The four pilots all reunite and defeat Idun together. Meanwhile, Tsubaki struggles with her emotions at leaving to synchronize with the island core. Kazuki, with the help of Akane, manages to rescue Soushi, bearing the assimilation. As the Meir begins to make its way to the atmosphere, Maya snipes at it, preventing it from spreading all over the world. Tsubaki has become one with island, as she dissolves into thin air. Idun, barely alive in the Fafner Mark Nicht, hinders Kazuki and Soushi from leaving the battlefield, but Koyo is able to save the two. On their way to the island, Soushi vanishes because of his near assimilated state.
初めての痛みに襲われるイドゥン。それこそが、総士がフェストゥムに教えていた本当の戦い方、消耗戦だった。イドゥンは恐怖におびえ戦線を離脱する。合流してミョルニアのコアにたどり着いた一騎たちは、捕らわれた総士を発見、奪還に成功する。北極のミールのコアを撃ち落とし、帰還しようとした一騎たちだったが…。
Los cuatro pilotos se reúnen y derrotan a Idun juntos. Mientras tanto, Tsubaki lucha con sus emociones al irse para sincronizarse con el núcleo de la isla. Kazuki, con la ayuda de Akane, logra rescatar a Soushi, soportando la asimilación. Cuando el Meir comienza a abrirse camino hacia la atmósfera, Maya le dispara, evitando que se extienda por todo el mundo. Tsubaki se ha convertido en uno con Island, mientras se disuelve en el aire. Idun, apenas vivo en el Fafner Mark Nicht, impide que Kazuki y Soushi abandonen el campo de batalla, pero Koyo puede salvar a los dos. De camino a la isla, Soushi desaparece debido a su estado casi asimilado.
人类和菲斯特姆的最终决战终于到来，投身战场的一骑和大家秉承着一定要活着回来的信念而战斗。乙姬为了龙宫岛选择了消失，然而在她消失的尽处又产生了新的生命。最终为人类赢得胜利的一骑却失去了总士，即使紧紧抓住还是只能失去。“总士……我就在这里……在这里……等你……永远……”一骑忍不住流下了眼泪，“只要你依然相信……有朝一日我定会回来……回到有你的地方……”苍穹的尽头传来的是总士的声音，一骑能够等到总士的归来么……
