The story focuses on the 16-year-old Protagonist after he is transferred to Shujin High School in Tokyo. Staying with friends of his parents, he meets up with two fellow students, problem child Ryuuji Sakamoto and withdrawn An Takamaki, and a talking, shape-shifting cat-like creature known as Morgana. During his time there, feeling suppressed by their environment, the four form a group known as the "Phantom Thieves," working together to carry out heists and encountering mysterious phenomena along the way.
L'histoire est centrée sur le protagoniste agé de 16 ans après qu'il eut été transféré au Lycée Shujin de Tokyo. S'étant installé chez des amis de ses parents, il rencontre deux autres lycéens : Ryuuji Sakamoto, un garçon à problèmes et Ann Tamaki, une jeune fille isolée ainsi que Morgana, une créature à l'apparence de chat qui peut se métamorphoser en à peu près n'importe quoi. Ensemble, ils sont les "Phantom Thieves", une bande de voleurs commettant des larcins mais qui va être exposée à des événements pour le moindre étranges...
