講談社「週刊モーニング」連載かわぐちかいじ原作コミックをアニメ化。 日米共謀により極秘裏に建造された日本初の原子力潜水艦『シーバット』。しかし、『シーバット』は試験航海中に海江田四郎艦長指揮の下、突如反乱逃亡。米軍はシーバット撃沈を決定する。追撃してきた米海軍の前に出現した『シーバット』は、全世界に向けて独立国『やまと』を宣言、米艦隊の包囲網を突破し、同盟締結のため日本へ向かった。 苦悩する日本政府は『やまと』を護衛するために海上自衛隊護衛艦隊の出動を決定。日米が一触即発の状態に入った。 事態を収拾するため開かれた緊急首脳会談は紛糾、結論の出ないまま護衛艦隊は米艦隊の攻撃にさらされる。専守防衛の国是の前になすすべのない護衛艦隊。だが、これを同盟国への攻撃とみなした『やまと』は米艦隊に壊滅的な打撃を与える。通常魚雷を撃ち尽くし、もはや武装は核兵器のみとなった『やまと』は東京湾に浮上した……。