私立欅学園三年Ｃ組の教室。ある朝、登校した生徒たち（欅坂46）は、クラスの担任教師・徳山大五郎（嶋田久作）が死んでいるのを見つける。触ってみるとまだ生温かく、死後それほど時間は経っていないようだ…。 生徒たちが右往左往していると、突然副担任の神崎（江口のりこ）が教室に入ってくる。気が動転した生徒たちは思わず徳山の死体を隠す。神崎は生徒たちに徳山が来たかと尋ねた。というのも徳山は今朝、席に鞄はあるのに職員会議に現れなかったのだ。その場を何とか取り繕った生徒たちは、さしあたり警察には通報せず、徳山の死体を隠し続けることにする…。
「俺、死んだの？」――。 三年Ｃ組の生徒たち全員に同じLINEメッセージが届く。担任教師・徳山大五郎からだ。 だが徳山は死んだはず…。生徒たちはロッカーに隠した徳山が生き返ったのかと確認するが、やはり息はない。ポケットを探ってみると携帯はなくなっていた。 平手は、LINEを送ってきたのは犯人とにらみ、返信してみるがメッセージは既読にならない。遺体をロッカーに戻すと同時に、用務員の橋部（今野浩喜）が台車を押して入って来た。Ｃ組に台車を持っていくよう徳山からLINEで頼まれたというのだが…。
担任教師・徳山大五郎の遺体がない！戸惑う生徒たちが空っぽになったロッカーを取り囲んでいると、またもや徳山からLINEが。「散歩に行ってきます」の文字に一同はぞっとする。徳山は確かに死んでいたはずだ。だとすれば、動かしたのは一体誰…？ 次の日の昼休み、教室に重箱を持った謎の女性が訪れる。重箱の中身は生徒たちへの差し入れらしい。探りを入れるような女性の態度に、生徒たちは焦りを隠せない。 『遺体のこと、バレてる…？』 だが、女性の疑いはどうも違うところに向けられているようで…。
徳山大五郎の遺体をロッカーに隠して3日目。副担任の神崎が三年Ｃ組の担任を代行することになった。 徳山殺しの犯人は近くにいるに違いない…。生徒たちは、担任代行になり張り切る神崎に対し、そしてクラスの仲間に対し、どんどん疑心暗鬼になっていく。 そんな中、刑事の矢代（菅原大吉）が突然教室に現れる。徳山のことがバレたのかとそわそわする生徒たちに、矢代は聞き込みを始めた。3日前の明け方、新宿の風俗店に空き巣が入り、現場に徳山の財布が落ちていたのだという。生徒たちは参宮橋校長からすでにその話を聞いていたのだが、矢代は、徳山がただの客だったことはすでに分かっており、生徒たちに聞きたいのは別の件だという…。
教室のエアコンに小型カメラが仕掛けられていた。担任の徳山大五郎が盗撮目的で仕掛けたのか…？ 放課後、生徒たちが映像を再生しようとしていると、思いがけず矢代刑事（菅原大吉）が教室に戻ってきた！ 矢代に促され、やむを得ず再生を始める。映像のタイムコードは２日前の朝。 やがて、教室に入ってくる人物が映し出されるが、映像は突然途切れた。 翌日、教室はエアコンが効かず朝から暑い。そろそろロッカーの中の“臭い”を何とかしなければ…。そんな中、不登校だった長濱ねるが突然登校してくる。 二時間目の授業は美術。特別講師のノエル（ル・ギャル・アルノ）によるフランス語での授業である。エアコンの効かない教室の暑さを何とかすべく、ノエルが扇風機を探しに行った隙に、一同は長濱に質問を浴びせるが…。
夜９時。三年Ｃ組の生徒たちが教室に集まってきた。数人が徳山大五郎の死体をブルーシートで包んでいる。その様子をスマホで録画する者も。徳山の死体を埋める計画を今夜実行するのだ…。 思いがけず教室がパッと明るくなり、警備員（森下能幸）が入ってきた。生徒たちは「星座を見る会」のメンバーだと言って誤魔化そうとするが、警備員は付き添いの先生がいないことを怪しむ。徳山が来る予定だが遅れていると話すと、ようやく納得して去って行った。 想定していなかった警備員の登場に怖気づく生徒たち。そんな時、今度は窓から教室を覗く男の姿が…。生徒たちは無事計画をやり遂げることができるのか？
校庭に埋めたはずの徳山大五郎が教室に現れた！悲鳴を上げ逃げ惑う生徒たち。 だが、徳山をじっと見ていた平手は、よく似てはいるが別人だと気が付く。徳山にしては目が綺麗だし、清潔感が漂っているのだ…。 男の正体は徳山の双子の兄、大四郎だった。 「大五郎はもうこの世にいない気がする――」。大四郎の言葉を聞いた一同に緊張が走る。 1週間前に大五郎から、学校のトラブルに巻き込まれたと打ち明けられていた大四郎は、真相を確かめるべく、大五郎になりすまして先生たちの反応を見ようと、故郷の淡路島から出て来たのだという。 徳山大五郎を殺したのは、一体誰なのか。大四郎は犯人を見極めることができるのか…？
徳山の双子の兄・大四郎は、失踪した弟の身を案じ、弟になりすまして学園の様子を探っている。放課後、大四郎はいきなり警備員（森下能幸）から「裏口入学のリストを出せ」と迫られる。 ちょうどその時、教室では平手友梨奈が菅井友香を問いつめていた。徳山の遺品の文庫本に、入学した年度・人名・金額を記した生徒のリストが隠されており、そこに菅井の名を見つけたのだ。 そこに聞こえてきた、大四郎と警備員の争う声。話を中断して徳山の机に隠れる2人。 そして、警備員が警棒を振りかぶった瞬間、平手が立ち上がり、リストは自分が持っていると告げる。警備員は平手の提示した、実は偽物のリストを奪い取り、去っていった。 菅井は裏口入学…？平手らの会話を原田葵が偶然聞いており、噂はすぐにクラス全員に知れ渡った。秘密を知った徳山を口封じに殺したのでは…？ 果たして、疑うクラスメイトに菅井は身の潔白を証明できるのか！？
徳山が死んで６日目、明日は文化祭だ。Ｃ組の出し物は偶然にもお化け屋敷。守屋茜や小林由依らは出し物に徳山を「活用」すべきか否か議論している。 一同がふとロッカーに目を向けると、開いた扉から汚れて変色し始めた徳山が見えている。織田奈那は、徳山の背中に刺さっていたナイフがなくなっていることに気付いた。一度は校庭に埋めたものの工事が始まって掘り起こし、またロッカーに隠し…と、これまでさんざん動かしてきた。どこかで落としたのかもしれない…。 スーツ姿の女性が入ってきて、尾関梨香がとっさに徳山を隠した。女性は御堂園和紗（濱田マリ）。参宮橋校長が昨日付で退職したため、本日付で校長に着任したのだという。 参宮橋の突然の退職に動揺する生徒たちに、御堂園は徳山の話を切り出す。職員室に置かれていた徳山の手帳に「気になること」が書かれていたというのだが…。
文化祭準備のさなか、教室に女子大生三人組が訪れた。欅学園卒業生の三人はこれから同窓会で、出欠の返信が来ない徳山を強引に連れ出そうと教室に立ち寄ったという。 平手友梨奈が徳山は休みだと告げると、女子大生たちは不審な表情。つい先ほど徳山から「教室にいる」とＬＩＮＥで返信があったのだという。ザワつく一同の目の前でまた徳山からＬＩＮＥが。すると、長濱ねると渡邉理佐は合図し合って教室を出た…。 入れ違いに担任代行の神崎が現れるが、卒業生たちはその変わりように驚く。記憶の中の神崎は“ギャル”なのに、今の神崎はまるで“藁人形”のよう。４年の間に何が…？ 明るさ一杯の卒業生たちが去り、徳山の遺体とともに残された一同は絶望的な気分になる。将来への悲観、責任のなすり合い、疑心暗鬼…。暗い雰囲気に包まれた教室で、平手は何か確信を得たかのように「明日までに犯人をしょっ引く」と言い放つ。果たして勝算はあるのか？
文化祭前日の夕方、平手友梨奈は廊下で用務員の橋部を見かけ、声をかける。橋部がゴミ箱に捨てられていたというＤＶＤを取り出すと、二人の会話を聞いていた長濱ねるが駆け寄り、ＤＶＤを奪い取る。だがそれは真っ二つに割られていた。 一昨日、長らく不登校だった長濱が登校してきた日、学校へ持ってきたのがこのＤＶＤだった。徳山が殺された日の朝、長濱は出席日数が不足している件で徳山に呼び出されていた。そのときに「俺に何かあったらこれを見ろ」と渡されたものだったのだ。 その日、早速クラス全員で見始めたものの、美術の授業時間中だったためすぐに教師に見つかり、ＤＶＤは没収されてしまったはず…。 ＤＶＤを割って捨てたのは一体誰なのか？ケースに書かれた「３４２３」という謎の数字の意味は…？ 一方、徳山の携帯から送られてくるＬＩＮＥを操作している犯人が、ついに明らかに！？
文化祭当日。お化け屋敷の準備に疲れ、教室で眠ってしまった生徒たちが目を覚ますと、すでに朝８時を回っていた。準備は間に合いそうもなく、出し物は中止せざるを得ない…。 「お化け屋敷は中止」の張り紙が出された教室に、担任代行の神崎が入ってくる。一見したところ誰もいない教室に、やがて複数の“お化け”が現れて、神崎を取り囲んだ。ざわつく気持ちの神崎。 お化けの中の一人が仮面を脱ぐと、それは平手友梨奈だった。平手は神崎と生徒一同の前で、徳山がどんなふうに絶命したのかを解き明かしていく…。 徳山大五郎を殺したのは一体誰なのか？予測不能のスリリングな結末に乞うご期待！
