいぞく）におそわれてしまうのび太たち。しかも、しずかが海賊船にさらわれてしまった…！ その後、のび太たちは海賊船から逃げ出し、宝島の秘密を知る少年・フロックと、オウム型ロボットのクイズと出会う。
はたしてのび太たちは、しずかを助けることができるのか？ そして、宝島に隠された秘密とは…！？
