コールドスリープから目覚めたナツは、共に目覚めた牡丹、嵐、蟬丸と一緒にボートで近くの猫に似た形の島へ漂着する。ナツたちはどこか分からない島でサバイバル生活を余儀なくされる。
巨大化した植物や、凶暴化した動物や昆虫によって、いくつものピンチがナツたちを襲う。ナツたちの窮地を救った謎の人物"百舌"の言葉に、蟬丸が何かを知っていそうな牡丹を問い詰める。
残りの夏のBチームと合流したナツたちは、自分たちが九州近海に、他の各チームはばらばらの場所に集められたこと知る。そこで救援物資がある"7つの富士"の一つ、由布岳を目指すことになる。
東京を目指し、北上していたナツたちは神戸付近で秋のチームが生活する村を見つける。初めて他のチームに出会ったナツたちだったが、秋ヲと蘭の厳しい村のルールに驚愕する。
東京にたどり着いたナツたちは、冬のチームの新巻と出会う。彼は冬のチームは自分一人だけだという。一方、花たち春のチームも神奈川にある"7つの富士"の一つの経ヶ岳にたどり着いていた。
15年先に目覚めたと話す新巻を花たちは初めは疑いつつも、美しい投球ホームを見て甲子園で活躍したあの新巻だと信用する。雨季に入り、青紫の謎の液体が植物や動物を侵食しはじめる…。
ハルが見つけた足跡を辿り、花たちは地下の建物に入る。そこで、秋のチームと遭遇し、ハルが捕まってしまう。解放する代わりにある場所に行って欲しいと指示され、巨大な避難シェルターへ辿りつく。
龍宮シェルターを出た花たちは、安居たち夏のAチームと遭遇した。一方、はぐれた桃太郎はあゆに助けられ看病されるが次第におかしいと気づく。花たちはついに桃太郎を発見するが…。
白いコウモリに襲われ、共闘することになった花と安居たち。夏のAチームの高い能力によって救われ、安居から意外な提案をされる。ナツたちは目覚めた春のチームのひばりから蛍の話を聞く。
"7SEEDSプロジェクト"の試験中、安居は未来に行く以外自分たちが生きて出ることができないと知ってしまう。安居が懲罰房から戻ってから、試験中立て続けに事故が起こるようになる。
花の父親が"7SEEDSプロジェクト"の首謀者の一人だと知る安居たち。安居は花への敵意が収まらずにいた。一方、ナツたちは秋のチームが住んでいた村に着き、花が書いた嵐への手紙を見つける。
水を探すため洞窟の中に入る花たち。暗がりの地下に降りる恐怖を感じながらも、探索を進める花だったが、涼があることを尋ねる。その頃、安居は洞窟内で茂を助けられなかった時の記憶が蘇る。
夏のAチームは、安居と涼を追放。ハルたちは激流に流された花を思い、悲しみを募らせる。新巻は花の生存を信じ、村を出て捜索する決意を固める。
夏のBチームを発見した安居と涼。わなを警戒して観察するつもりが、図らずも夏のBチームに合流してしまい、一同の能天気ぶりに戸惑いを隠せない。
安居と涼は夏のBチームに力を貸すが、涼は次第に彼らのサバイバル能力に疑問を持ち始める。安居はナツに茂の面影を見出し、世話を焼き始める。
涼は、航海を楽しむ夏のBチームのサバイバル適性を密かに試し始める。安居は、チームが落ちこぼれであることをナツから聞き、激しい苛立ちを覚える。
夏のBチームは嵐を捜索するが、牡丹は不信感に駆られて涼と安居の持ち物を調べる。ある生存者は、動物たちと触れ合いながら自力で活動を始める。
大量の藻に行く手を阻まれた夏のBチームは海上に巨大な船を発見し、牡丹の心配をよそに調査を開始。嵐は、仲間の船から上がった凧(たこ)を見つける。
突如動き出した巨大船の中で、散り散りになってしまう夏のBチーム一行。嵐は、仲間を助けるために動き出す。牡丹たちは、船内で驚くべき発見をする。
精神が不安定な安居は、自身と嵐を危険な状況に追いやってしまう。蟬丸は、死にそうな目に遭う。ナツは、勇気を振り絞って大きな1歩を踏み出す。
花と動物たちが一息ついていた水場は、突如として弱肉強食の狩場に変貌。巨大船の内部では、鉄を食べるバクテリアが急激に増殖を開始していた。
藤子とちさと再会を果たす花。ミサイルの発射準備が着々と進む巨大船の中で、安居は辛い過去と忘れられないテストの記憶を夏のBチームに打ち明ける。
花は、人間として生きるための厳しい現実を痛感。夏のBチーム一行はミサイルの発射を止めるべく力を合わせ、停止に必要なパスワード集めに奔走する。
増殖するバクテリアは人々を襲い始め、船内は一刻の猶予もない危険な状態に。ミサイル発射のカウントダウンが進むなか、一同は船からの脱出を急ぐ。
