Un scandale éclate dans un centre de remise en forme de Furtive-Ville : les riches clients ont été victimes de cambriolages pendant leur séjour. Fantômette, intriguée par ces événements, se rend sur place pour résoudre ce mystère.
Les troupes du général Ganache s'emparent de Tango et Gontran, des jumeaux possédant des pouvoirs télépathiques. Le militaire compte utiliser leur don comme une arme nouvelle et infaillible. Fantômette s'insurge et réfléchit à un moyen de libérer les deux frères.
En plein jour, et devant des dizaines de personnes, Fantômette s'en prend au Masque d'Argent. Oeil de Lynx, témoin de la scène, ne peut croire qu'il s'agit de la Fantômette qu'il connaît, qui utilise la ruse plutôt que la force. Il pense qu'un imposteur se fait passer pour la justicière masquée.
Le musée de Furtive-Ville vient d'acquérir un tableau de maître. Cependant, la toile est dérobée peu après par un cambrioleur peu ordinaire : le commissaire Filloire. Fantômette ne s'explique pas le comportement du policier et va tenter d'éclaircir ce mystère.
Pierre et Agathe Cybex, un couple d'archéologues, remettent à Françoise un objet antique, la clé de Kephren, découverte par les parents de l'adolescente. Comme l'artefact est convoité par le maléfique Masque d'Argent, les chercheurs supplient Fantômette de protéger Françoise.
Depuis que les collections du musée de Furtive-Ville se sont enrichies d'une momie égyptienne, d'étranges vols sont commis, dont les victimes restent terrorisées. La rumeur accuse la malédiction du pharaon Tekhmet. Fantômette va s'assurer que ces événements n'ont rien de surnaturel.
Las de toujours se faire ridiculiser par Fantômette dans ses enquêtes, le commissaire Filloire donne sa démission. Le départ du chef de la police de Furtive-Ville réjouit la pègre de la cité, qui peut se livrer à toutes sortes de crimes dans l'impunité la plus totale. Fantômette et Oeil de Lynx réagissent.
Pour lutter contre le crime en suivant l'exemple de Fantômette, Ficelle décide de devenir une justicière masquée. Elle prend le nom de «Flamme», s'invente un costume et sort combattre le crime dans les rues de Furtive-Ville. Hélas, elle constate très vite que l'on ne s'improvise pas héroïne.
Le célèbre groupe des «Rolling Fruits» donne enfin un concert à Furtive-Ville. Parmi les spectateurs se trouvent Ficelle et Boulotte, qui remarquent que l'un des musiciens est en fait un hologramme. Après cette découverte, elles sont kidnappées par le Furet et Söze. Fantômette intervient pour libérer ses amies et élucider ce nouveau mystère.
Les élections municipales approchent à Furtive-Ville. Le Masque d'Argent apporte son soutien à Nadaud, le maire sortant, pour l'aider à se faire réélire. Au même moment, Oeil de Lynx s'intéresse à un vol de lingots. Il en discute avec Françoise, lui suggérant que ce vol pourrait avoir un lien avec la campagne électorale.
Opérant secrètement, le Furet rackette les commerçants de Furtive-Ville. Cela déplaît fortement au maire, qui demande au commissaire Filloire de calmer les citoyens, et au Masque d'Argent, qui charge un de ses hommes de capturer l'organisateur du racket. Mais cet homme n'est autre que le Furet lui-même.
Le musée de Furtive-Ville organise une exposition de pierre précieuses. La collection intéresse le Masque d'Argent, comme le prouve une photo prise par inadvertance par Oeil de Lynx. Mais le journaliste, totalement captivé par sa jolie stagiaire, ne remarque rien de ce qui se trame. Heureusement, Fantômette veille.
Dans son laboratoire, le docteur K a mis au point des plantes géantes. Malheureusement, à cause d'une erreur de manipulation, elles commencent à envahir la ville. Face à ce fléau, Françoise est désemparée. Elle ignore que Boulotte détient la solution.
La ville récompense Fantômette pour son action en faveur des citoyens. Rentrée chez elle avec son trophée, la justicière masquée se sent soudain fatiguée, au point de ne plus pouvoir sortir de chez elle. Au même moment, des cambriolages ont lieu un peu partout en ville, laissant la police impuissante.
L'ordinateur central de la police a disparu. C'est l'oeuvre du Masque d'Argent, qui demande une rançon d'un montant exorbitant. Toute la population de Furtive-Ville est mise à contribution pour rassembler la somme. Pendant ce temps, Fantômette enquête afin de retrouver le Masque d'Argent et lui reprendre l'ordinateur.
Une pénurie de carburant frappe Furtive-Ville. Elle est l'oeuvre d'un mystérieux maître-chanteur. L'homme souhaite, à travers son geste, punir une injustice dont il a été victime. Fantômette enquête pour identifier le malfaiteur et découvrir son secret.
Madame Charpentier révèle à Françoise les circonstances exactes de la disparition de ses parents, dans laquelle le Masque d'Argent tient un rôle important. Françoise demande des comptes au criminel, qui prépare une riposte vigoureuse.
Louis, habile cambrioleur à qui aucun coffre-fort ne résiste, s'évade alors que débute la campagne pour les élections municipales. Cela assombrit le bilan de Nadaud, qui venait d'annoncer la création d'un nouveau musée. Fantômette enquête et soupçonne Nadaud d'être de mèche avec le Masque d'Argent.
Le «Musicae», le plus gros diamant du monde, a été dérobé au musée de Furtive-Ville, alors que le système de sécurité était réputé inviolable. Le commissaire Filloire arrête aussitôt deux trapézistes, qu'il accuse du vol. Fantômette, elle, estime que le policier a agi trop vite et que les artistes sont victimes d'une erreur judiciaire.
Françoise apprend qu'un ancien assistant de ses parents a été emprisonné. Cette nouvelle la bouleverse et la pousse à en comprendre les raisons. Comme personne ne veut lui répondre, c'est à Fantômette d'aller élucider ce mystère.
Fantômette tend un piège à son ennemi juré, le Masque d'Argent, mais, lorsqu'elle le démasque, elle découvre son ami Oeil de Lynx. Comment a-t-il pu se retrouver dans le costume du criminel ? Fantômette doit absolument le découvrir pour l'en libérer.
En vendant leur journal, Ficelle et Boulotte sont payées avec un faux billet. Elles sont rapidement arrêtées par la police. Fantômette part à la recherche des faussaires qui risquent de mettre Furtive-Ville en faillite. Mais où peuvent-ils dissimuler leur imprimerie ?
L'audacieux Oeil de Lynx enlève le Masque d'Argent en pleine rue. Le ravisseur demande une rançon de cent millions de francs. Françoise n'en croit pas ses oreilles. Pendant ce temps, l'image de Fantômette est sérieusement écornée quand on apprend qu'elle refuse d'aider la police à retrouver le Masque d'Argent.
Une puce électronique, chargée d'améliorer le système de sécurité de la banque, doit arriver à Furtive-Ville. Malgré la protection policière mise en place, Fantômette est convaincue que le Masque d'Argent va tout faire pour dérober le précieux composant. Surprise : c'est la chouette de Boulotte qui s'en empare.
Alexandre a un comportement étrange depuis quelque temps. En effet, il ne semble plus reconnaître sa propre maison, donne d'étranges rendez-vous à Françoise et vouvoie sa propre mère. Fantômette comprend bien vite qu'Alexandre est passé sous la coupe du terrible Masque d'Argent.
Françoise veut à tout prix en savoir plus sur la disparition de ses parents. Elle attend que le Masque d'Argent s'éclipse pour s'introduire dans son palais, à la recherche d'informations. Malheureusement, le bandit, qui n'était pas bien loin, la surprend et l'enferme dans un univers virtuel.