Sydneys geheimer Doppelagentenstatus ist nach dem Einschmuggeln eines Biowaffentechnikers von ihrer Mission in Berlin in SD-6 gefährdet. Will trifft eine Frau, die gesteht eine Affäre mit Danny kurz vor seinem Tod gehabt zu haben. Vaughn informiert Sydney, dass ihr Vater vielleicht für eine dritte geheim operiende Behörde arbeitet.
Sydney's secret double agent status is jeopardized after she smuggling a biotech engineer into SD-6 from her mission in Berlin. Will meets a woman who confesses that she was having an affair with Danny shortly before his death. Vaughn informs Sydney that her father may be working for a third secret operative agency.
Le statut d'agent double de Sydney est découvert après avoir enlevé un ingénieur en biotechnologie dans le SD-6 pendant sa mission à Berlin. Will rencontre une femme qui confesse que Danny avait une relation avec elle un peu avant sa mort et Vaughn informe Sydney que son père pourrait travailler avec une troisième agence.
Sydney élete veszélybe kerül, amikor az SD-6 egyik ügynöke különös tárgy birtokába jut. Will újabb terhelő bizonyítékokat talál Daniel Hecht halálával kapcsolatban, Sydney pedig tovább érdeklődik Vaughn-nál Jack után, hiszen feltűnt neki, hogy néhány oldal hiányzott apja aktájából.
Syd e Dixon aiutano un uomo, che possiede alcune informazioni su un vaccino, ad entrare negli USA. Vaughn presenta a Syd un agente che ha una straordinaria somiglianza con l'uomo da salvare. Will scopre che Danny, prima di morire, stava partendo per Hong Kong, non Singapore, con una misteriosa donna.
Na een aanslag verijdeld te hebben moet Sydney naar Berlijn om een wetenschapper op te halen. Ze verwisseld de man echter met een CIA agent en deze komt in problemen omdat hij bepaalde info niet heeft. En dan is daar nog de fabriek die opgeblazen wordt met CIA mensen die nog aanwezig zijn.
O caráter de dupla agente secreta de Sydney está em risco depois que ela contrabandeia um engenheiro na SD-6 para sua missão em Berlim. Will conhece uma mulher que confessa estar tendo um caso com Danny antes de sua morte. Vaughn informa Sydney que seu pai pode estar trabalhando para uma terceira agência de operações secretas.
Sydney logra escapar de los guardaespaldas de Sawari que quieren atraparla porque ha presenciado cómo un equipo sanitario implanta una bomba en el marcapasos de un orador. Dixon roba una ambulancia y, mientras son perseguidos, intenta extraer el dispositivo explosivo. Lamentablemente, Jacbnoud lo activa antes de que pueda terminar la intervención.
Will, el amigo de Sydney que investiga la muerte de Danny, ha descubierto que el vuelo no viajaba a Hong Kong sino a Singapur. Además, Kate Jones, la mujer que se sentaba a su lado, tampoco se subió a dicho avión. Will se cita con la misteriosa joven, que admite que mantuvo un romance con Danny. Para sorpresa de ella, Will la informa de que, según la seguridad social, lleva muerta desde 1973.
Sydney a Dixon mají za úkol bezpečně dostat do USA Jeroena Schillera, který má informace o vakcíně proti biologické válce. Mezitím CIA připraví plán, aby do SD-6 dorazil jeho dvojník a Jeroen je exportován rovnou do CIA. Dixon o ničem samozřejmě na rozdíl od Sydney neví.
Sloan se však od Jeroenova dvojníka dozví místo v Německu, kde se nachází továrna na výrobu vakcíny. Sloan vyšle Sydney s Dixonem do Německa získat vakcínu a vyhodit továrnu do povětří. CIA o operací ví a demontuje Dixonem nastražené bomby, ale přesto nastane komplikace v okamžiku, kdy se Dixonovi nepodaří na poprvé odpálit bomby a použije záložní detonátor, o které zase pro změnu nevěděla Sydney.
Budova továrny vybuchuje i se všemi agenty CIA uvnitř.
