雷焯鋒、戴德敬帶領高家朗、戴以菲等一眾飛虎隊員進行訓練，焯鋒更指會推薦高家朗考升級試。高級警司高逸泰出席授勳典禮，但收到訊息指他將會當眾裸跑；逸泰致電好友警司聶宇航，宇航指其子高家俊負責現場保安。歹徒在多處放置炸彈，指明要逸泰當眾講出他的愛情故事。飛虎隊奉召增援，逸泰授勳後被迫在台上說出自己曾有另一段情，但歹徒仍引爆炸彈。
飛虎隊和毒販在碼頭駁火，家俊見到可樂逃走擅自離隊追截。宇航指家俊這次處事不當，把他調往當文職。神秘人Kenny往地下賭場找可樂，提出合作計劃。宇航的女兒聶雪盈學成歸來，欲與契哥家朗見面。近月有多名警方臥底被黑幫發現，遭家法處置。家俊聯絡臥底追查逸泰被脅持一案，結果二人在電車上被追殺。焯鋒特訓飛虎隊員時指派以菲做隊長，眾男隊員不服。
焯鋒帶領飛虎隊進入舊廠房救人，破門入內時發生多次爆炸；最終飛虎隊員救出已奄奄一息的榮賢。Kenny假扮醫生入對付榮賢，家俊追Kenny在街上引起混亂；有汽車把途人撞倒，家俊叫路過的莊雅璇幫忙救人。宇航跟下屬研究歹徒動機，並讓家俊取回佩槍。焯鋒回歸飛虎隊工作，不斷以操練去麻醉自己。家朗見到新街坊曼娜的流動小食檔被人搗亂，馬上上前協助收拾。
逸泰用槍指着梓堯，要他一起抓出策劃對付臥底的幕後歹徒。家俊跟下屬何奧巴一起守候可樂出現，但可樂成功逃去。梓堯帶逸泰來到一工廠大廈，Kenny不現身用遙控投影機與他們對談。家朗依照他救榮賢時見到的一組數字到圖書館借書，並找到一張字條，上面寫了另一組數字。雪盈告訴家朗，那是圖書館中有關舊報紙的菲林編碼。家朗往圖書館查看，發現了逸泰的舊聞。
宇航終找出可樂，要脅他說出策劃連串事件的幕後人，但可樂失手跌下大街死亡，令O記同僚以為可樂的死跟宇航有關。家俊往取可樂的驗屍報告時重遇雅璇，方知道對方原來是法醫。宇航到停車場泊車時遇，電單車手持刀追殺受了傷，逸泰叫宇航不要再追查臥底被殺事件。飛虎隊進行拯救人質的特訓時以菲意外受傷，飛虎隊員往醫院探望以菲，竟看到上司德敬出現。
宇航繼續調查紫水晶毒品案，更得科技部之助駭入Kenny的電腦。家俊帶着下屬不斷掃蕩黑幫夜場，黑幫老大們約見Kenny，指他惹怒警方。焯鋒一直未能放下榮賢之事，在德敬苦勸下到慧珊的心理治療所求醫，想不到慧珊發現威廉也有創傷後遺症。有男子突然就臥底連環被殺案和可樂案自首，家俊自首者是替死鬼堅持查明真相，逸泰怪他不顧自己前途。家俊買醉時Kenny突然出現……
焯鋒與家朗因威廉被擄而未能出動，心急如焚；國斌聯絡逸泰，以家俊的性命作威脅勸其投誠，逸泰陷入兩難。宇航請纓負責營救，離Kenny提出的撕票時間還有半小時。慧珊眼睜睜看威廉被抓走，忍不住打給焯鋒更泣不成聲。家俊被Kenny引至連結重型炸彈的車子裏，與昏迷的威廉關在一起。國斌將現場畫面傳送給逸泰，迫他決定。O記成功鎖定家俊和威廉的位置，飛虎奉命出動……
逸泰懷疑最近的風波都和當年他任職臥底時，在大爆炸中並沒有確認死亡的曼娜有關。香港警隊接獲外國情報，得知恐怖分子將在香港與黑幫社團U384交易一個情報箱子，CIA尋求香港警方配合，逸泰決定擔任總指揮。宇航和家俊帶下屬出動，與Kenny在街頭發生大型槍戰；宇航成功截獲情報箱，卻遭恐怖分子狙擊。大家都搜尋不到宇航的手機定位，國斌致電逸泰指使他嫁禍宇航。
宇航難以證明清白決定逃出停車場，途中遇到奉召增援的家朗；家朗相信他，二人亡命潛逃，警隊則以涉嫌謀殺的罪名通緝宇航。家朗向宇航求證親生母親是否曼娜，宇航再次否認。宇航約見家俊欲告知他所有疑點，家俊卻公事公辦準備逮捕宇航。宇航搜證期間Kenny帶領亡命之徒大舉闖入，家朗決定出去引開他。O記和飛虎都派人到商場與Kenny等人發生激戰，有飛虎隊員中槍。
宇航設計捉Kenny，質問他關於U384的資訊但不果；家朗聯繫家俊，告知其手裏有Kenny的手機，裏面有內鬼和U384的資訊，要警方拿一千萬現金來換。家俊帶着現金前往貨櫃場，逸泰、家俊勸家朗投降，家朗要逸泰承認在1989年做過的事，以及自己與曼娜的母子關係。此時，Kenny帶領歹徒搜尋宇航和家朗。突然，余慧貞和雪盈坐的士到來尋宇航，不幸碰上Kenny。
高逸泰將聶宇航的妻女保護起來，想利用她們找到宇航的行蹤；宇航決定以情報箱向恐怖分子進行反擊。家俊請莊雅璇幫忙調查案件，卻發現被人盯上。逸泰與幕後大黑手國斌會面，國斌明言逸泰一定要幫他辦事。飛虎隊到宇航和家朗藏身的工廈，展開圍捕行動。雅璇從黃威廉的驗屍報告中發現，炸彈碎片的合成金屬來自美國軍方專用生產商，而梓堯槍傷是由逸泰從正面射出……
霍惠芸暗中幫助宇航，並引導家俊認清宇航被冤枉的真相。宇航提出以箱子換取自己和妻女一起離開香港，約逸泰見面。大批恐怖分子到港，準備奪回箱子。警隊一哥到總部找逸泰，發現他失了蹤，向哲琛大興問罪。潛伏的恐怖分子突然開火，宇航在槍林彈雨下拼死從車中救出妻女，幸家俊飛車趕至救走他們。混亂中箱子掉在公路上，家朗拿走後更恐怖分子在公路上追逐。
哲琛讓家俊收拾好父親在警署的東西後，放幾天假休息；不過控制逸泰的神秘組織是甚麼，依然沒有查到。家朗交辭職信給焯鋒，但焯鋒不接受。家朗與家俊往探望正在醫院養傷的宇航，家俊向他表示歉意，宇航教他放下父親的事別再自責。家俊面見警隊高層，解釋自己跟逸泰所犯的事絕無關係。以菲要家朗跟她比賽跑步和射擊 ，家朗稍勝，以菲撒嬌令家朗投降，主動請食飯，以菲暗喜……
曼娜煮了糖水但家朗不聽電話，只得落寞等待。飛虎成員欲揭穿家朗、以菲暗裏約會，誰知正好撞破綽鋒與張慧珊吃飯約會。家俊收到情報指一群海外回來的年輕富豪私營非法賭場，他親自潛入調查，更懷疑富二代吸食新型毒品。曼娜拿糖水給家朗，途中見到他和英蘭一起買菜。Kenny推銷他新型毒品「紫水晶」，毒品拆家跟Kenny說將有大批泰國毒品到港，會影響毒品銷路……
家俊再獨闖私營非法賭場，接近販毒根源，但在最後關頭被上次見到的神秘女子從中破壞。自稱文洛的神秘女子跟家俊表示可互相利用。曼娜積極接近英蘭，約她逛街買衫，與她交朋友，伺機打探家朗成長的經歷。家朗和以菲初次約會，終成戀人。O記繼續分析碼頭毒品案，認為可能因毒品利益而導致社團鬥爭，此時O記接到線報發現一個賭場富二代玩家的屍體。家俊即時通知文洛……
雪盈想向家朗表明心意，家朗卻說只把她當妹妹。宇航重遇隸屬中情局的鄭雪兒，她帶來了恐怖分子準備來香港洗錢集資的情報，更懷疑曼娜是唯一接頭人。家俊奮力偵查「紫水晶」的背後勢力，更約了雅璇吃飯問資料。家朗和以菲約會，中途接到李英蘭電話，遂帶以菲去見她，未料曼娜也出現在飯局中。原來曼娜利用英蘭，以上契為藉口，設局與家朗會面……
香港警方跟雪兒開會，發現家朗是曼娜唯一會主動親近的人，家朗拒絕成為臥底，陷入兩難。家俊送文洛回家，一夜情後更竊取她的手機資料；另一方面，惠芸暗示家俊別不擇手段去查案，因很容易迷失自己。曼娜帶着文件到茶餐廳見家朗，讓他簽字做自己的保險受益人。家朗嘗試修補母子關係，提議一起去玩。家俊取得「紫水晶」，於是欲找雅璇幫忙化驗，誰知雅璇放假……
家朗告訴英蘭有關曼娜曾是逸泰女人的事，英蘭心中介懷。飛虎隊員為家朗離隊失蹤而擔心，以菲更憂心忡忡。國斌告訴Kenny搞毒品生意是為了對付年輕銀行家，以控制香港外匯市場。家俊與文洛的親密關係慘遭Kenny揭破，原來文洛是Kenny的女人。黑幫突然湧現一股新勢力，「聯運」重出江湖，曼娜出力捧家朗為新一代「掌舵人」，更跟一眾黑幫老大見面。
哲琛要家俊打擊毒品集團以儆效尤，宇航擔心家朗和家俊兩兄弟會在行動中正面衝突。家朗私下與宇航見面，指國斌要他殺焯鋒，並叫宇航交一個神秘匙扣給焯鋒。焯鋒跟慧珊約會時拿出戒指求婚，卻遭國斌帶隊伏擊，之後家朗更在國斌面前向焯鋒開槍。家俊成功搗破「紫水晶」工場立了大功被追捧為「警隊新星」。國斌欲把內鬼找出來跟家朗起衝突，曼娜居中調停。
家俊被宇航怒斥，二人不歡而散。文洛失去了國斌的信任只能躲起來，希望避過追殺。家俊對文洛由憐生愛，二人成為戀人。家俊升職成為總督察，準備向地下社團作出大規模掃蕩；哲琛帶家俊到新辦公室，原來就是逸泰從前的辦公室。兩兄弟再次相遇，家俊嘲諷家朗帶着一大票小混混，家朗諷刺他整天出現在電視新聞上。逸泰要求見宇航，表示有曼娜的情報……
盧國斌要Kenny殺了凌文洛，Kenny沒有下手，反而要她帶著載有毒氣的行李箱進入警署。高家朗要聯運跟星國開戰，警察傾巢而出，傷亡才得以減少。盧國斌確信高家朗是臥底，為煽動高家俊，放出高家朗有份策劃襲擊的消息。
毒氣事件後，聶宇航要求高家俊休假，並親自負責調查工作。高家俊得悉雷焯鋒中槍一事另有內情，遂向鋒之心理治療師張慧珊求證，珊懷疑俊患了躁鬱症。Kenny繼續懷疑高家朗是臥底，朗極力否認，並向盧曼娜表示不滿。
聶宇航設局引出Kenny，卻被高家俊破壞計劃，Kenny被帶到警局拘留。盧國斌無法與他取得聯絡，料想他應該出了事，同時盧曼娜提議讓高家朗代替Kenny進行任務，斌對朗仍有所懷疑，竟提出綁架聶宇航之妻顯示其忠誠。
盧國斌和高家朗綁架了余慧貞，要脅警方釋放Kenny，聶宇航反對，高家俊卻堅持要交換人質，結果Kenny遭航擊斃，貞卻遭朗槍傷，俊感自責。另外朗積極培訓新血，終令斌釋除疑慮。貞難以接受自己癱瘓一事，航加以開解。
紅狼要盧曼娜做誘餌，轉資十億，吸引全世界注意，同時高家俊又死咬著聯運不放，於是盧曼娜抓走李英蘭，想趁機解決高家俊，高家朗知道後，焦急萬分，急忙想辦法救人。飽受心理折磨的戴以菲決定辭職，雷焯鋒挽留不果。
高家俊透過監控鏡頭鎖定U384的基地。聶宇航想在案子結束後讓高家朗回歸，但韓哲琛以要他接近紅狼為由拒絕。Ｏ記與飛虎隊展開聯合行動搗破U384，一輪槍戰後，盧國斌逃脫。在高家朗的遊說下，盧曼娜投降並轉為污點證人
高家朗為誤擊乾媽而內疚，聶宇航安慰二人，但乾媽對朗仍充滿戒心。高家俊主動接觸張慧珊處理自己的心理問題，珊為俊進行催眠，最終找出病因。盧國斌主動接觸高家朗，威脅朗若不釋放盧曼娜就會在市中心引爆毒氣炸彈。
紅狼在歐洲的基地被搗破，他們將目標轉移到香港，準備發動襲擊，盧國斌為救盧曼娜，答應與他們合作。警方為對付紅狼，成立一支特別小組，由高家朗、高家俊、戴以菲三人擔任隊長，朗及俊兄弟倆的感情也變得越來越好。
高家俊要莊雅璇離開自己，卻反被對方打動，俊向璇求婚，璇答應。紅狼意圖在香港多處發動襲擊，為制止紅狼，聶宇航和雷焯鋒嚴密部署行動。另一方面，紅狼藉狙擊股市來搞垮香港經濟，為穩住股市，航找來盧曼娜協助…
紅狼逼盧國斌穿上裝有炸彈的背心前往會場引開注意，實則真正目的是要去金管局抓盧曼娜。高家朗成功制服盧國斌，同時，高家俊猜到紅狼真正意圖，通知聶宇航。停車場內，盧曼娜受傷，高家兄弟一起聯手與紅狼展開槍戰。