北条響は、クラスメイトの奏が作ったケーキをつまみ食いする。しかし、それが見つかって怒られてしまう。そんななか、響が調べの館に行くと、そこでも奏と鉢合わせする。その時、奏が持つレコードに気づき...。
なぜかプリキュアになった響と奏。しかし、なかなか2人の息が合わずに困り果ててしまう。ハミィにどうしたら良いのか聞く響。そして、入学式の日に起きた出来事を思い出し、あんなことがなければ、と後悔する。
音楽が嫌いだという響。奏がその理由を教えてほしいと彼女に言うが、響にはなぜそんなに知りたいのかが理解できない。響が音楽を嫌いになった理由。それは、ピアノ発表会の時に言ったお父さんの言葉にあった。
響は奏が作るケーキが大好きだった。奏は、コンテストに向けて新しいケーキ作りに一生懸命。そんな彼女に協力したいと響は考えるが、コンテストで優勝するケーキを作ることが大事なのか、疑問を抱く。
響はどうしたらもっと強くなれるのかと、プリキュアとしての悩みを抱く。そんな時、響と奏はテレビのリポーターに挑戦することになった。緊張してなかなか上手にできないが、2人で力を合わせ...。
響は弟がいる奏が羨ましくて、自分も兄弟が欲しいと思う。しかし、奏は弟の奏太に怒ってばかりだった。でも、本当は2人はとても仲良し。奏太は奏に、ホワイトデーのお返しをしようとカップケーキを作っていた。
調べの館で音吉の忘れ物の人形を見つける。届けようと音吉を探すが、なかなか見つからない。もう日も暮れてきたにも関わらず、奏は今日中に届けようと、引き続き音吉がどこにいるのか探し続けていた。
宿題で友達をテーマに作文を書くことになった。響は、何について書くべきかを考える。そして、思い浮かぶのはやはり奏のことだった。そんななか、響はサクラという女の子に出会って、友達になるが...。
ある日、奏の様子が少し変だった。響のまねをしてたくさん食べたり、一緒にジョギングをしたりしていた。何があったのかを聞いても「自分が情けない」としか答えない。そんな彼女のことを響は心配する。
パパから幼稚園で歌の先生をするように頼まれた響は、なぜ自分が、と嫌がる。子供たちは元気だけは良いが、全然歌がうまくならないから大変だった。しかし、響は歌っている子供たちの楽しそうな様子に気づく。
町で音楽自慢大会が開かれることになった。響と奏も張り切ってピアノの練習をする。だが、それらは全てバスドラたちの作戦だった。ネガトーンに追い詰められて大ピンチに陥ってしまう2人だったが...。
響と奏を助けてくれたのは、仮面のプリキュア・キュアミューズだった。正体不明のプリキュアを、ハミィは新しい仲間だというが、誰も彼女のことを知らない。しかし、その目はどこかで見たことがある気がして...。
キュアミューズは一体誰なのか。ハミィはセイレーンがキュアミューズだったら嬉しいと言う。しかし、セイレーンは悪いことばかりをしている。気になった響は、ハミィとセイレーンの関係について聞く。
響は奏と一緒に学校でキュアミューズを探すことにする。きっと音楽を愛する心を持っている子だろうと、2人は予測していた。しかし、簡単には見つからない。そんななか、再びキュアミューズが現れる。
王子先輩の誕生パーティを、ラッキースプーンで開くことになった。奏はとても張り切って、王子先輩のために最高のカップケーキを作るという。そして、みんなで盛り上げてすてきなパーティにしようとする。
響は、朝から奏の様子がおかしいことに気づいていた。そこでハミィの提案で、仲直りするためお互いの家に交換ステイすることになった。だが、奏は毎日店の手伝いをしたり、奏太に勉強を教えたり大変で...。
響のママがフランスに戻る前に、特別に授業参観に来てくれた。バイオリンを披露したり、一緒にお昼の校内放送をしたり、放課後にはピアノの練習にも付き合ってくれた。そして、響が一番好きな場所に行く。
今日はなぜか、町中に音符がいっぱいにあふれていた。音符を集めることはプリキュアの使命。このチャンスに音符を大量ゲットして早く幸せのメロディを完成させようと、響たちは張り切っていた。
ハミィがセイレーンのネックレスを付けていることに気づいた響。それを見て、きっとセイレーンがハミィに化けたのだと推理する。一体セイレーンが何をたくらんでいるのか、ハミィがどこにいるのかを響たちは探る。
ハミィがご機嫌だった。しかし、その理由は教えてくれない。気になった響たちは、理由を探ろうとする。すると、奏太たちから、黒いネコと一緒にいたハミィを見かけたという情報を入手するが...。
音符が全部セイレーンに奪われてしまった。セイレーンが不幸のメロディを歌おうとしているのを、何としてでも止めなければと考える響たち。しかし、こんな状況でも、ハミィはセイレーンを信じると言う。
セイレーンがプリキュアだということが発覚した。ハミィは嬉しそうだが、響と奏はまだ信じられずにいた。どこかへ行ってしまったセイレーンを探すというハミィに従い、響と奏もその行方を探しにいく。
エレンは、自分にはプリキュアになる資格がないと言う。響は奏とエレンの3人で一緒にプリキュアとして頑張りたいと思っていた。そんな時、響は調べの館でお父さんと喧嘩したという男の子と出会う。
響たちは、エレンを誘って海に出かけることになった。そして、加音町でサンドアートコンテストが開催されるという。3人で優勝を目指そうと張り切る響。しかし、エレンはまだ響たちに気を使っていた。
加音町の夏祭りの日がやってきた。夏祭りで響は奏と一緒にお化け屋敷をすることになり、エレンも誘う。しかし、エレンはお化けが大嫌いだという。響たちはエレンを脅かすつもりは全くなかったのだが...。
私たちも負けずに音符を探さなければ、と張り切る響。しかし、音符はなかなか見つからずにヘトヘトになってしまう。そんな時、響たちの前にトリオ・ザ・マイナーが現れる。しかも、パワーアップしていて...。
今日はみんなでハイキングをすることになっていた。しかし、響は寝坊してしまった。そんななか、ハミィが慌てている。バリトンたちが「トロイの木馬作戦」を計画しているということで、阻止しようとする。
もうすぐ新学期が始まろうとしていた。エレンも音吉のおかげで同じ中学に通えることになった。嬉しそうなエレンだったが、かなり緊張している。そこで響たちは、みんなで自己紹介の練習をすることに。
響はクレッシェンドトーンから、「メイジャーランドに来なさい」というメッセージを受け取る。そして、異次元空間に位置するという魔響の森に行くことになった。そこにはヒーリングチェストが封印されていて...。
学校で小テストが行われる日。しかし、響は全く勉強ができていなかった。クレッシェンドトーンにテストを助けてもらおうとするが、それは無理なことだった。そこで響は、ヒーリングチェストの使い道を考える。
クレッシェンドトーンの力を使いこなせるようにと、響たちはパワーアップのためにキャンプで特訓をすることに。空手、ダンス、座禅などいろいろ試すがしっくりこない。そこで、自分たちに足りないものを考える。
今日はフリーマーケットが開かれることになった。そこに響たちも店を出すことにする。そこにトリオ・ザ・マイナーが現れて、ヒーリングチェストを奪われてしまう。響たちは、早く取り返そうと追いかける。
響は加音町のピアノコンクールに向けて猛練習を重ねていた。しかし、響は自分が出場することをパパに言えずにいた。そんななか、パパが審査員を務めることが発覚し、何とかバレない方法を考える。
ついにあのメフィストがマイナーランドからやってきた。しかも、プリキュアたちをおびき寄せるため、加音町の人々を悲しませていた。そんな卑怯なやり口が許せない響たちは、3人で立ち向かっていく。
ミューズの守りたいもの。それはメフィストだった。ミューズがメフィストをかばったことでその事実が発覚する。ミューズとも戦わなければいけない、プリキュア同士で戦うことを響は否定するが...。
アコがキュアミューズの正体だった。そして、メフィストがアコのパパだという。昔のパパは優しかったと、彼女は話す。なぜ優しかったはずの彼女のパパがあんな風になってしまったのか、その理由が明らかになる。
プリキュアとして人間界に残るというアコに、優しいパパに戻ったメフィストは残念そうだった。そんななか、加音町では明日にハロウィーンパーティを控え、準備でみんな大忙し。そして当日、みんなで仮装して...。
響がエレン、ハミィと一緒にラッキースプーンに行くと、アコがバースデーケーキを注文しに来ていた。明日は音吉の誕生日ということで、響はみんなで歌って祝おうと提案するが、アコは歌いたくないという。
音符が全部なくなっていることに気づいた響は、みんなで集めた物がなくなってショックを受ける。落ち込みながらも、またみんなで探して集めようと気を取り直す。そして、音吉にパイプオルガンを弾いてもらうと...。
音符がなくなってしまったのはノイズのせいなのかもしれない。響は近くにノイズがいる予感がして、放課後、みんなと一緒に調べの館に行く。すると突然、音吉めがけてパイプオルガンが倒れてくる。
ノイズにたくさん音符を奪われてしまい、とうとうファリーが持つ一つだけになってしまった。しかも、この音符が奪われてしまうと、ついに不幸のメロディが完成してしまう。響たちはファリーと音符を守ろうと誓う。
とうとう最後の音符がノイズに奪われてしまった。不幸のメロディが完成してしまうと、諦めそうになってしまう響たち。しかし、アフロディテはまだ希望があると話す。その鍵はキュアモジューレの中にあった。
ファルセットが、アフロディテをマイナーランドに連れ去ってしまった。その狙いは、響たちが持っているキュアモジューレだった。何とかキュアモジューレを渡さず、アフロディテを救出しようと考える。
ついに不幸のメロディの楽譜が完成してしまった。響たちはプリキュアに変身することもできず、どうすれば良いか思い悩む。そんな彼女たちに音吉が、パイプオルガンが完成したから心配はないと話す。
完全体になったノイズの力によって、人々はみんな石にされた。そして、世界から音がなくなってしまった。そして、次はメイジャーランドの人々が狙われる。しかし、響たちはみんなの幸福を取り戻そうと諦めない。
メイジャーランドのほとんどの人々が石にされてしまい、音吉やクレッシェンドトーンも封印されてしまった。しかし響たちは、笑顔で歌えば、みんなが元気になれるはずと、音楽の力をまだ信じていた。
とうとうメイジャーランドからも音がなくなってしまった。そして、唯一残った響たちの前に、再びノイズが現れる。ノイズは全ての音を消し去った理想の世界を作るという。響たちは、そんな彼の正体を知る。
ノイズの悲しみが浄化されて、ついに戦いが終わった。しかし、幸福のメロディを歌わなければ、メイジャーランドも人間界も全てが石になったまま。響たちは、ハミィに届くように願いながら歌う。
ショッピングモールへやってきた響と奏。ところが気づけば現実世界と妖精の世界が合体し大混乱。かつてプリキュアたちを苦しめた強敵たちが世界をつなぐプリズムフラワーを狙い、全てを暗黒の世界にしようというのだ。この危機にプリキュア全員が立ち向かう。
プリキュアとしての役目を終えたとしてアコはメイジャーランドに帰ることに。ところが、そのメイジャーランドから音楽が消えるという事件が発生。しかも、犯人は女王アフロディテだという。大切な音楽を取り戻すため、力を合わせるプリキュアたちだったが…。
