人間と精霊が共存する大陸「ポリフォニカ」。 その大陸の中心、帝都メイナードの街に出張にやってきた新米神曲楽士タタラ・フォロンと その契約精霊コーティカルテは、街のはずれで一人たたずむミサキという物憂げな表情の少女と出会う。 亡き祖母への想い出を失いゆく自分に悩む純粋な彼女。フォロンのかけた励ましの言葉に背中を押され、 祖母の形見を探しに思い出の場所へ立ち入ったミサキは、老朽化した建物を取り壊す爆破に巻き込まれてしまう。 そこに聞こえてきたのは一筋の音楽―――
いつもとかわらない朝を迎えたツゲ神曲楽士派遣事務所に、勢いよく飛び込んできたのはクライアントのマウラ。 彼女は四六時中精霊に覗かれている気がすると思い悩み、助けを求めに来たのだ。 早速、様子を見に行ったレンバルトは容疑者と思われる精霊を見つけるが、あまりのすばやさに取り逃がしてしまう。 日を改めてフォロン達は合同作戦を決行するが、 再び一行の前に現れた容疑者の出現で始まった大捕り物は意外な方向へ――
季節は夏――海水浴場に集結したツゲ神曲楽士派遣事務所の面々。事の発端はある海運会社で起こった 社長の息子兄弟による後継者争い。その争いを収めるため、社長は昔自分が嵐で海底深くに沈めてしまった 船に忘れてきた“ケース”を見つけてきた者に会社を継がせるという課題を出したのだ。 ツゲ神曲楽士派遣事務所に引き上げを依頼した兄ナトリに対し、弟のスロムも神曲学士を雇ったらしい。 フォロンはコーティカルテと共に海に潜るが、水中で謎の神曲楽士の攻撃を受け てしまい――
舞台は３年前のトルバス神曲学院――憧れの学院へ見学にやってきた、ペルセルテとプリネシカ姉妹。 そこでふたりは、フォロンという学生に出会う。 見学中の忘れ物を探すために、夜の学院に忍び込むペルセルテとプリネシカ。 そこで二人は偶然フォロンが一人歌を唄っているところに出会わせる。その美しい歌声に感動する二人。 しかしその一方で、学院の地下深く囚われた精霊がその歌声に反応する――
今回の依頼者はなんと同業者である神曲楽士のスズナ。 なんでも契約精霊のコチーノが、ロック歌手のヨキオに心変わりをしているのではないかと勘ぐり、相談しに来たのだ。 気を遣うフォロン達に対して、それが真実ならば原因はスズナ自身にあると冷然とした態度の精霊達の言葉。 調査はユフィンリーと契約精霊のヤーディオが捜査に当たることになったが、そこに現れたのは以前敵対した神曲楽士のディーレンとその契約精霊メイルリートだった―
飼い猫を連れ戻して欲しい、とやってきた小さな女の子アリアのために、猫を追いかけて街を駆けずり回るフォロンとコーティカルテだが、フォロンはどこか本調子ではなく、事務所に戻るなり倒れこんでしまう。代わりにレンバルトが猫探しを始める。
休日のツゲ神曲楽士派遣事務所に飛び込んできたフォロンの学生時代の知人ヤムナ。 見知らぬ二人組に追われていて助けを求めてきたのだ。 行きがかり上ヤムナの逃走に手を貸すフォロンとコーティカルテ。 執拗に追いかけてくる追跡者との間で街中を巻き込んだカーチェイスが展開される。
いつものように忙しい事務所に元気に飛び込んできたペルセルテと、それを追っ て顔を真っ赤に染めて登場したプリネシカ。 ペルセルテの手にはプリネシカが学校の後輩から受け取ったラブレター。しかし、盛り上がる事務所の面々をよそに、 コーティカルテの表情は複雑だった。
フォロンの神曲がコーティカルテに届かない。 スランプに陥ったフォロンにイライラして厳しい言葉をぶつけてしまうコーティカルテ。 見かねたユフィンリーは彼女に一人の老作曲家サーレに会うことを薦める。
焼失した屋敷の解体工事を請け負ったレンバルトは、作業中にディーレンの契約精霊メイルリートから攻撃を受け、負傷してしまう。ディーレンのメイルリー トに対する支配的な扱いに疑問を持ちながら、フォロンとコーティカルテは調査を始める。
フォロンとコーティカルテが訪れたのは、名高き天才技術者テラト・テルミン の研究所。彼と精霊クリスタの夢は、神曲楽士を必要としない完全自動で神曲を奏でる単身楽団の発明だった。
＜カウンターフィット・レインボウ＞を片手に、神曲を奏で続けるクリスタ。 彼女を説得できないまま、フォロンとコーティカルテは人間と精霊の絆～神曲～ の意味を改めて問いかけあう。 そんな彼らをよそに精霊に対する悪意の塊のような企てが発動し、その狂気は 大陸を覆いつくすかのように拡がっていく。
トルバス神曲学院の基礎課程で学ぶタタラ・フォロンは、専門過程への進級もおぼつかない落ちこぼれ。 心の支えは12年前に出会った、彼の歌を「いい歌だ」と言ってくれた紅色の精霊との思い出だった。 進級試験の追試を控えたある日、自分の演奏に嫌気がさしたフォロンはかつて紅色の精霊に聞かせた歌を歌っていたが、突如現れた精霊の暴走に巻き込まれてしまい・・・。
無事、専門課程に進級したフォロンは、正式に契約したコーティカルテと、後輩になったペルセルテ・プリネシカ姉妹に振り回されながらも楽しい毎日を送っていた。 だが親友レンバルトの才能あふれる演奏を聴き、相変わらずの自分との差に落ち込むんでしまう。コーティには励まされるが、なかなか立ち直れない。 一方、学院長に突然呼び出された卒業生のユフィンリーは学院の警備を依頼され、不穏な空気を感じ取っていた・・・。
コーティは結局帰ってこなかった。コーティがいない生活の寂しさと、学院長の問いに思い悩むフォロンには、ユギリ姉妹の必死の励ましも届かない。 グループ実習で無様に失敗したフォロンは、自分の才能を過信するダングイスをいさめたプリネシカの言葉に衝撃を受ける。 フォロンに立ち直るきっかけを与えたいレンバルトたちは、フォロンにペルセルテの演奏を聴かせる。つたないながらも懸命な演奏を聴いたフォロンは・・・。
互いの存在の大切さを確かめ合ったフォロンとコーティカルテは以前にも増して親密になる。その様子にペルセルテとプリネシカは気が気ではない。 一方、トルバス神曲学院には第六神曲公社の視察としてライカが訪れるが、学院長は対応をユフィンリーに任せて雲隠れしてしまう。 最初は互いに警戒していたライカとユフィンリーだが、歳が近いせいもありすぐに親しくなる。だがライカは笑顔の下におそるべき企みを隠していた・・・。
フォロンを敵視しているダングイスは、フォロンを挑発してはコーティカルテとペルセルテにやり込められていた。ペルセルテは傲慢で自分勝手なダングイスには精霊は召喚できないと言い切る。 そんなダングイスが精霊との専属契約に成功する。驚く一同をよそにフォロンに精霊同士の戦いでの勝負を挑むダングイス。だが戦わず逃げ出すフォロンを、コーティカルテは歯がゆく思うのだった・・・。
一向に体調が良くならないプリネシカをペルセルテはいつものように気使う。そんな二人の仲の良い様子を優しく見守るフォロンとコーティカルテ。 だがプリネシカの秘密が明らかになった時、ペルセルテは二人の間に隠し事があったことに深く傷ついてしまう。 ペルセルテを諭すフォロンだったが、プリネシカと顔を合わせたくないペルセルテはフォロンの部屋に押し掛けてきてしまうのだった・・・。
休日を楽しむべくフリーマーケットに出かけたフォロンとコーティカルテ。いつもは気の利かないフォロンに黒曜石のブレスレットをプレゼントされ、コーティカルテは喜ぶ。だがフォロンは、その笑顔の裏には何か隠し事があることを感じとってしまう。 一方、ボルゾン率いるテロリスト集団『嘆きの異邦人』は、その陰謀を加速させ始めていた。その魔の手はトルバス神曲学院とコーティカルテにも及ぼうとしていた・・・。
『紅の殲滅姫』窶披買gルバス神曲学院を襲ったテロリストは、コーティカルテをそう呼んだ。自分の知らない一面を垣間見せたコーティカルテに、フォロンの信頼はますます揺らいでいく。 学院長室では、伝説の四楽聖の一人、シダラ・レイトスの暗殺をもくろむテロリストにレンバルトたちが人質に取られていた。学院長が伝説の人物と知って驚くレンバルトたちだったが、学院長の作った隙に乗じて脱出を試みる・・・。
フォロンたちは辛くも襲撃を退けるが、トルバス神曲学院に隠されていた奏世楽器の１つ、無限鍵盤(インフィニット・ピアノ)は『嘆きの異邦人』の手に落ちた。軍や警察も手玉に取られ、各地に隠されていた奏世楽器も次々と奪われてゆく。 突然知らされた途方もない秘密の数々に圧倒されるフォロンたち。コーティカルテは自分の巻き添えとなるフォロンを案じるが、フォロンはコーティカルテと共に戦いに身を投じる覚悟を固めるのだった・・・。
「奏世楽器を取り戻してほしい」窶披矧w院長の依頼になかなか答えを出せず、思い悩むフォロンたち。コーティカルテは今まで隠していた自分の過去を明かすことで、フォロンの心が離れてしまうことを恐れていた。だがフォロンの信頼はもう揺るがない。 それでも迷うコーティカルテに、フォロンは空を飛んでみたいとねだる。夜の街を見下ろしながら、二人はそれぞれの思いを語り合うのだった・・・。
ついに敵の本拠地に突入したフォロンたち。激しい戦いの中で、フォロンをかばったコーティカルテは捕らわれてしまう。 助けに行こうと焦るフォロンに、エレインデュースはコーティカルテの秘密を語る。驚きを隠せないフォロン。 捕らわれてしまったコーティカルテは、『嘆きの異邦人』の指導者・ボルゾンと対面していた。なすすべのないコーティカルテに、ボルゾンは勝ち誇るのだった・・・。
『嘆きの異邦人』による『始源神曲』の演奏が始まる中、ついにコーティカルテの元に辿りついたフォロン。なんとかコーティカルテを助けようとするが、物質化が溶けてしまったコーティカルテには触れることはできない。 すでに力を失ったコーティカルテのために力を振り絞って神曲を奏でるフォロンだが、その調べは『始源神曲』にかき消されてしまい、コーティカルテには届かないのだった・・・。