中学入学と共にノーブル学園で寮生活を始めた春野はるかは、ルームメイトの七瀬ゆいと友達になる。ゆいの夢は絵本作家だったが、はるかは「プリンセスになること」が自分の夢だとは言いだせなかった。
入学式に遅刻して落ち込むはるかは反省して草むしりをするが、その時、バレエを練習する海藤みなみを見掛ける。生徒会長で学園のプリンセスと呼ばれるみなみに、はるかは「バレエを教えてください」と願い出る。
アロマが大切な3つ目のプリンセスパフュームを失くしてしまう。さらにパフが女子寮に紛れ込んだ犬と勘違いされて、風紀委員長の如月れいこに捕まる。そしてその処分について、はるかはあることを提案した。
はるかとみなみは失くしたプリンセスパフュームの行方を探るべく、ノーブル学園1年生の人気ファッションモデル・天ノ川きららに接触しようとする。隣のクラスにいるきららを訪ねてみるのだが…。
キュアトゥインクルに変身できたにもかかわらず、プリキュアとして仲間になることを断るきらら。それでも仲間に入ってほしいはるかは、きららがモデルとして活動する放課後の時間を一緒に過ごすことにする。
アロマとパフは揃った3人のプリキュアに、グランプリンセス・真究極のプリンセスになるためのレッスンを始めると告げる。そしてプリンセスレッスンパッドから指導してくれる先生、ミス・シャムールが現れた。
ノーブル学園の恒例行事、球技大会が男女混合で開催される。はるかはテニスを選び、女子生徒のファンが大勢いる人気者の男子・藍原ゆうきとダブルスを組むことになる。実は、ゆうきとはるかは初対面ではなかった。
全員が正装で参加する晩餐会、ノーブルパーティーが開催されることに。ドレスと聞いただけで舞い上がるはるかは、パーティードレス作りに挑戦。レッスンパッドで指導を受けた彼女は早速ミシンで縫い始めるが…。
着飾った生徒たちがきらびやかなホールに集まり、はるかが待ちに待ったノーブルパーティーが始まる。そんな中、突然ホールの明かりが消えた。生徒会長のみなみは原因を調べに配電盤のある倉庫へ向かうが…。
ドレスアップキーがノーブル学園の「夢あふれる場所」にあるらしい。はるかたちは夢に向かって頑張る部活動中のみんなを見て回るが見当たらない。はるかは、寮母の白金さんなら何か知っているかもしれないと考え…。
魔女・ディスピアの力でプリキュア3人とアロマ、パフ、ゆいは、絶望の檻の世界に飛ばされてしまう。そこでゼツボーグと対峙し、プリキュアが危機を迎えたその時、プリンセスパッドからカナタの声がした。
きららは大好きな「マーブルドーナツ」のグルメリポーターの仕事を得る。本番当日、発売前の新作ドーナツの試食を懸け、レギュラーリポーターの一条蘭子と「マーブルドーナツ三番勝負」で対決することになった。
寮への帰り道、森の中で美しい少女がバイオリンを弾く姿を見掛けたはるかは、すっかり虜になってバイオリンを手に入れるが、綺麗な音が出せない。はるかは落ち込むが、再びあの美しい少女に出会い…。
ノーブル学園に入学してそろそろ家族が恋しくなる1年生のために、学園に家族を招くファミリーデーが開催された。久しぶりに家族に会えたはるかは大喜びだが、小学1年生の妹・ももかはどこか不機嫌な様子だった。
見習い執事のアロマが、ミス・シャムールによる執事テストを受ける。課題はプリンセスはるかを満足させること。張り切るアロマは、はるかのために完璧な1日のスケジュールを立てるが、思い通りには進まなかった。
みなみの家族が経営する海藤グループのリゾート地を訪れたはるかたち。みなみが尊敬している兄・わたるにも会い、海の幸を食べて楽しく過ごした。そんな彼らの幸せそうな様子を岸壁からトワイライトが眺めていた。
明日は、きららときららの母・ステラが初共演するファッションショーが開催される。1人になって明日の準備がしたいと焦っているきららだったが、ステラがはるかたちに家に泊まっていくよう勧める。
はるかが大好きな絵本「花のプリンセス」の作者・望月ゆめのサイン会が開催され、絵本作家を夢見ているゆいとはるかは胸を躍らせて参加する。実ははるかは、望月ゆめに直接聞いてみたいことがあったのだ。
雨の日が続く6月。外に出られず部屋にばかりいる寮生たちは、せいらの提案で、寮内を使って宝探しゲームをすることに。その頃、トワイライトはホープキングダム王国で、あてどもなく彷徨っていた。
ドレスアップキーが9つ集まり、はるかたちが喜んでいると、キーが光を放って全員がホープキングダムへ瞬間移動してしまう。別々の場所に飛ばされた3人に、行く手を示すように手にしたキーが光の道筋を作り出した。
ブラックキーをパフュームに差し込み、ブラックプリンセスに変身したトワイライト。その姿を見たカナタは絶句。トワイライトは強力なパワーでプリキュアに襲い掛かる。そんな中、城の奥からディスピアが現れた。
プリキュアの説得でトワイライトは過去の記憶を思い出し、本来の自分を取り戻すことができた。それと引き換えにカナタがどこかに消えてしまい、彼女は自分のせいだと悲しむ。そしてそこに、ディスピアが現れる。
4人目のプリキュア・キュアスカーレットに変身したトワは、驚きながらもこの事実を受け止めた。一度に色々なことが起こって混乱しているトワを、はるかたちは気晴らしに街へ連れ出すが、トワは過去を悔やんでいた。
トワはノーブル学園の生徒になるが、ホープキングダムからこの世界にやってきたばかりなので、振る舞いや発言がずれてしまい、そのたびにきららがフォローする羽目に。しかしきららは、だんだんといら立ち…。
終業式が終わり、ノーブル学園も夏休みになる。みなみ、きらら、トワ、ゆいは、はるかの実家へお泊まりすることになる。夏休みもお泊まりも初めての経験なので戸惑うばかりのトワに、みなみが寄り添う。
夏休みで学園の生徒たちが帰省し、寮に残っているのはトワ1人だった。そんなトワが風邪で寝込んでしまい、パフは彼女を看病したいが、何をやってもドジばかり。そこへ、小さなセミのゼツボーグがパフの前に現れる。
今日は夢ヶ浜の夏祭りだ。ノーブル学園も屋台を出店し、はるかとゆいは浴衣姿で手伝う。みなみ、きらら、トワとも合流し、さらにそこに、どこか無理して楽しんでいるようなテニス部のゆうきもやってきた。
みなみの別荘へやってきたはるかたち。トワと一緒に海で遊ぶことを楽しみにしていたはるかだが、トワは海に出ず、ゆいと共に残る。そして、今までの絵日記を見せてくれたゆいに、トワは悩みを打ち明けた。
ロックにドレスアップキーを奪われてしまった。キーがなければプリキュアに変身できない。そんな時、突然キーの匂いに誘われてパフが走り出す。後を追うはるかたちは、やがて見知らぬ3人の少女たちと出会う。
ホープキングダム城が、ゼツボーグ化されて浜辺へ降臨した。城の中心の檻に閉じ込められた9つのドレスアップキーを取り戻さないとプリキュアに変身できない。はるかたちは覚悟を決めて城へ乗り込む。
夏休みが終わって今日から2学期。プリンセスパレスも手に入り、はるかの気分は上々だ。久しぶりに学園で草むしりをしようと花壇に行くと、そこで一足先に草むしりをしていたクラスメートの女の子を見つける。
イギリスに留学中の自称「みなみの許嫁」、伊集院キミマロが学園にやってきた。「マイスウィートハート」とみなみをお姫様扱いするキミマロだったが、みなみが変わってしまったと嘆き、はるかのせいだと言いだす。
ミス・シャムールは、ロックの姿になっていたホープキングダムの妖精、クロロと一緒に夢ヶ浜に出掛けた。はるかたちが探しに行くと、公園で猫の集会が開かれており、三毛猫対黒猫のオシャレ対決に加わることになる。
カナタが姿を消してしまったが、この世界のどこかにいるはずだ。その頃、「王子様に会えるかも」と銘打ったプリンセスコンテストの参加者募集の案内を偶然見つけ、はるかを代表にして、コンテストに応募する。
カナタを探しているはるかたちの元に、バイオリン職人の錦戸の工房にカナタらしき人物がいるとの情報が入る。はるかたちはすぐに工房を訪れてカナタと再会を果たすが、彼ははるかたちのことを何も憶えていなかった。
みなみは海藤グループの一員として、両親が乗っている豪華客船で関係者たちに初お披露目されることになった。はるかたちも招いて客船に乗ったみなみは、野生のイルカのティナの近くにいる獣医のあすかと出会う。
ノーブル学園の演劇会で、はるかは「ロミオとジュリエット」のジュリエット役に抜擢されるが、演出家を目指す同級生に厳しいダメ出しを受けてしまう。そこでカナタがはるかの台本の読み合わせの協力をすることに。
はるかの夢が「プリンセスになること」だと知っている男子学生・黒須が声を掛けてきた。はるかだけでなく、はるかの周りにいる人たちに近づいてみんなの夢を応援する黒須だったが、トワだけは彼を信用できなかった。
カナタから「プリンセスになんてなるな」と言われたことにショックを受けたはるかはふさぎ込んでしまう。その頃、クローズによって夢ヶ浜の町は邪悪なイバラでできた森に飲み込まれようとしていた。
カナタの記憶が戻り、ようやく兄妹としての再会を果たすことができたカナタとトワ。はるかたちはそんな2人を微笑ましく見守っていたが、突然ロイヤルキーが赤く光り出し、全員がホープキングダムへ移動してしまう。
夢ヶ浜美術館で絵画コンクールが開催されていることを聞いたゆいは、自分もコンクールに出品しようと思い立つ。しかし、コンクールを意識するほど、どんな絵を描けばいいのか分からず、気持ちばかりが焦ってくる。
ニューヨークで行われる世界的ファッションショー、ジャパンコレクションにきららも出演することになった。世界のトップモデルになる夢に向かって、きららはこれまで以上に張り切って仕事をするのだが…。
ジャパンコレクションをドタキャンしたきららは、モデル業を休業してプリキュアに専念しようと決意。そんなきららのため、はるかたちはノーブル学園のみんなを巻き込んできららへのサプライズイベントを企画する。
近頃のみなみは、何か悩みごとでもあるような様子だ。きららは、今度は自分がみなみの力になろうと彼女を呼び出して話を聞くことにした。するとみなみは、最近、繰り返し見るある夢の話をし始めた。
今日はクリスマスパーティーだ。はるかたちは、1日限定のアイドル・ユニットを結成してみんなの前で歌とダンスを披露する。そこにみなみの母親から電話が入るが、みなみはまだ自分の決意を伝えられず…。
大掃除の翌日に雪が積もり、はるかたちは大はしゃぎだ。雪だるまや雪うさぎを作って遊ぶうち、トワと生徒たちが協力して巨大な雪の城を作り始めた。そこへ、帰る場所もなく自暴自棄になったシャットが現れる。
ホープキングダムの花の城に異変が発生したとの知らせが入り、はるかたちが向かうと、1羽の小鳥がはるかを花の城の中へと招く。気付くとはるかは、見知らぬ王子に花のプリンセスとして歓迎されていた。
ノーブル学園の上空に無数のイバラでできた城と共に、ディスピアの幻影が出現。生徒たちに見られるので変身をためらうが、迷っている場合ではない。はるかたちは変身し、生徒たちはプリキュアの正体を知って驚く。
ディスピアがクローズを体内に取り込み、さらに絶望の城と同化して空に届くほど巨大化した。プリキュアたちは立ち向かうが、夢ヶ浜の街がイバラで覆い尽くされ、人々が絶望の檻に閉じ込められてしまう。
ついにディスピアを消し去ることができたが、その時「絶望は消えない」という声がした。フローラは、マーメイド、トゥインクル、スカーレットを制し、「話さなきゃ」と言って1人イバラの中へと向かっていく。
ある日突然、不思議な光に包まれパンプキン王国に連れて来られたはるかたちは、この国のプリンセスが城に閉じ込められていることを知る。プリンセスを助け出し、王国の未来を取り戻すためプリキュアたちが立ち上がる！（パンプキン王国のたからもの）
Airing right after the final episode of Go! Princess PreCure The baton pass from Cure Flora to the newest Pretty Cure protagonist; Cure Miracle from Mahou Tsukai Pretty Cure.
