強化装甲＜ウィルウェア＞を使用した金塊強奪事案が発生。 警察庁警備局第五特別公安課第三機動強襲室第八係──通称＜ダイハチ＞に出動要請が下った。室長・山吹凛の指揮のもと、ウィルウェアを装着して出動する瀬名と黒騎。目まぐるしく変化する状況の中、新たに配属された若き警部補・花咲里あさみが見た＜ダイハチ＞の実態とは!?
ダイハチの内偵を続けるあさみ。事案の後処理に奔走する凛。 そんな中、凛の妹が通う光貴教育学園に暴走ウィルウェアが侵入、破壊行為を行なっているという情報が入る。あさみが出動するも、装着した最新型ウィルウェアは、未調整のままだった！
男の娘アイドル・神明天夢のコンサート会場にウィルウェアが出現した。 犯人は天夢の熱烈なファンだ。黒騎と瀬名が急行するが、反撃に合い大ピンチに。舩坂の大胆な機転であさみも出動！コンサート会場を舞台に、あさみの必殺ワザが炸裂する！
何者かにより、飛行中の206便主脚格納室に爆発物を仕掛たとの犯行声明が届く。 指定旋回空域を離れても、高度が一定以下に下がっても爆発するという。 急遽出動した瀬名を、予想外のアクシデントが次々と襲う！
小野寺というポーカーの名手に勝たないと、都心にミサイルが発射される。 稲城の依頼でダイハチはポーカー勝負に挑むこととなったが、対戦相手・小野寺にはまったく歯が立たない。 そこに現れたのは……!？。
ウィルウェアの台頭によって過去の遺物と化した巨大人型重機・猛銃號が強奪された。かつてロボット少年だった舩坂は、もうひとつの巨大人型重機・怒龍號を甦らせるため、いまは介護老人となったかつての設計者・霞ヶ関博士に協力を仰ぐ。
都知事粛清と称し、電磁ドームを展開して都庁を目指すウィルウェアの男・小針。出勤した黒騎たちだったが、都の認可が下りず動くことができない。はるかの提案で都の管轄外である鉄道敷地内を利用した迎撃作戦が始まった！
都内で頻発する事件、そこへ現れる謎のウィルウェア・アルティメイド。 ダイハチのウェアをしのぐ性能と活躍に、全国規模で人気が沸騰する。ダイハチ不要論もでてくる中、黒騎は瀬名を飲み会へ誘う。そこに現れた人物は……!？
改造ウィルウェアで銀行などが襲撃される事件が連続し、黒騎たちが捜査を開始する。 犯人はロゴスのドック。ロゴスの主旨に反する身勝手な行動に、ミュトスはドックの粛清を決める。
ここしばらく、改造ウィルウェアによる犯罪は起きていない。 警察庁はロゴスが瓦解したと判断するが、黒騎や瀬名たちは、まだ見ぬ主犯格たちが他にいると考え、捜査を続行する。
オロチ＝国家公共統合情報基盤の半分を手中にしたミュトスにより、首都圏の交通・通信網はすべて止められてしまった。黒騎たちダイハチは、この非常事態解決のために動き出す。
オロチがミュトスに完全に掌握されてしまった。ミュトスを追うダイハチに、最強のウィルウェアが襲いかかる！
警察から3時間逃げ切れば大金が貰える……！？女子高生が、自爆テロ用ウィルウェアを着て都内を暴走する事件が発生！停止させるにはピンポイントで目標点を撃ち抜く腕が必要だ。凛は事件解決のため、あの男を呼び寄せる！
ウィルウェア強化パーツ・ケンタウロスユニットを使い、何者かがパトカーを襲撃した。そのユニットは、エミリアが所属していたポ-ランド警察が開発したものだった。一方、現場に遺されたマークから、十年前の兵器密造事件の際に辞職した元警察官が捜査線上に浮かび上がる。
ダイハチに緊急事態発生！ 出動不可能！ そのタイミングでウィルウェアと爆弾を使った立て籠り事件が発生する。機動強襲室第九係（ダイク）係長・花咲里あさみ！ 私と私の優秀な部下たちが、ダイハチと東京を救いますっ！
ロゴス事件の後も、警察庁の施設に極秘に収監され続けるミュトス。黒騎は彼のことを気にかけ、時間を作っては訪ねていた。そんな中、都内でバイク型ウィルウェアによる暴走事件が発生する。
都内各地で、ウィルウェアによる同時多発事件が発生。しかしダイハチの到着前に全員が逃げ出し、１人も捕えることができない。その頃、陽は元同級生・壬生知衣子（ルビ：みぶちいこ）のライブに出かけていたが…。
新宿に突如現れた巨大怪獣ルドラが、解体中の旧都庁に襲いかかる。何者かが３Ｄプロジェクターの映像と連動させ、旧都庁を爆破したのだ。これを知った瀬名は、自ら捜査に乗り出す。
全国知事会議を予告テロから守り切ったご褒美として、リゾートホテルのプールでささやかな休暇を楽しむダイハチ＆ダイクの面々。ところがそこに偵察用の極小ドローンが現れ……？
都心で突然事故や器物破損が起きる、見えない通り魔事件が頻発。現場に残された手掛かりを頼りに泥濘地区へやって来た瀬名は、難民らしき外国人アティンと知り合う。
吸着装置で壁面を自在に移動するウィルウェアが産業スパイを働く、スパイダー事件が発生。黒騎は円たちの協力を得て、スパイダーウィルウェアを罠に嵌めようとする。
「彼はバードと手を組んでいる」 ミュトスに指摘された黒騎は、疑念を晴らすため、ダイハチのメンバーと共に調査を開始する。
衛星と地上を繋ぐ宇宙エレベーターの連結式と、新東京サミット開幕が迫る中、懸命に捜査を続ける黒騎たち。一方、大スクープの証拠を手に入れた小湊は、何者かに命を狙われる。
首都圏壊滅の危機を前に、ダイハチとダイク、そして統合自衛隊が総力を結集する。みんなの思いを胸に、黒騎が宇宙へ向かう！
