The Ark has been destroyed thanks to the combined efforts of both Zero-Two and Horobi, and the union of humans and Humagears alike! However, the impact of the Ark has not vanished yet! The human race is still believed to be targeted under the presumption that "As long as humanity exists, the Ark will continue to return"! Meanwhile, a new president of ZAIA Enterprise Japan who rivals Gai's original position suddenly appears, and his goal is to destroy Horobi! In time, a full-scale confrontation between humans and Humagears is about to begin!
ゼロツーと滅の共闘、さらに人間とヒューマギアの協力によって、アークは滅びた。しかし、アークが残した爪痕はまだ消滅してはいなかった。“人間が存在する限り、再びアークは蘇る”と信じる滅にとって、人類が滅ぼすべき敵であるということに変わりはなかった。一方、ＺＡＩＡエンタープライズ・ジャパンの社長・天津垓の元には、本国のＺＡＩＡから“新しい社長”と名乗る人物が現れる。彼の使命もまた滅を始末すること。ついに、滅率いるヒューマギアと人類の全面対決が始まろうとしていた。
