異能 ー「エクシード」に目覚めた少女たち、「プログレス」の保護・育成を行う「青蘭学園」。 繋がった5つの世界から集められたプログレスたちは、彼女たちの力を強化する能力を持った 「αドライバー」とともに日夜訓練に励んでいた。
御影葵をはじめとする先輩プログレスとのブルーミングバトルを終えた紗夜たち。 そして、些細な一言がきっかけで、紗夜と天音の関係には変化が生じる。 一方で、世界の敵「ウロボロス」とプログレスの戦いも本格化しようとしていた。
ウロボロスとの戦いを終えた紗夜たちは出撃したプログレスたちが戦闘を行っていた 「龍神諸島」へ調査に向かう。 そこで彼女たちが見た物はウロボロスとの激闘の痕跡だった。
黒の世界「ダークネス・エンブレイス」に赴くことになった紗夜たち。 そこでは、各世界にとって重要なエネルギーである「エクストラ」の減少が確認されていた。 調査を進める彼女たちの前に、立ちはだかったのは――
ヴァンパイアなのに「恥ずかしくて吸血ができない」というコンプレックスを持つアルマリア。 そんな彼女に、ソフィーナは自分の血を吸うよう迫る。 尊敬する先輩からの誘いに、動揺するアルマリアだったが…
ウロボロスの動向を調査するため、赤の世界「テラ・ルビリ・アウロラ」に向かう紗夜たち。 そこで待ち受けていたのはエルエルの親友レミエルだった。 闇堕ちしたレミエルはエルエルに「私たちは友達？」と問いかける。
闇堕ちしたレミエルの一言に深く傷つき悩むエルエル。そんな彼女を慰めようとする紗夜。 レミエルはエルエルをさらに誘い出すため、赤の世界水晶への直接攻撃を開始する。 レミエルを取り戻すため、エルエルが悩んだ末に出した答えとは――
白の世界「システム＝ホワイト＝エグマ」より、コードΩ46セニアからSOS信号が届く。 紗夜たちはすぐさま救援に向かうが、一行の前に闇堕ちしたコードΩ33カレンが立ちはだかる。 カレンは白の世界攻略のためのウィルスを作っていた…。
白の世界水晶に直接ウィルスを打ち込み、世界水晶を破壊させるため、超高速で飛行するカレン。 もはや彼女を止められるのは、加速のエクシードを持つステラだけだった。 紗夜たちの協力を得ながら、ステラはカレンへの追撃を試みる。
徐々に絆を深めていく紗夜たちをみて、ある決意を固めるナイア。 ナイアは単身で緑の世界「グリューネシルト」に乗り込むが、 彼女の前に大量の敵ウロボロス軍団が立ちはだかる。
凍結された天音を見舞う紗夜の前に、闇堕ちした御影葵が現れる。 葵の圧倒的な力の前に、紗夜・アルマリア・エルエル・ステラ・ナイアたち5人は手も足も出ない。 一方、時を同じくして、青蘭島に超巨大ウロボロスの影が迫っていた。
遂に紗夜たちの前に立ちはだかる最強の敵。 紗夜たちは超巨大ウロボロスを倒し、五つの世界とαドライバーたちを救うことは出来るのか。 天音との絆を取り戻すため、紗夜たち「選ばれしプログレスたち」は最後の決戦に挑む。
