15年前、世間を騒がせた連続殺人犯“コウモリ”。被害者同士につながりはなく、いかなるプロファイリングを駆使しても、年齢・性別・体格すら特定できない。すべての犯行現場で、遺体のそばには“黒い花びら”が撒かれていた。しかし、正体も、犯行動機も分からないまま、事件は未解決に。 大学の准教授で心理学を専門とする安堂楓（仁村紗和）もコウモリに両親を殺害された被害者遺族だ。当時、楓は半年間監禁された後、解放された。そのときに身につけた人並外れた聴力と、心理学の知識を使い“容疑者の嘘を見抜く力”を得た楓は、コウモリを見つけ殺害すべく、警察の捜査に協力している。 一方、楓の血の繋がらない弟・奥沢雪路（佐藤大樹）は、刑事としてコウモリを追っていた。 そんなある日。「今から危険物を仕掛けます」と予告する動画が、神奈川県警に送り付けられた。手持ちカメラで撮影された動画には、「90分以内にこのカメラがどこにあるのか、見つけられたら警察の勝ち。見つけられなければ警察の負け」という音声が入っていた。 イタズラの可能性もあったが、動画はすでに拡散されており、雪路は磯貝（細田善彦）とともに対応に当たる。 そんな中、「動画を警察に送ったのは私です」と、男が出頭してくる。その腹には爆弾が巻かれていて……！？ ところが、男はずっと黙り込んだままだった。事態を打破すべく協力を要請された楓は、やがて爆破事件に巻き込まれていくことに――！
かつて世間を騒がせた連続殺人犯“コウモリ”が、再び動き出した――！ 15年前に起きた“コウモリ”による連続殺人事件。そのすべての現場には、遺体のそばに黒い花びらが残されていた。花びらがコウモリのような形をしていたことから、一連の事件は“コウモリ事件”と呼ばれるようになった。犠牲になった安堂楓（仁村紗和）の両親は、監禁された末に殺害された。このとき、楓も別の場所に監禁されていたが、後に楓だけは解放された。いずれも未解決のまま、犯人逮捕には至っていない。 コウモリは、なぜ15年もの沈黙を破り、殺人事件を再開させたのか。再びコウモリが動き出したと思われ、神奈川県警は総力を挙げて追うことに。 コウモリに父親を殺害された刑事の奥沢雪路（佐藤大樹）は、コウモリ事件を担当したいと磯貝（細田善彦）に希望するが――。 そんな中、横浜・関内で殺人事件が発生。すぐに犯人らしき人物は見つかったが、それは未成年の少女だった。協力を依頼された楓は、少女と向き合うことに。 事件を追う中で、少しずつコウモリにつながる情報に近づいていく楓。ところが、新たな試練が待ち受けていて……！？
楓（仁村紗和）とつながりのある半グレ組織「サンライト」の野上修吾（ひょっこりはん）が殺された。またしても遺体のそばには黒い花びらが置いてあり、“コウモリ事件”の再開は疑いようがなかった。修吾は、死後青い痣が出た関内の薬物中毒者を追う中で亡くなった。そんな折、雪路（佐藤大樹）は、楓から衝撃的な事実を知らされる。楓の両親の遺体にも“青い痣”があったというのだ。楓の両親、関内の薬物中毒者、そして潮田（中田青渚）に撃たれた三上サトル（内藤秀一郎）は、死後、青い痣が出現。彼らは同じ薬物を摂取していた可能性が高く、薬の出所を追えばコウモリに行き着くと思われた。コウモリを見つけ出し、殺すつもりの楓に、雪路は驚きの提案をして――！？ そんな中、ある団地で立て続けに殺人事件が発生。捜査を進めるうちに、雪路たちはコウモリにつながる怪しい人物にたどり着き――！
団地での殺人事件の犯人だと自供した後、自殺した長峰透子（志田こはく）は、“意外な人物”と毎日のように連絡を取っていた。その人物は、殺人を実行するよう透子をそそのかした可能性もあった。 雪路（佐藤大樹）と潮田（中田青渚）が急いでその人物の元へ向かうと、衝撃的な光景が広がっていた。そこには、黒い花を集めて作られた大きな“コウモリ”のモチーフがあったのだ！ その人物こそが“コウモリ”であることが高まった。知らせを受けた楓（仁村紗和）が急いで雪路たちの元へ駆け付けると、タイミングを合わせたかのように着信が入った。 「私からのプレゼント、気に入ってくれた？」 電話の主は、15年前、地下室に監禁されていたときの楓の様子をなつかしそうに振り返った。そして、楓の監禁場所だった山荘にいることを明かし、「久しぶりに会えるのが楽しみ」と挑発し……！？ ところが、当時のつらい記憶が蘇った楓は、ひどく震え、動けなくなってしまい……！？
“コウモリ”事件が再開してから、4件目となる事件が発生する。被害者の遺体のそばには黒い花びらが撒かれており、首元には“青い痣”があった――。今回の事件でも”コウモリ”の存在はマスコミに伏せられたが、世間に気づかれるのは時間の問題だった。そんな中、雪路（佐藤大樹）は、楓（仁村紗和）の両親の鑑定書から「2人に青い痣があった」と記載されたページが抜きとられていたことが、どうしても頭から離れずにいた。警察内部の人間の仕業に間違いなく、それは”コウモリ”に繋がる人間が警察内部にいることを意味していた。警察を疑う雪路は周囲を厳重に警戒。そんな雪路の様子を、潮田（中田青渚）は気にしていて……！？ そして、ついに雪路の元に「コウモリ」を名乗る人物から連絡が――！
