André Merlaux, est engagé comme stagiaire dans les Services Secrets français. Sous l’oeil aguerri de Moïse, le directeur des opérations, trois agents d’élite vont le former à devenir un espion : Moulinier, en charge des affaires africaines, Jacquard, qui s’occupe de l’Algérie, et Calot, spécialiste des pays de l’Est. Le jeune candide découvre avec surprise le Service dirigé par l’intimidant Colonel Mercaillon : une administration ronflante, où un coup de tampon sur un formulaire semble plus important que n’importe quelle crise géopolitique.
Moulinier et Jacquard réussissent un coup d’éclat : capturer un ancien nazi. Malheureusement pour eux, l’heure est à l’amitié franco-allemande. Déçus, ils vont tout faire pour conserver leur « prime Nazi »… quitte à créer un incident diplomatique. Merlaux, lui, fait la connaissance d’une ravissante jeune fille, Sophie. Plus efficace que ses collègues, il réussit à obtenir du prisonnier nazi des noms d’anciens collabos français. Mais au Service, ce type de renseignements a tendance à finir dans la corbeille à papier…
Trois émissaires de l’État africain du Dahomey se présentent au Service. Leur requête : l’indépendance ! Moulinier est chargé de les ramener à la raison, mais il échoue. Moïse adopte une autre stratégie et confie le dossier à Merlaux. Celui-ci s’en empare avec enthousiasme, saisissant cette occasion de mettre en oeuvre ses idéaux progressistes. Il ignore jusqu’où le Service est capable d’aller pour préserver l’Empire colonial français…
Le FLN menace l’autorité française en Algérie : Jacquard et Merlaux sont envoyés sur place pour régler le problème. En bon élève, Merlaux prépare sa mission en identifiant deux cibles potentielles. Il ne tarde pas à constater que les intérêts de Jacquard à Alger ne sont pas uniquement d’ordre patriotique… N’écoutant que son devoir, il se focalise sur l’ennemi, et se confronte pour la première fois à la dure réalité du travail d’espion.
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Merlaux est en mission à Moscou avec Calot. En voulant lui montrer les ficelles du métier, celui-ci fait une manœuvre maladroite et provoque un incident avec la CIA. Pendant ce temps, c’est le branle-bas de combat au Service : Marie-Jo, la secrétaire, va être promue fonctionnaire de catégorie C ! Merlaux, amoureux, préfère aller voir À bout de souffle avec Sophie.
Le colonel Mercaillon décide de créer un poste de directeur adjoint. Moulinier, Jacquard et Calot vont (vraiment) tout tenter pour obtenir le poste. Merlaux, lui, est déstabilisé par Sophie et sa volonté d'être une "femme moderne". Un terme qu'il ne comprend guère...
Les agents apprennent qu’une prime héritée du régime de Vichy est supprimée, remettant en cause leurs acquis sociaux. Indignés, Moulinier, Jacquard et Calot se mettent en grève. Le colonel interdit à Merlaux de revoir sa fille Sophie. Meurtri, le jeune homme se plonge dans le travail et entreprend quelque chose que le Service n’a pas l’habitude de faire : recouper des informations.
Le colonel apprend que Merlaux continue à fréquenter Sophie. Pour l’en dissuader, il lui tend un piège auprès d’un marchand d’armes libanais. Merlaux se retrouve dans les bras de Clayborn, la belle espionne du Service, et filmé malgré lui. La réussite de cette mission lui vaut d’être enfin titularisé. Le colonel, lui, récupère le film compromettant.
Moulinier, Jacquard et Calot préparent une mission de la plus haute importance : se rendre incognito en Angleterre pour assister au match de rugby France – Pays de Galles. Malheureusement, Moïse les envoie à Alger pour procéder à l’arrestation d’un terroriste. Le colonel révèle à Merlaux qu’il l’a piégé lors de sa mission "monôme", avant de constater qu’il est lui-même menacé : quelqu’un au Service semble fouiller dans son passé…
Il y a une taupe dans le Service ! Pour la débusquer, Moïse se fait prêter un détecteur de mensonges par le Mossad. Merlaux a peur : il craint que le colonel ne découvre qu’il continue à voir Sophie. Le colonel, lui, craint pour sa réputation : les résultats du détecteur sèment en effet le doute sur la nature de ses activités pendant l’occupation allemande.
La traque de la taupe stimule les tendances paranoïaques de Calot. Et si le coupable n’était autre que lui-même ? Il en informe ses collègues. Pendant ce temps, les soupçons du colonel se confirment : Moïse fouille dans son passé de collabo. Merlaux accueille Sophie chez lui, et lui raconte son histoire, celle d’un orphelin élevé par un prêtre. Un prêtre que le colonel semble très bien connaître…
Le colonel veut en finir avec Merlaux : il l’envoie à Alger avec pour consigne de supprimer la taupe. Une mission qu’il confie également à Moïse… Alors que Calot se perd dans ses interrogations identitaires et que Jacquard fomente un attentat contre le général de Gaulle pour préserver ses intérêts immobiliers à Alger, le stratagème du colonel réussit : Moïse revient en France après avoir éliminé Merlaux, traître à la nation. Enterré, son dossier rejoint les archives poussiéreuses du Service. À moins que… ?
Calot, Jacquard et Moulinier partent en mission secrète à Cuba pour exfiltrer Clayborn qui y est retenue en otage. Enceinte d’un révolutionnaire cubain, elle refuse de partir avec eux. Les trois agents sont arrêtés puis sauvés par un homme mystérieux en combinaison noire.
8 janvier 1961 : référendum sur le statut de l’Algérie. Avec l'aide de Moktar, Jacquard fait exploser ses maisons à Alger en accusant le FLN afin de toucher les primes d’assurance.
Des indépendantistes québécois demandent l’aide de la France. Ils sont reçus par Calot, Jacquard et Moulinier. Méprisés par les agents, ils se tournent vers le FLN et décident de s’appeler le FLQ.
Alors qu'André s'apprête à assassiner le Colonel chez lui, Mercaillon lui affirme qu'il est son père. Pendant ce temps, Calot expose le nouveau contexte géopolitique, la "Guerre Froide", devant le Service, ce qui ne suscite que moquerie parmi ses collègues.
Totalement déprimé par le départ de sa femme, le Colonel cède intégralement aux exigences du FLN à Alger : il brade l’Algérie française. Scandalisé, Jacquard pousse des généraux de l’armée française à faire un putsch.
Jacquard, Moktar et le Colonel transportent la bombe atomique Gerboise Verte en 2CV fourgonnette d’Alger à Reggane en traversant le désert.
Chargé de désigner un président africain, et de décider de son score à l’élection, Moulinier choisit un poète qui l’émeut.
Deux agents de la CIA viennent au Service préparer la future visite à Paris de John et Jackie Kennedy. Les Américains, obnubilés par les communistes, affirment qu’un agent du Service est une taupe du KGB.
Le Colonel fait chanter Moïse : s’il ne lui livre pas André, il révèle son homosexualité à tout le Service. De leur côté, Jacquard et Moulinier partent en module à Moscou, chapeautés par Calot.
Calot, Jacquard et Moulinier ont arrêté André à l’aéroport de Moscou. Ils le ramènent en voiture à Paris. Mais André les sauve à un check point en exhibant sa carte du KGB.
Le Colonel veut qu’André soit exécuté pour traîtrise à la nation. Il finit par le libérer afin de le faire tuer par ses sbires.
Le Colonel veut la peau d'André une bonne fois pour toute. Il part sur ses traces à Alger accompagné de Moulinier, Calot et Jacquard.
