The Arcadia heads back to Earth to investigate a third signal being emitted from the Sargasso Sea.
Nausica découvre dans la fosse marine de la Romanche une troisième distorsion magnétique similaire à celle de la pyramide engloutie et de la sphère noire. Alfred prétend que cet emplacement était autrefois appelé le Cimetière Marin car les navires qui s’aventuraient dans ces eaux disparaissaient inexplicablement et réapparaissaient parfois sous forme de vaisseau fantôme.
サルガッソ海から放たれた3番目の信号を調査するべく、アルカディア号は地球に引き返した。そこで待ち受けていたマゾーンの刺客・魔女アマンは、1945年当時の旧日本軍艦隊を使って攻撃を開始する。その摩訶不思議な現象に疑問を抱いたハーロックは、事の真相を探るべく海底調査を開始。そこでマゾーンの基地を発見した。しかし内部ではアマンが待ち構えており、一日が地上の一年に相当する基地内でクルーの全員が眠らされてしまう。このままでは、起きた頃には地球は侵略された後…。しかしひとりでに動き出したアルカディア号に助けられ、どうにか脱出する。
Si fa rotta verso il Mar dei Sargassi - una zona misteriosa al centro dell'Oceano Atlantico - ma appena arrivati un sottomarino della seconda guerra mondiale inizia a far opera di disturbo; sul posto c'è anche parte dell'esercito terrestre ai comandi di Kirita, il quale però fugge a gambe levate non appena scorge quella che appare come una nave da guerra fantasma e pertanto tocca all'Arcadia eliminarla.