銀杏高校に入学した日下部みやび（山田杏奈）は、織田信長（永瀬廉）と名乗る生徒に出会い驚きつつも、見とれてしまう。さらにクラスメイトは、豊臣秀吉（西畑大吾）、伊達政宗（三浦翔平）、武田信玄（満島真之介）、上杉謙信（犬飼貴丈）、明智光秀（萩原利久）、黒田官兵衛（濱田岳）ら戦国武将と同じ名前ばかり。なんと彼らは戦国武将のクローン高校生だった！はたして、一番強いのは誰なのか？天下をかけた熱き戦いが始まる！
織田信長（永瀬廉）をはじめ、戦国武将のクローンたちが集まる銀杏高校。一番強い生徒を決める「旗印戦」が開幕し、みやび（山田杏奈）の波乱だらけの学園生活の幕が開けた！そんな中、転校生の徳川家康（小澤征悦）は、クラスメイトを“ゴミ”扱いし、一触即発の空気が流れる。一方、「旗印戦」を“奥深い心理ゲーム”と考える豊臣秀吉（西畑大吾）は、「酒井忠次と榊原康政を１時間以内に倒す」と書かれた驚きの旗印を提出し…！
「旗印戦」ランキング1位の武田信玄 (満島真之介) を、たった1分で倒した徳川家康 (小澤征悦)。クラスメイトの武将たちは、家康の次のターゲットはランキング2位の豊臣秀吉 (西畑大吾) なのではないかと、話をしている。そこへ、信玄が、松葉杖をつきながら姿を現す。日下部みやび (山田杏奈) が心配する中、家康は…
「天下を獲る」と旗印に掲げた織田信長 (永瀬廉)。クラスメイトの武将たちがその真意を探る中、武田信玄 (満島真之介) は、徳川家康 (小澤征悦) に、信長の掲げた旗印は家康への“宣戦布告”なのではと言い、二人は一触即発の雰囲気だ。徳川家康 (小澤征悦) は「誰かを倒す」の旗印を提出する。
裏切り者を見つけ出す為に動き出した織田信長 (永瀬廉)、日下部みやび (山田杏奈)、黒田官兵衛 (濱田岳) の三人。そんな中で、今川義元 (松大航也) に、「裏切り者同士、仲良くしねーか?」と声をかけたのは、武田信玄 (満島真之介) だった。武田が、自分と同じ裏切り者であると勘違いをする今川に、武田は…。
「徳川家康 (小澤征悦) を倒す」と書かれた旗印を手にする織田信長 (永瀬廉) の元に、信長派の武将たちや、日下部みやび (山田杏奈) が集まっている。家康との戦い方を考える中、黒田官兵衛 (濱田岳) は「最後の勝ちを得るにはどうしたらいいかを考えよ」と話す。PBB (ポイント倍々) 作戦が再開され、ついに武将たちが…。
「俺たちの目的は、お前の敗北」。ジャンヌ･ダルク、始皇帝とともに銀杏高校にやってきた黒百合高校のマシュー･ペリーは、徳川家康 (小澤征悦) に向かって言い放った。始皇帝は、家康に攻撃を仕掛けるが、織田信長 (永瀬廉) が間に入り黒百合高校の3人は引き下がる。アジトに戻った3人に声をかけるのは…。
「俺たちは、日下部みやび (山田杏奈)、ならびに徳川家康 (小澤征悦) を奪還する!」と宣言した織田信長 (永瀬廉)。そんな中、ペリー、ジャンヌ･ダルク、始皇帝の“黒百合三将”のアジトでは、家康のクローンを作った博士 (酒向芳) の息子 (波岡一喜) が憤慨していた。家康を憎んでいたはずの信長たちが、なぜ…
教室では、日下部みやび (山田杏奈) が浮かない顔をしていた。上杉謙信 (犬飼貴丈) が「恋の悩みかい?」と声をかけると、みやびは全力で否定して……!? そんな中、武将たちの力になりたいと考えるみやびは、どうやって武田信玄 (満島真之介) を立ち直らせたのか上杉に質問し……!?
すべてを終わらせるため、徳川家康 (小澤征悦) に旗印を掲げた織田信長 (永瀬廉)。しかし、武将たちは信長の行動の意味を理解できずにいた。黒田官兵衛 (濱田岳) がその理由を問うが、信長は「家康との戦いの先に最後の戦いが待っている。俺はそこまで辿り着かねばならぬ」と言い残し、教室を出ていくのだった。
織田信長 (永瀬廉) が「徳川家康 (小澤征悦) を倒す」という旗印を出した後。日下部みやび (山田杏奈) は、明智光秀 (萩原利久) に「戻ってきてくれてありがとう」と感謝していた。一方、井伊直政 (駿河太郎)、酒井忠次 (長田成哉)、榊原康政 (内藤秀一郎) は、家康をどうやって倒すかシミュレーションをしていて……!?
【最終話】徳川家康 (小澤征悦) との最終決戦に勝利した織田信長 (永瀬廉)。信長は「本当の戦いはこれからだ」と語り、学園を支配する総長と対峙する。そして、総長の正体が学園の理事長･別府ノ守与太郎 (柄本明) であることが分かる…! そんな理事長は、武将たちを戦わせてきた目的を語りだす。一方で、黒田官兵衛 (濱田岳) は…。
