Kira and Mu face terrifying revelations in an encounter with Rau. Dearka and Yzak have their own meeting where they question what they are truly fighting against. Meanwhile, the Dominion and the Earth Alliance once again attacks. Rau returns to his ship and sends Flay back to the Earth Forces.
Ayant entraîné La Fraga et Kira au sein des installations abandonnées de Mendel, Le Creuset leur dévoile le terrible secret qu'elles renferment, un secret qui les concerne tous les deux.
Pendant ce temps, le Kusanagi et l'Archangel effectuent des réparations de fortune, alors qu'une nouvelle menace se profile.
Kira e Mu affrontano terrificanti rivelazioni in un incontro con Rau. Dearka e Yzak hanno il loro incontro in cui mettono in discussione ciò contro cui stanno veramente combattendo. Nel frattempo, il Dominion and the Earth Alliance attacca ancora una volta. Rau ritorna sulla sua nave e rimanda Flay alle forze terrestri.
廃棄された遺伝子研究所へムウとキラを誘い込むラウ。そこでラウはキラの素性を語る。キラは1人の研究者の狂気の夢の産物、最高のコーディネイターとして作られた人間だった。そして自らの出生の秘密とムウとの因縁も明かし、自分には全人類を裁く権利があると言い放つ。
在殖民卫星门德尔的研究所内部，穆和基拉两人因克鲁泽说出的冲击性的事实而受到极大的震撼：原来基拉是双胞胎中唯一被进行遗传基因操作而在人工子宫里成功出生的新人类；而克鲁泽竟然是穆的父亲——阿尔塔·佛拉达的克隆体；克鲁泽的最终目的，则是终结这个充斥着欲望的世界。 穆和基拉留在了研究所里；克鲁泽则返回了威萨利乌斯号上。 克罗特等三人恢复过来后，主天使号再度对大天使号发动了攻击；而强袭、暴风和自由三架高达均未返回的大天使号，只得由正义高达独自应战。 另一方面，返回到威萨利乌斯号上的克鲁泽，将“打开门的钥匙”托付给了芙蕾之后，开始向大天使号发动攻击。
Le Creuset offenbart Kira und Mu seine Absichten. Trotzdem sie beide schwer schockiert sind, kann Kira Le Creuset angreifen, der sich daraufhin zurückzieht. Dearka und Yzak kommen inzwischen Zweifel, ob sie für die richtige Seite kämpfen.
Kira y Mu se enfrentan a terribles revelaciones en un encuentro con Rau. Dearka e Yzak tienen su propia reunión en la que cuestionan contra qué están luchando realmente. Mientras tanto, el Dominio y la Alianza de la Tierra atacan una vez más. Rau regresa a su nave y envía a Flay de regreso a las Fuerzas Terrestres.
