The sanctity of the Littles' civilization is at stake of being exposed by a new threat, in the form of Dr. Hunter.
Le professeur Chassard souhaite faire découvrir au monde sa trouvaille. Il a en effet découvert des traces de vie de petites créatures qu'il nomme les Minipouss. Il possède un camion avec toute une technologie avancée pour les découvrir. Il se rend chez Éric Legrand, un jeune adolescent qui est le seul humain ami avec deux Minipouss, Tom et Lucie. Alors qu'il prétexte chercher des souris échappées du labo, le professeur Chassard utilise un aspirateur et capture Tom et Lucie. Éric aidé de Gran'Pa Mini et Charlie Mini décident de sauver les deux jeunes Minipouss...
ד"ר האנטר, מדען הנחוש לגלות זן חדש של יצורים זעירים אשר מנסה ללכוד את משפחת ליטל. הוא מגיע לביתו של הנרי בתואנה של חיפוש מכרסמים ומצליח ללכוד את תום ולוסי ליטל ע"י שואב אבק.
