物語の舞台は巨大不明生物「禍威獣（カイジュウ）」が出現し被害が発生している日本である。日本政府は防災庁・禍威獣特設対策室（略称：禍特対（カトクタイ））を設立し禍威獣対策に当たっていた。そんな中、禍威獣ネロンガの出現時に謎の巨人が大気圏外から飛来し、これを撃退して去っていく。一方、巨人が飛来した際、逃げ遅れた子どもの保護にあたっていた禍特対の神永新二は、衝撃からその子をかばって死亡する。光の星から来た外星人であった巨人は、神永の自己犠牲を見て人類に興味を示し、神永と一体化する。そして、必要に応じて「ベーターカプセル」で巨人に戻りつつも、禍特対の一員として人類を理解していく。巨人は続く禍威獣ガボラも撃退し、禍特対はその人類に配慮した戦法と去り際の一瞥から、「巨大人型生物 ウルトラマン（仮）」と命名された巨人が意思疎通可能な知的生命体であると推察する。 ウルトラマンの存在が公となる中、日本政府に接触した外星人ザラブは、宇宙文明の超技術を背景に不平等条約を締結しようとするが、真の目的は人類を内戦状態にし自滅させることにあった。ザラブは陰謀を察知した神永＝ウルトラマンを拉致監禁し、ウルトラマンの正体が神永であることを世界中にリークする。さらに、にせウルトラマンに化けて破壊行為を行い、彼の抹殺を日本政府に提案するザラブだったが、禍特対の浅見弘子に救出された神永＝ウルトラマンの手で撃退される。しかし、正体が知れ渡った神永＝ウルトラマンは人間社会に居場所を失う。 新たに日本政府に接触した外星人メフィラスは、ベーターシステムによって強大な生物兵器に転用できる人類を独占管理しようと目論んでいた。彼はベーターシステムの実演として浅見を巨大化してみせた上で、ベーターシステムを活用した人類の巨大化による敵性外星人からの自衛を提案し、日本政府にベーターシステムを供与する代わりに自らを人類の上位存在として認めさせるという密約を交わす。一方、メフィラスは神永＝ウルトラマンと接触し、禍威獣は地球に放置されていた生物兵器を目覚めさせたもので、ウルトラマンを誘き出すために自らが放ったことを明かす。神永＝ウルトラマンは地球における共闘を持ち掛けられるが、外星人による地球文明への干渉を嫌ってこれを拒絶、禍特対の協力の下、ベーターシステム引き渡しの場を急襲する。メフィラスはウルトラマンとの戦闘を優位に進め