人類と冥獣との戦争、ディストニア戦争終結から3年。大戦の英雄だった大鳥居あすかは魔法少女を退役し、女子高生としての生活を送っていたが、ある日街でテロが発生し……。
再び魔法少女へと変身し、テロリストから友人を守ったあすか。そんな彼女へ、同じマジカル・ファイブだった夢源くるみの情報が入る。彼女は今もなお、戦いを続けていた。
転校してきたくるみを迎え、あすかは友人たちとプールに遊びに行くことに。魔法少女としての戦いの日々から遠ざかり、穏やかな日常に浸るあすかであったが……。
監禁され、アビゲイルたちに拷問を受ける希美。希美が誘拐されたことを知って焦るあすかだが、公安もM班も動けない状態にあった。それを聞いたあすかは……。
魔術傭兵のコンビを前に苦戦するあすか。一方、くるみの応急処置もあり希美は一命をとりとめる。しかし、希美の負った傷は外傷以上に精神を蝕んでおり……。
バベル旅団の情報を追って日本へやって来たミアは、ジュリア、アーロンと共に潜入調査を行う。一方、あすかは近所の七夕祭りでサンディノという気さくな女性に出会う。
M班に加入したあすかの最初の任務は、北海道でのロシアン・マフィアとの戦闘。そこにマジカル・ファイブのタマラが関わっている可能性も示唆され、出動するものの……。
沖縄で父親から虐待を受ける少女、与那嶺ちさと。ある日、彼女はバベル旅団のギースによって魔法少女となる。そしてあすかたちも時を同じくして、沖縄へ向かっていた。
6th・ナハ開催が迫る中、トポロジー・ブリッジから現れたのは、妖精国家メリピコのタビラ将軍。しかし、同時に彼女を狙うバベル旅団のギースと冥獣軍団の襲撃が発生し……。
冥獣との戦闘に街中で巻き込まれた希美と紗綾子。前線に立って戦うミアとタマラ。そして散っていく多くの兵士たち。残ったあすかとくるみの戦いも今、始まろうとしていた。
くるみVSちさと、あすかVSギースの激しい戦いが続いていた。対魔法少女用の兵器として改造されたギースにあすかが苦戦する中、動いたのは飯塚であった。
アスカとその仲間たちがM-Squadのメイド喫茶に招待され、女王の最終計画が具体化し始める。
