パパやママと庭の物置の整理をするドラえもんとのび太。すると、パパのひいおじいさんから代々伝わるという巻（まき）物が出てくる。広げてみたところ、ひいおじいさんであるのび吉が天からの災（わざわ）いにまきこまれたが、なんとか生き残ったと書いてあった。さらに、ふたたび天からの災いがやってきた時には、柿（かき）の木の下を掘（ほ）るべしとも書いてあったが、その日が来るまでは決して掘ってはいけないのだという。 何が埋（う）まっているのか、いったいどんな災いがやってくるのか気になって仕方がないのび太。そこでドラえもんは『タイムテレビ』を取り出し、のび吉が庭に何かを埋めた一週間前を見てみることに。すると、のび吉らしき少年が、水を入れた桶（おけ）に顔をつけて苦しそうにしていたからビックリ！ あわてた二人は、『タイムマシン』で約１００年前のその時代へと向かう。すると、学校で先生から「もうすぐハリーがやってきて、一時的に地上から空気がなくなる」と聞いたのび吉が、息を止める練習をしていたことがわかり…！？