津田林太郎（髙橋優斗）は一見普通の高校生。彼は幼稚園の頃からの幼なじみ・神崎うみ（豊嶋花）に片想い中。何度告白しても、うまく伝わらなかった想い…しかし！人生4度目の告白で、やっと彼女からOKが！長年の恋がついに実った、その瞬間…彼の普通ではない能力が発動してしまう。「…うみ。余命が見える。」100日限定で生きものが死ぬまでの余命が、林太郎には見えてしまうのだ。長年の恋が実った瞬間から、愛しい彼女の余命のカウントダウンが始まってしまった。 うみを死なせたくない林太郎は、彼女を救おうと試行錯誤。そんな中、見つけた余命をのばす方法…それは彼女を“ときめかせる”ことだった！果たして林太郎はうみを救うことができるのか！？「君が死ぬまであと100日」、林太郎の闘いの日々が始まる！！
林太郎（髙橋優斗）はうみ（豊嶋花）の余命が“ときめかせること”で増えることを発見。希望が見えたかに思えたが、翌日うみと会うと余命が「100」から「88」まで減っていた…。１日１つずつ減っていくはずの余命が大幅に減っていることに困惑する林太郎。しかし、うみに励まされ、これからいっぱいときめかせることで余命を増やしていこうと決意する。 女子をときめかせる方法を徹夜で猛勉強した林太郎はうみへの実践を繰り返すが、空回りしてしまい、ことごとく失敗に終わる。そんな時、転校生・小野寺いつき（井上瑞稀）がやってくる。彼は無自覚にモテ仕草を繰り出し、女子をときめかせる「ナチュラルボーン王子様」と瞬く間に話題に。林太郎はそんないつきに「師匠になってほしい」と弟子入りを志願し…！？
「林太郎（髙橋優斗）を奪う」とうみ（豊嶋花）は藤井みのり（咲耶）に宣言された。みのりは「男たらし」で、すぐ人の彼氏を奪うという噂で有名な女子だという。 宣戦布告以降、みのりの妨害が始まり、なかなか２人きりになれない林太郎とうみ。モヤモヤしている林太郎にいつき（井上瑞稀）が「彼女をデートに誘ってみては？」と提案する。そこでもし“キス”ができれば、うみをとんでもなくときめかせられるのではないかと言われ、ドギマギする林太郎。意を決して、うみを水族館デートに誘うのだが、またもやみのり登場。「私も一緒に行ってもいい？」と迫られ、３人で行くことになってしまい…！？
ついに初キスをした林太郎（髙橋優斗）とうみ（豊嶋花）。翌日、浮かれて学校へ向かう林太郎だったが、うみの様子がおかしくて…！？ そんなある日、林太郎のもとに千明（紺野彩夏）と名乗る女子高生が訪ねてくる。彼女はいつき（井上瑞稀）が転校してくる前の学校の同級生で、いつきのことが好きだと話す。健気に彼を想っている千明に共感した林太郎は、自分ができることは協力すると告げる。一方その頃、うみが学校の昇降口で佇むいつきに声をかけると、彼の下駄箱から何かが滑り落ちる。それは隠し撮りされたいつきの写真と、「好きです」という文字がびっしりと書かれた手紙だった…。
林太郎（髙橋優斗）が失くしたメモ帳…うみ（豊嶋花）の余命について書かれたそれを拾ったのはみのり（咲耶）だった。 林太郎の能力、そしてうみの余命を知ったみのりは「何か協力できることはないかな」と林太郎に尋ねるが、「うみを救えるのは俺だけだ」と頑なに拒否されてしまう。みのりは「自分なりの方法でうみを助けたい」と、林太郎と対立を始めてしまい…。
林太郎（髙橋優斗）はうみ（豊嶋花）に「一回距離をおこう」と告げる。 いつき（井上瑞稀）の未来が見える能力のこと、そして林太郎とうみが一緒にいるべきではないことを聞き「うみが助かるためなら」と決心を固めたのだった。 そんな林太郎の決意に、うみも余命をのばすための覚悟を決めるのだが、離れていると2人とも辛くてたまらない。 そんな時、うみのもとにいつきのストーカー・千明（紺野彩夏）が訪ねてきて…！？
林太郎（髙橋優斗）の目の前で、いつき（井上瑞稀）のストーカー・千明（紺野彩夏）に階段から突き落とされてしまったうみ（豊嶋花）。千明は、いつきに拒絶されたことに絶望を覚えていたのだ。 自分のせいで事故に巻き込んでしまったと後悔するいつきは、自分の『未来が見える能力』のせいで起こった哀しい過去を林太郎に語る決意をするのだった…。
林太郎（髙橋優斗）は、甘えてくれないうみ（豊嶋花）に対して疑問を持っていた。自分と出会う前のうみに何があったのか知りたい…と考えていると、なぜか過去にタイムリープしてしまう。そこには、幼いうみ（池村碧彩）がいた。 彼女が『わがままを言えなくなった本当の理由』を知った林太郎は、現代に戻り、うみと改めて向き合う決意をするのだが、彼女の余命は【５】まで減っていて…！？
林太郎（髙橋優斗）は、うみ（豊嶋花）の余命を消し、未来を変えることに成功した。しかし、自分に向かって鉄材が落ちてきたところで気を失った林太郎が目を覚ますと、そこにはカミサマ（戸塚純貴）と名乗る男の姿が。 うみの未来を変えた代償に「君、死んだから」と軽くいうカミサマに「もう一度生き返らせてほしい」と懇願する林太郎。カミサマは‟ある条件付き“で蘇らせてもいいと告げるのだが…。
これまでのうみ（豊嶋花）との記憶だけを全て失ってしまった林太郎（髙橋優斗）。必死で２人の記憶を取り戻そうとしていたうみに林太郎は「そんなに前の俺がいい？今の俺はどうでもいい？」と突き放してしまう。 カミサマ（戸塚純貴）が与えたタイムリミットが近づく中、いつき（井上瑞稀）とみのり（咲耶）も２人のために動き出す。果たして林太郎とうみ、２人を待ち受ける未来とは…！？
