明治30年、怪異が息づく時代の東京。怪物たちの殺し合いなどを楽しむ見世物小屋で”鬼殺し”として活躍する真打津軽のもとに、メイドの馳井静句を引き連れた生首の美少女・輪堂鴉夜が訪ねてくる。 その目的とは―――。
怪物専門の探偵＜鳥籠使い＞一行として名を馳せるようになった鴉夜、津軽、静句の3人。 彼らのもとに新しい事件の調査依頼が舞い込んでくる。それは、フランス東部で起きた人類親和派の吸血鬼が殺されたというもので―――。
ゴダール家で起きた吸血鬼殺害の調査を続ける＜鳥籠使い＞一行。内部の犯行を疑う鴉夜は、事件当時のそれぞれの行動を聞き出していく。そしてゴダール卿と共に、西の森へと出かけるが―――。
ハンナ・ゴダールを殺害した犯人が分かったと、ゴダール家の面々と使用人を呼び集める鴉夜。そして一つ一つ疑問を解消しながら謎を解いていき犯人を絞っていく。この滑稽で悲惨なファルスめいた事件の犯人とは一体―――。
1899年、ロンドン。鉄人フォッグの元に、若き大怪盗アルセーヌ・ルパンから人工ブラックダイヤ＜最後から二番目の夜＞を狙うと予告状が届き、二人の探偵に依頼が舞い込む。それは世界最高の探偵シャーロック・ホームズと、鴉夜たち＜鳥籠使い＞一行で―――。
ルパンは＜最後から二番目の夜＞の持ち主フィリアス・フォッグに依頼を受けたホームズに接触を試みる。さらに図らずも＜鳥籠使い＞一行とも対面。そして予告した時刻が近づき、それぞれがフォッグ邸の中でルパンの襲来を待ち受ける。
＜最後から二番目の夜＞がある余罪の間に水が流れ込んできた。絶体絶命の一行。そして、金庫は消えてしまい…。しかし、別行動する＜鳥籠使い＞一行には”ある秘策”があった。
＜最後から二番目の夜＞を狙うのはルパンだけではなかった。爆発と共に現れた5人組の犯罪集団＜夜宴＞。その中には、かつて鴉夜と因縁があったジェームズ・モリアーティの姿も...。＜最後から二番目の夜＞は誰の手に―――。
ドイツの山奥にある村ホイレンドルフを目指す＜鳥籠使い＞一行。ホイレンドルフにたどり着くが、そこでは少女・ルイーゼが行方不明となっていた。この村では一年ほど前から少女が人狼に殺される連続殺人事件が続いており―――。
人狼村を探すための鍵＜最後から二番目の夜＞の使い方を教わるため、ホイレンドルフで起きた少女連続殺人事件の調査を始める＜鳥籠使い＞一行。人狼村の噂を聞きつけ、ロイスも姿を見せる。そして深夜、人狼は再び動き出す―――。
人狼との戦いで滝に落ちていってしまった静句。目を覚ますとノラ・ヴェラ・カーヤという3人の人狼の少女に助けられていた。一方、ロイスを引き連れ人狼の村を目指す鴉夜と津軽だが、＜夜宴＞も2人の動きを探っていて―――。
ノラが殺害され、静句は犯人として疑われる。一方、鴉夜と津軽は＜夜宴＞のヴィクターに連れられ、ある交換条件を持ち掛けられる。そして人狼村・ヴォルフィンヘーレへとたどり着いた2人は静句と再会し、事件解決へと動く―――。
ヴォルフィンヘーレにホイレンドルフの村人が攻め入ってくる。さらに＜夜宴＞とロイスが激突、そして静句も宿敵・カーミラと対峙する。 一方、鴉夜はヴォルフィンヘーレとホイレンドルフの村人たちを集め、2つの事件の謎解きを始める―――。
