ギリシアにあるサンクチュアリで聖闘士になるための修行をしてきた星矢は、聖闘士の証ともいえる聖衣を手に入れるため、幼い頃より競い合ってきたカシオスと戦うことになった。しかし星矢は今までカシオスに勝てた試しがない。勝負は始まる前から決まっていたかに思えたが、星矢の身体には今までにない力がみなぎっていた！
日本へと戻ってきた星矢を待っていたのは、聖闘士同士を戦わせる銀河戦争（ギャラクシアン・ウォーズ）だった。一度は参加を拒否する星矢だったが、行方不明の姉・星華を捜し出すために出場することになる。そして戦いの日が来た。星矢の初戦の相手は、修行中に何万頭ものクマを葬ってきたベアー激だ。
銀河戦争が始まったというのに、いまだ姿を現さない二人の聖闘士がいた。そのうちの一人、キグナスの聖闘士・氷河は修行の地であるシベリアにいた。彼は星矢の戦いぶりを知ると、氷の海で眠るマーマに別れを告げ、己の力を確かめるべく銀河戦争への参戦を決める。そして初戦の相手・毒爪を持つヒドラ市に挑むが…。
星矢の二回戦の相手は、中国の五老蜂で修行を積んだドラゴン紫龍。果敢に攻める星矢だが、ドラゴンの左腕に装着された盾はダイアモンドを超える強度を誇り、容易に打ち破ることは出来ない。しかも右の拳は盾と同等の強度を誇っている。攻防に完璧なドラゴンに星矢は苦戦。しかし彼の脳裏に、起死回生の打開策がひらめいた！
ネビュラチェーンが警告したのは、デスクィーン島から帰ってきたフェニックスの聖闘士・一輝の出現だった。一輝は他ならぬ瞬の兄。弟思いだったはずの彼が、まるで人が変わったように攻撃的小宇宙で瞬に襲いかかってくる。静止に入った邪武や対戦相手の那智までも倒してしまった彼の目的とは、一体何なのか？
