An eminent biologist, Dr. Murayama, discovers a new clean energy source, and Destron's Machinegun-Snake is sent to seize the data. Failing to grab the doctor, he kidnaps assistant Nishizaki Michiko. When she refuses to talk, Machinegun-Snake targets Tsutomu, her son. Kazami Shiro is injured by the mutant! Can V3 protect Tsutomu, his friend Mamoru, and rescue his mother?
El Doctor Murayama investiga una nueva fuente de energía segura para reemplazar la nuclear cuando Destron envía a Machinegun-Snake y ataca al científico sin lograr conseguir su preciada investigación. Su próximo objetivo para obtenerla será la ayudante de Murayama que al comprar un regalo para su hijo Tsutomu en la tienda de deportes Tachibana pierde su cartera y es recogida por Shiro que pretende devolvérsela. Mientras celebra con su hijo el cumpleaños de este el malvado cyborg aparece y secuestra a la madre del muchacho que junto a su amigo Mamoru intentará pedir ayuda cruzándose con Shiro en vano al no saber nada esté de su situación. Mas tarde V3 se enfrentará al letal hombre-serpiente, tras asesinar a Murayama y mientras persigue a los dos muchachos, siendo herido de gravedad en una pierna.
