アイズ・ヴァレンシュタイン―― 迷宮都市オラリオにその名を轟かす第一級冒険者。数多の羨望・憧憬をその身に浴びる彼女へ、憧れの視線を投げかける少女が、ここにもひとり……。 レフィーヤ・ウィリディス―― ロキ・ファミリアに所属するエルフの魔道士。彼女はダンジョン深層にうごめく怪物（モンスター）への恐怖に囚われ、その並外れた魔力を生かしきれずにいた。 そんな折、遠征中のファミリア一行の前に現れた新種の怪物。都市最大派閥、屈強の冒険者たち。地上の光すら届かない深層で繰り広げられる未知との戦い―― これは『剣姫』を中心に記されていく、 苛烈極まりない【眷族たちの物語（ファミリア・ミィス）】。
ダンジョン遠征中に遭遇した新種の怪物(モンスター)の攻勢により、ロキ・ファミリア一行は大打撃を受け、撤退を余儀なくされてしまった。 無事、地上へと帰還を果たした一行ではあったが、遠征の収穫も芳しくない。そんな中、アイズは主神(ロキ)の手により、ステイタスを更新する……だが、死線をくぐり抜けた代償というには、余りに微々たる成長で、アイズはひとり苦悩を抱えることに。 その表情の曇りが気に懸かったレフィーヤ。 「よしっ。がんばってアイズさんを励まそうっと！」 ティオネとティオナの協力もあおぎ、レフィーヤは、アイズを元気づけようと画策するが――。
前回の遠征で愛剣【デスペレート】を消耗させてしまったアイズ。代用の剣に慣れるため、レフィーヤとダンジョンへと向かうことに。未だ戦闘に慣れないレフィーヤは、再びアイズに危機を救われる。 ホームへの帰路、思い切ってアイズを『怪物祭(モンスターフィリア)』に誘うレフィーヤ。一度は了承され舞い上がるが、神・ロキの命により、アイズはロキと怪物祭に行く運びに。 落胆――そして彼女は痛感する。『剣姫』の隣に並び立つには、自分は余りに弱すぎるということを……。 怪物祭当日。ティオネ、ティオナと出かけたレフィーヤは、怪物(モンスター)の脱走騒ぎに巻き込まれる。その中には深層で見た、あの未知の怪物も――。
アイズは愛剣の修理代を稼ぐため、派閥の面々とダンジョンへ赴く。しかし立ち寄った【迷宮の楽園（アンダー・リゾート）】リヴィラの街で思わぬ事件に巻き込まれてしまう。それは、冒険者による冒険者殺し――迷宮（ダンジョン）内での殺人事件だった。 一方、地上に残ったベートは、ロキと怪物祭（モンスターフィリア）の騒動の調査へ。古い地下水路内で再び花の怪物（モンスター）と遭遇する。迷宮外での遭遇、極彩色の魔石……確かな手がかり、収穫を手に地上へと戻るロキとベート。そこで更なる――予期せぬ手がかりを掴むことに。 未知なる怪物と遭遇した地下水路、そこに残された『何者か』の匂い。その『匂い』を放つ者と出会うことで――。
フィンやアイズが逗留するリヴィラが怪物（モンスター）たちの襲撃を受ける。幾度となく繰り返されたアンダーリゾートの日常ではあるが、今回は趣が異なっていた――襲撃してきたのは新種の花型怪物、そしてアイズの前に、それらを操る【調教師（テイマー）】の女が。 アイズと対峙するさなか、女はとある名を口にする。それはアイズを狼狽させるに十分すぎる響きを持っていた……。 一方ロキは、ギルドを訪れウラノスと対面していた。そこで核心に迫るための疑問を発する。 「――事件の黒幕は、ギルドか？」
「もっと力があったら……」 赤髪の調教師（テイマー）との一戦後、深層に残る事を決意したアイズ。眼前に見据えるは、迷宮の孤王（モンスターレックス）【ウダイオス】。勝ち目など無いに等しい、無謀とも思える挑戦……。リヴェリアが見守る中、アイズは単身、階層主に立ち向かう。 「己を遥かに超える存在を打倒し、自らを超克する。それが器の昇華に必要な絶対条件――」 幾度膝を折ろうとも、どれ程の傷を負おうとも、剣を握り締め、立ち上がる。更なる高みに至る為に。 彼女の心奥に在る、『理由』とは――。
レベル６にステイタスを昇華させたアイズの元に『依頼（クエスト）』が舞い込む――２４階層で生じた怪物（モンスター）の大量発生、この原因を調査し解決せよ、と。 胎児の宝玉や赤髪の【調教師】との関連を匂わされ、アイズは漆黒のローブを纏う謎の人物から依頼を受諾。 アイズが厄介事に巻き込まれたと知ったロキは、レフィーヤとベートに追跡を命じる。更に【ディオニュソス・ファミリア】のフィルヴィスも加わり臨時パーティが結成される。 だが険悪な空気を漂わせるベートとフィルヴィス。レフィーヤはどうにか執り成そうとするが――。
赤髪の【調教師（テイマー）】レヴィスと再び対顔したアイズ。剣をひと結びした後、レヴィスはアイズのステイタス昇華を察する。 「貴方に……負けたくなかっただけ」 漆黒の階層主すら退けたアイズの刃が、レヴィスを追い詰めていく。 一方で、アイズを追うレフィーヤ、アイズと分断された【ヘルメス・ファミリア】の面々は、それぞれに難局を迎えていた。『死妖精（バンシー）』という忌み名と、それにまつわる過去を知られたフィルヴィスは、レフィーヤたちと別行動を取ると言い出し、食料庫（パントリー）の大空洞へと至った【ヘルメス・ファミリア】の前には、大主柱（はしら）に寄生する巨大な花の怪物（モンスター）が――。
【白髪鬼（ヴェンデッタ）】の魔石を喰らい、更なる力を手にしたレヴィスから、５９階層に来いと告げられたアイズ。 一旦地上へ戻り、深層遠征の準備を進める中、アイズはギルド本部に向かう。逃げられっぱなしの彼の少年、ベルに謝罪をする為に。 ごく短期間で駆け出しの冒険者から１０階層の怪物（モンスター）を相手取るまでに急成長した少年。レヴィスとの一戦を脳裏に過らせ、アイズは少年に求めてしまう――成長の秘訣を。高みへの可能性を。それ故、戦いの師を持たぬという彼の悩みを聞いた際、思わずアイズは答えていた。 「じゃあ――私が教えてあげようか？」
ベルと訓練を共にするアイズを、突如急襲した冒険者は美神（フレイヤ）の眷族――【女神の戦車（ヴァナ・フレイア）】と【黄金の四戦士（ブリンガル）】だった……。 警告の意図を掴みかねるアイズだったが、遠征出発の日、約束の最終日まで特訓を続け、ベルはアイズの眼前で尋常ならざる成長を見せた。アイズ自身も、更なる境地に至るため、未踏の地を目指し歩を進めようと意を決する。 そして再び始まった【ロキ・ファミリア】の遠征――だったが、上層でミノタウロスとベルが対峙しているとの一報が。反射的に駆け出すアイズ。その行く手を阻んだのは都市最強の冒険者――美神派閥（フレイヤ・ファミリア）の団長【猛者（おうじゃ）】オッタルだった。
中層の怪物、ミノタウロスを撃破したレベル１の冒険者ベル・クラネル――駆け出しの少年が見せた、苛烈な『冒険』は【ロキ・ファミリア】の幹部たちにも少なからず影響を及ぼしていた。 尊敬する先達を触発してしまうほどの『偉業』。少年を好敵手としていたレフィーヤの心情は穏やかではない。だが、今はまだ、誰かと比較している場合ではないと、レフィーヤは思い直す。追いつきたい人たちがいる――自分もまた『冒険』の真っ只中であるのだと。 各々の思いを胸に抱きつつ【ロキ・ファミリア】は潜り続ける、レヴィスが示した深層『５９階層』を目指して――。
未知の階層、未知の光景。【ロキ・ファミリア】の眼前に現れた美しき異形――巨大植物の怪物（モンスター）『死体の王花（タイタン・アルム）』を依代に、寄生させた宝玉から羽化した精霊。極彩色の魔石を喰らい強化種へと成長したそれは、おおよそお伽噺からは掛け離れた姿をしていた……。 芋虫型や花形、女体型といった新種の怪物たちも、すべては彼女『穢れた精霊』の成長のために存在していた。そして彼女が最後に望んだもの…… 「アリア」 呼びかけとともに、視線はアイズを捉えた――。ここは迷宮の深部、生き残る道は勝利のみ。前代未聞の能力を有する精霊に対するは都市最大派閥の精鋭たち。 人知れず、迷宮都市最大の戦いの火蓋は切って落とされた――。
