Suite à une opération de police qui a mal tourné, Samuel Kepler, un flic à la santé mentale chancelante, est mis au vert au commissariat de Calais où il tente de se reconstruire avec sa femme Anne et leur fille Marion. Affecté à un simple travail de bureau, Kepler pense tenir ses démons à distance. Mais une disparition bouleverse tout : celle de la fille du patron d’Anne, Lucie Martel. Kepler fait équipe avec Alice Haddad, une jeune flic locale, pour mener l’enquête. Énergique et dotée d’un caractère trempé, Alice connaît Calais comme sa poche. Kepler, sous traitement, garde le contrôle malgré quelques alertes. Le corps de Lucie Martel est finalement retrouvé sur l'ancien terrain de la jungle de Calais.
La mort de Lucie Martel confronte Kepler à des sentiments violents qui mettent en péril sa guérison. Sa femme, inquiète, téléphone à son psy qui débarque. Kepler enquête douloureusement. Il découvre sa propre fille chez un suspect, Mathias – qui n’est autre que l’ex de Lucie. La colère le gagne... Les « passagers » de Kepler poussent pour sortir. L’un d’eux, Ragen, prend le contrôle.
Après la découverte de sa fille chez Mathias, l'ex-petit ami violent de Lucie Martel, il a laissé sortir Ragen, un de ses « passagers ». Le lendemain, il se réveille sur une plage, et Mathias est retrouvé mort. Doutant de lui-même, Kepler enquête sur sa nuit ; il n'a plus de médicaments ; il perd pied. Alice devient méfiante. Tout accuse Kepler.
Alice a arrêté Kepler. Mais deux découvertes changent la donne et les amènent à reformer le duo. La première est le sens donné aux postures des corps des victimes – inspirées des Bourgeois de Calais de Rodin. Puis ils découvrent que ce sont les parents des victimes que le tueur vise. Pour Kepler et Alice, le sous-préfet Mokart est la prochaine cible du tueur, et sa fille, sa prochaine victime. Kepler passe alors un pacte avec ses « passagers » afin qu'ils le débarrassent de son psy, pour qu’il ait le champ libre.
Kepler et Alice ont retrouvé Mokart, le père de la dernière victime enlevée. Ils soupçonnent les parents des victimes d’avoir commis un acte terrible et le tueur de se venger. Mais alors qu'il interroge Mokart, Kepler est démis de ses fonctions. Son psychiatre, inquiet pour sa santé mentale, l’a dénoncé à son chef. Malgré les réticences de sa femme, Kepler poursuit son enquête. Il arrête son traitement, jette ses médicaments et fait appel à ses « passagers » pour qu'ils l'aident dans son enquête… au risque de perdre sa famille.
Alice a été enlevée par le tueur. Kepler découvre le charnier prouvant le crime des parents. Il remonte la piste d'une fille survivante. Face à la violence du tueur et à la sienne, Kepler fait le choix de reprendre le contrôle sur ses « passagers ».
