| Name | First Aired | Runtime | Image | |
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| S21E01 | 幽霊ホテルの推理対決（前編） |
February 18, 2012
YTV (JP)
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| S21E02 | 幽霊ホテルの推理対決（後編） |
February 25, 2012
YTV (JP)
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25 | |
| S21E03 | 探偵事務所籠城事件（勃発） |
March 3, 2012
YTV (JP)
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25 | |
| S21E04 | 探偵事務所籠城事件（狙撃） |
March 10, 2012
YTV (JP)
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25 | |
| S21E05 | 探偵事務所籠城事件（解放） |
March 17, 2012
YTV (JP)
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25 | |
| S21E06 | コナンVS平次 東西探偵推理勝負 |
March 24, 2012
YTV (JP)
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50 | |
| S21E07 | 毒と幻のデザイン（EYE） |
April 21, 2012
YTV (JP)
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25 | |
| S21E08 | 毒と幻のデザイン（S） |
April 28, 2012
YTV (JP)
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| S21E09 | 毒と幻のデザイン（Poison） |
May 5, 2012
YTV (JP)
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| S21E10 | 毒と幻のデザイン（Illusion） |
May 12, 2012
YTV (JP)
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| S21E11 | 博士の動画サイト（前編） |
May 19, 2012
YTV (JP)
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| S21E12 | 博士の動画サイト（後編） |
May 26, 2012
YTV (JP)
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| S21E13 | ショコラの熱い罠 |
June 2, 2012
YTV (JP)
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25 | |
| S21E14 | 初恋の共同捜査（前編） |
June 9, 2012
YTV (JP)
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| S21E15 | 初恋の共同捜査（後編） |
June 16, 2012
YTV (JP)
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| S21E16 | 小五郎さんはいい人（前編） |
June 23, 2012
YTV (JP)
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| S21E17 | 小五郎さんはいい人（後編） |
June 30, 2012
YTV (JP)
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| S21E18 | ミヤマクワガタを追え |
July 7, 2012
YTV (JP)
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| S21E19 | 名犬クールのお手柄2 |
July 14, 2012
YTV (JP)
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| S21E20 | 疑惑のイニシャルK |
July 21, 2012
YTV (JP)
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| S21E21 | 雨の夜の脅迫者 |
July 28, 2012
YTV (JP)
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| S21E22 | ウェディングイブ（前編） |
September 1, 2012
YTV (JP)
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| S21E23 | ウェディングイブ（後編） |
September 8, 2012
YTV (JP)
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| S21E24 | くらやみ塔の秘宝（前編） |
September 15, 2012
YTV (JP)
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| S21E25 | くらやみ塔の秘宝（後編） |
September 22, 2012
YTV (JP)
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| S21E26 | 探偵たちの夜想曲（事件） |
October 6, 2012
YTV (JP)
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| S21E27 | 探偵たちの夜想曲（誘拐） |
October 13, 2012
YTV (JP)
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| S21E28 | 探偵たちの夜想曲（推理） |
October 20, 2012
YTV (JP)
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| S21E29 | 探偵たちの夜想曲（バーボン） |
October 27, 2012
YTV (JP)
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| S21E30 | 1ミリも許さない（前編） |
November 10, 2012
YTV (JP)
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| S21E31 | 1ミリも許さない（後編） |
November 17, 2012
YTV (JP)
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| S21E32 | 足跡がない砂浜 |
November 24, 2012
YTV (JP)
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| S21E33 | 長崎ミステリー劇場（幕末篇） |
December 1, 2012
YTV (JP)
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| S21E34 | 長崎ミステリー劇場（現代篇） |
December 8, 2012
YTV (JP)
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| S21E35 |
サボテン狂騒曲
season finale
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December 15, 2012
YTV (JP)
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