乙女ゲームの世界の裏ボス・ユミエラに転生してしまった主人公。ヒロインたちに討伐されないように目立たず過ごすことを誓うが、ゲーマーの血が騒いでレベル上げに熱中しすぎてしまいーー!?
王立学園の授業が始まった。ユミエラのレベルが99であることを頑なに認めないエドウィンたち。ついに彼らの手によって、ユミエラは学園長から退学を通告されてしまう。そこでユミエラは実力の一端を発揮することになる。
国王から王城へと招かれたユミエラ。騎士団長のアドルフとの手合わせで、ユミエラのレベルが99であることが認められる。謁見を終えて王妃から個別に呼び出されたユミエラは、彼女からある依頼をされるーー。
アリシアの目からは自分が真っ黒な魔物のように見えていることを知ったユミエラ。しかし、その原因は分からなかった。そんな中、ユミエラは新しい学園長に乞われて野外演習の運営を担当することになる。
野外演習でパトリックとの距離が近づいたユミエラは、剣術の授業で彼とペアを組むなど交流を深めていく。数日後、二度目の野外演習で生徒の緊張感が薄れているなか、ユミエラは再び魔物呼びの笛を取り出してーー？
夏休みが終わり、学園の武術大会の季節がやってきた。武官を志す者の邪魔にならないよう、出場を見合わせるつもりだったユミエラだが、優勝賞品が「闇属性魔法強化の護符」だと知って、俄然やる気を出してしまう。
突然、エドウィンからアリシアの私物がなくなることについて問われたユミエラ。当然心当たりはないが、イジメのショックでアリシアのレベル上げに支障があっては困ると、犯人探しのために教室で張り込みをはじめる。
同級生のジェシカから、実家の領地に住み着いたドラゴン退治を頼まれたユミエラは、さっそくドラゴンの住む山へとやってきた。ゲーム通りであるならば、移動手段を手に入れられるとひそかにやる気をだすのだった。
レムレスト王国の諜報員からの勧誘を断るユミエラだったが、その会話で自分がパトリックに特別な思いを抱いているのかもと思い始める。パトリックの秘密の行動が気になるが、彼からはどうしても教えてもらえず……。
行方不明のアリシアをダンジョンの近くで見つけたユミエラ。アリシアの不審な 行動にはシナリオの強制力が関わっていた!? その後、アリシアをダンジョンで のレベル上げに誘うのだが、その方法はやはりスパルタでーー。
ユミエラは突然何者かによって命を狙われるようになった。次々と暗殺者がやってくるが、レベル99のユミエラには歯が立たない。そんな中、ユミエラは王都の大通りである少年と出会う。
ついに、魔王城へと辿り着いたユミエラたち。しかし、魔王は圧倒的な力を誇り、ユミエラ以外のメンバーは歯が立たない。唯一立ち向かえるユミエラに対し、魔王は王国と魔王に関する真実を語り始める。
