After the destruction of the Temple base and the continued deterioration of Fractal, the Temple begins attacking the home villages of the Lost Millennium factions. While the faction leaders meeting to discuss what to do, Dias informs them that Sunda possess the "key" to restarting Fractal. Viewing the Temple as backed into a corner, the factions agree to Dias's plan to join forces and attack the Temple and destroy Fractal. Meanwhile Phryne tells Clain the truth about Nessa and herself and how they must eventually become one in order to restart Fractal. Although Clain wants to join Sunda in the attack on the Temple, Sunda instructs Clain to stay behind instead and protect both Nessa and Phryne. However, the night before the attack, Phryne sneaks out and returns to the Temple to put a stop to everything. When Clain and Nessa discover Phryne missing, they set out after her.
Il Tempio orma è alle strette e il Lost Millenium decide di sferrare il colpo di grazia. Clain viene lasciato a terra con Nessa e Phryne con il compito di proteggerle, in quanto chiavi che permetterebbero il riavvio del sistema Fractale. Phryne però vuole chiudere la questione apertasi quando ha abbandonato il tempio e quindi se ne va ancora una volta.
地下施設からなんとか生還したクレインとフリュネはグラニッツのメンバーと合流する。
フリュネとネッサの秘密……そして「鍵」の秘密をを知るクレイン。フリュネもネッサも自分にとって大切な人だとクレインは二人を守る決意を固める。
そんな中ロスミレ派の村が僧院により次々に攻撃されグラニッツの村も襲撃されてしまう。ロスミレ派はこれを機に僧院に総攻撃をかける事に。スンダはフリュネとネッサを守るようにとクレインに言うが……。
로스트 밀레니엄의 도움으로 가까스로 수도원 연구실을 탈출한 클레인, 프류네, 그리고 넷사. 이에 격분한 수도원은 로스트 밀레니엄에 대한 전면전을 선포하고 일반 사람들에게도 이에 적극 협조할 것을 회유한다. 한편 프류네는 클레인에게 자신과 넷사 그리고 열쇠에 얽힌 비밀을 말해주는데…
