1年前に発生した大塚資産家殺人事件の被告に無罪判決が下った。警察が立件して無罪になる確率は0.1%。つまり警察の大失態であった。当時、事件を担当していた刑事･大邊誠 (小手伸也) はすでに別の案件を追っていた。それが、立て続けに毒ガス騒ぎ爆弾騒ぎを起こし世間を騒がせていたエンジェル伊藤と名乗る愉快犯だ。その捕り物の最中に、大邊は奇妙な男に拘束されてしまう。その男は「警視庁から来ました儀藤堅忍 (田中圭) です。」と名乗った。儀藤は、警視庁内で死神と呼ばれる、再捜査専門の刑事だった。大邊は儀藤に反発するが、次第に、その型破りな捜査に魅了されていき…。
事件は「車が盗まれ、夫が追いかけています。」という1本の通報から始まった。翌朝、通報者の夫は轢死体で発見される。現場で取り乱す妻･波多野百合恵 (広山詞葉) であったが、すぐに殺人容疑で取り調べを受ける事になる。そして、夫殺しを自供するが、裁判ではなんと無罪に。そこで、死神の出番である。儀藤堅忍 (田中圭) はパトロール中のミニパトの前に突然現れると、1人の婦警･三好巡査長 (蓮佛美沙子) を相棒に指名する。三好は警察のパワハラ･セクハラ体質にうんざりして退職する予定であったが、初めて捜査が出来るとあってノリノリで儀藤のパートナーとなる。百合恵と夫の間に愛があったのか? それとも無かったのか? 2人のコンビの推理合戦が始まる…。
痴漢容疑で逮捕されていた俳優･正岡柳次郎 (中山麻聖) に無罪判決が出る。無罪を勝ち取る決め手となったのは東晃弁護士 (駿河太郎) による、容疑者の両手が塞がっていた事の立証であった。その頃、最初に痴漢現場に駆け付けた生活安全課の巡査･榎田悟 (りんたろー。) は、今では、田舎の交番勤務に異動となり、のんびりと生活していた。そこに、儀藤 (田中圭) がやってきて、榎田を相棒に指名するのだが、榎田は拒絶した。そんな榎田に、1日だけでいいから、捜査に付き合ってみてくれませんか? と儀藤は懇願する。榎田は、渋々、儀藤と行動を共にすることになるが、関係者に話を聞くうちに、事件の裏で多くの人の人生が狂わされていることを知り、自分の責任の重さと、警察官として真実を明らかにする義務がある事に気づき始め…。
金町北署が押収物として保管していた現金4000万円が盗まれた。署内の保管室に日常的に出入りしていて、事件後に金遣いが荒くなったという噂の会計課の警察官･桑山蘭 (入山法子) が捜査線上に浮かび上がるが、桑山は取り調べ前に自殺してしまう。儀藤 (田中圭) は、警視庁人事課の陣野澄香警視正 (長谷川京子) を相棒に指名して再捜査を始める。陣野は一貫して桑山が犯人で再捜査は意味がない、というスタンスであったが、儀藤と捜査を進めるうちに、金町北署のずさんな捜査に気が付き始める。そして、桑山は犯人なのか、それとも犯人に仕立て上げられただけなのか、迷い始める。さらに陣野は、自分が出世のために、小さな不正には目を瞑り、上の言う事に従っていると儀藤に指摘され、桑山と昔に交わした約束を思い出す。
エンジェル伊藤事件の容疑者として逮捕された南川メイ (前田敦子) の元を儀藤 (田中圭) が訪れるが、儀藤にメイの事件を再捜査するつもりなど毛頭なく、メイは憤激する。儀藤が気にしているのは東祖師谷児童誘拐事件。儀藤が再捜査の相棒に選んだのは、既に警察官を退職していた米村誠司 (竹中直人) という元刑事であった。米村は誘拐捜査の最中に、容疑者として浮上した事もある、いわくつきの人物でもあった。誘拐事件にはいくつかの不審な点があった。誘拐された児童の父親･河田徹 (野添義弘) が犯人と裏取引して子供を取り戻していた事。事件が明るみに出たのは、子供を取り戻した後に、警察署にかかってきた通報電話であった事。河田はカルトまがいの集団の指導者であった事などであった。
エンジェル伊藤が起こした6番目の事件と言われている湖尻勇樹殺人事件の容疑者として逮捕された南川メイ (前田敦子) が釈放され、儀藤 (田中圭) の相棒として事件を再捜査する事になる。警視庁の上層部は儀藤に何でも協力するからどうにかして事件を解決してほしいと懇願し、捜査環境を整えると提案するが儀藤は必要ないと拒否をする。メイが逮捕されたのには理由があった。メイいわく、独自にエンジェル伊藤の事件を調べている中で、事件現場の規則性に気づいた、というのだ。儀藤は6番目の事件だけ、規則性が変わっていることに気づく。「この事件には美しさがない」儀藤は事件の真相に近づいていくが、それすら真犯人の計画の上にあった…。
三谷仁之助 (品川徹) という富豪が筋弛緩剤の投与により死亡した。捜査本部は、元看護師･船津文子 (池谷のぶえ) の犯行だとして逮捕するが、裁判では、無罪判決が出る。死神こと儀藤堅忍警部補 (田中圭) は、事件当時、監察医として被害者の遺体を検視した灰田優人 (吉田鋼太郎) を相棒に捜査を開始する。灰田は非常に女好きで、儀藤の新たなパシリ･小刀祢葵 (山本舞香) に早速アプローチをかける。一方、儀藤は、仁之助の横暴な態度で、息子家族がバラバラになっている事、その裏側に奇妙な動きがあることを掴み…。
小石川警察署地域課に所属している藤代唯 (奈緒) は、少しおっちょこちょいな、地域住民に愛される警察官。なぜか終始落ち着かないながらもやる気に満ち溢れた藤代と儀藤 (田中圭) が再捜査する事件は、路上でのひったくり事件。被害者･兼田愛 (橋本マナミ) に聞き込みをすると、当初の証言と食い違う事を言い始める。さらに、兼田が過去に警察官をやっていた事が判明して、事件の見え方が一変し始める。一方、小刀祢は仕事のなさに不貞腐れ、ネガティブ志向は進行中。連日ある悪夢を見るようで、夜に苦しむ日々が続いていた―。
香川コジロー (小関裕太) は、イケメン実力派声優。1日警察署長の日、ファンの下鳥文香 (村岡希美) から「放火しちゃった」と告白される。香川は放火犯逮捕に貢献したとして、一躍時の人となるが、裁判の過程で、全ては下鳥の嘘だった事が判明する。では、実際に誰が放火したのか、儀藤 (田中圭) は香川を相棒にして再捜査を始める。すると、下鳥のアリバイを証明したのは大邊という刑事である事、それは別の殺人事件の捜査中であったことが判明して…。一方、小刀祢は、高校の時の記憶喪失に悪夢の原因があるのではと調べ始めるとおぞましい事件が浮かび上がって―。
元質店経営者の老女を撲殺し、自宅金庫から500万円を盗んだ容疑で捕まった空き巣常習犯・座間（今野浩喜）の無罪が確定した。凶器のブロンズ像に謎の手袋痕や目に見えない付着物が残されていたり、防犯カメラには自宅に出入りした人間が一切映っていないなど、もともと不可解な点が多かったこの事件。そんな中、無罪判決の決め手となったのは捜査本部でただ一人、座間の無罪を確信していた宇佐美（松本若菜）の証言だった。実のところ500万円は事件直前、被害者本人がもぐりの雀荘で使っていたのだ。儀藤は、警視庁会計課へ左遷され辞表を出そうとしていた宇佐美を相棒に任命し、同事件を再捜査。さっそく第一発見者の家政婦・田所（西慶子）から“有意義な証言”を得た２人は、続いて座間のもとを訪れる。だが、座間は頑として聴取に応じようとせず…。
15年前の一家３人殺害事件で逮捕された大殿（栗原卓也）の死刑が、２日後に執行されることが決定。死刑判決を下した元最高裁判事・磯谷（浜田晃）が、儀藤に「あの判決は間違いだった」と打ち明け、再捜査を依頼してきた。再捜査に使える時間はたった１日…。しかも、通常は冤罪が確定した事件しか再捜査しない儀藤だが、磯谷の“ある言葉”に突き動かされることに。15年前に捜査を指揮した副総監・亀島（大友康平）を相棒に指名し、事件を洗い直す。当時、物的証拠は皆無だったが、状況証拠はすべて大殿が犯人だと示していたと言う亀島。かたや儀藤は、被害者一家で唯一命拾いした長男・昭平（齋藤優聖）の「音楽が聴こえた」という証言が引っかかり、隣人夫婦にも改めて話を聞こうとする。しかし、隣人夫婦は事件後に家を売却。転居先は不明で…!?
７年前に連続通り魔事件が発生した際、最後の被害者・弓倉（池田直人）の殺害現場付近で保護された小刀祢。彼女は直近９カ月の記憶を喪失していたが、最近になって断片的な記憶がよみがえり、弓倉を殺したのは自分では…と怯えていた。そんな中、すでに逮捕された犯人には、アリバイがあったことが発覚する！ 儀藤は再捜査のため、小刀祢を相棒に任命。儀藤の“何気ない一言”がトリガーとなり、小刀祢は弓倉にストーキングされて心を病み、心療内科に通っていたこと、さらに担当医師・中村の助言で事件当日に弓倉と会ったことを思い出す。だが、すべての鍵を握るであろう中村は消息を断っていて…。やがて、誰もが予想し得なかった“真犯人”の正体と、身の毛もよだつ事件の真相に近づいていく儀藤。だが、その先には絶体絶命の危機が待ち受けていた！
