「二度とCODEは使うな」。 刑事・二宮湊人（坂口健太郎）に忠告した佐々木慎介（渋谷謙人）が、遺体で発見された。死因は覚醒剤の過剰摂取。七海悠香（臼田あさ美）が亡くなった事故への関与が疑われる寺島貴司（中島健）と同じ死因で、二宮は確実に佐々木は殺されたのだと考えていた。 婚約者に続き、友人の佐々木まで……立て続けに身近な人間を亡くした二宮を、フリー記者・椎名一樹（染谷将太）は自らがCODEを調査するアジトへ連れて行く。
