世界トップ企業の御曹司であり、勝ち組エリート青年の市ノ宮行（いちのみや こう）はこれまで市ノ宮家の家訓でもある『誰にも借りを作るべからず』を信条に生きてきた。 しかしある日、荒川の橋で出逢ったホームレス少女・ニノに命を助けられる。 恩返しのために彼女の恋人になると誓った行の、荒川の橋の下での生活が始まるのだった。
河川敷の掟に従い自称河童の村長に「リクルート」と命名された行。 自分の状況に激しく自問自答しながらも河川敷で暮らす準備を進める。そして恋人になった自称金星人のニノの奇行にはとまどいを感じながらも、徐々に彼女を意識し始める。 そんなリクを迎えて河川敷の住人たちが歓迎会を開くことになり・・・。
大男で傭兵上がりの“シスター”や、白線の上しか歩けないシロなど、河川敷の電波な人々に衝撃を受ける行だったが、「リク」と呼ばれ彼らとの共同生活を始めることになった。そんな中でも初めての恋人であるニノとのやりとりを試行錯誤していたが、自称ミュージシャンで、ニノに想いを寄せる“星”に挑発され、ニノをデートに誘うことを宣言する。
ニノを初めてのデートに誘いだしたリク。ニノの希望により当初のプランを全て破棄して 荒川の河口を目指して歩いていくことになったが、「恋愛にとって一番大切な『距離感』をマスター」するべくその方法を提案する。 リクとニノのデートの後日。いつもどおりシスターの教会で住人たちが集まりミサが行われていたところへ、ステラという少女が現れる。
可愛らしいステラの凶悪な裏面に圧倒され舎弟認定されてしまったリクだったが、彼女の歓迎会の準備のためシスターに連れられて河川敷の牧場に向かう。そこで牧場主の美女・マリアに出会うが、その超毒舌に打ちのめされるリクだった。だがシスターがそんな彼女に想いを寄せていることを知る。そして今度は野菜の調達のために畑へ訪れ、Ｐ子という少女に出会うが、彼女は破壊的なまでのドジッ子だった。
実はそれぞれに仕事をもっていた住人たちにヒモ呼ばわりされ憤るリク。恋敵の星に挑発され、演奏勝負をすることに。 その勝負の後日。河川敷での仕事を探すリクは鉄人兄弟に泳ぎを教えていたニノに出会う。 ニノの独特な泳法は当然ながら兄弟たちが習得できるはずもなく、泣きだしてしまう彼らを見かねたリクは水泳教室の手伝いをすることに。
村長の提案で橋の下に学校を開くことになったリク。生徒は鉄人兄弟とニノだけだったが気を取り直して授業を始める。兄弟やニノの常識感覚の違いに手を焼きながらもともに授業を楽しみ始めるリクだったが、そこにステラがやって来て・・・。 後日。Ｐ子の畑を手伝っていたリクは相変わらずのドジっぷりに翻弄されていたが、彼女の意外な想い人を知ることになる。
河川敷での非常識な人々との生活に慣れ始めていたリクの元へ、リクが経営する会社の部下である高井と島崎がやって来る。河川敷に住む本当の理由を隠すためにシスター、マリア、シロに協力してもらい橋の下に会社を作ったという嘘を通そうとするリクだった。 リクが幼い頃から仕え、溺愛する高井は、リクにニノという恋人ができたことを知り、本当に２人が恋人同士である証拠を見せてほしいと迫る。
ニノに失恋したショックで落ち込む星は大好きなシスターを想ってはしゃぐステラに「シスターはマリアが好き」だと教えてしまう。ショックを受けるどころかマリアに命をかけた勝負を挑むと意気込むステラと盛り上がる星や鉄人兄弟を見て止めようとするリクだったが・・・。 後日。マスクを脱いで河川敷を出ていた星に会ったリクは、星がニノに出会った頃の話を聞く。
毎年恒例の河川敷の防災訓練に初めて参加するリク。いつもどおりの住人たちの奇行ぶりをツッコミながら皆が何故か村長を慕っていることを知る。 一方、息子がそんなふぬけた生活を送っていることを島崎の報告で知ったリクの父は、その生活を奪うべく河川敷買収に動き出す。
父が河川敷の開発に乗り出し、自分を始めとした住人たちを追い出そうとしていることを知ったリクは、自責の念と幼い頃から培われた父へのトラウマに畏縮していた。だがニノの「私は皆と一緒にここにいたい。」という願いのために生まれて初めて父に抵抗することを決意し、開発中止のために奔走する。そんな中、着々と父の会社『市ノ宮カンパニー』の手が河川敷に伸びようとしていた。
父へのトラウマを乗り越えて河川敷を守ろうとしたリクだったが、やはり圧倒的な父の力を前になすすべもない。ショックのリクだったが、謎の人物の働きにより、河川敷開発のプロジェクトは突如中止となり・・・？
騒動が解決してから数日後。相変わらずのニノや住人たちの奇行に翻弄されるリクは河川敷の美容院へ皆で訪れることに。そこにはちょんまげ頭で日本刀を振るうラストサムライと呼ばれる美容師がいた。
リクの父による再開発計画が中止となり、再び平穏な日々が戻った荒川河川敷。 相変わらず毎晩寝ぼけてリクの家に入ってくるニノに安眠を妨害されているリクは、｢いっそのこと、一緒に住んでしまいませんか？」と提案するが・・・・。
河川敷の住人たちによる野球の試合中、ボールを探して荒川上流までやってきたリクは、アマゾネスと名乗る謎の女と、彼女が率いる天狗たちに出会う。 また別の日の早朝、リクは橋の欄干の上で力尽きていた謎の男を見つけ、 シスターの教会へ運び込むが・・・・。
ニノとトレードしていた自分の部屋へ戻ってきたリクは、掃除をしていて ニノの持ち物であろう缶とカセットデッキを見つける。 缶とデッキの中にあったテープにはニノの過去の秘密を知る手掛かりがあると知ったリクは、ついその中身を聴いてしまう。
P子の提案で、河川敷の住人たちで映画を撮ることになる。 脚本はP子演じるヒロインを巡る男たちの悲劇の学園ラブストーリー。 そんな脚本や住人たちの役づくりに不安を覚えつつも、 ニノの制服姿に少なからずやる気を出したリクは監督を引き受け、 高井とともに撮影を開始するが・・・・
「2BRIDGE×2」で登場した謎の電波男・隊長が再び河川敷にやってきた。 隊長の意外な職業に、河川敷の住人たちは一気に歓迎モードになるが。 そしてまた別の日。その日は河川敷の名物カップル、ビリーとジャクリーンの大切な記念日だと知ったリク達は、 2人の様子を見にいくが、そこには行方知れずのビリーをひとり待つジャクリーンの姿が。
リクの父・市ノ宮 積の命によりリクと、その恋人であるニノの調査を続けていた島崎。 何者かによる妨害でなかなか情報を得られないことに焦りを感じていた彼女は、 ある日ニノの両親からの連絡がきた、という情報を得て再び河川敷へやってくるが、そこで彼女を待ち受けていたものは・・・？
リクの青空教室に、あのアマゾネスがやってきた！ 先日の出会いでリクに惚れてしまったらしいアマゾネス。 彼女の大胆な求愛に、ニノという恋人がいるからと必死で断ったリクだったが、次の日もやってきたアマゾネスと天狗たちに困惑する。 しかし何故か急にアマゾネスが可愛く見えてきて・・・？
リクの青空教室に、あのアマゾネスがやってきた！ 先日の出会いでリクに惚れてしまったらしいアマゾネス。 彼女の大胆な求愛に、ニノという恋人がいるからと必死で断ったリクだったが、次の日もやってきたアマゾネスと天狗たちに困惑する。 しかし何故か急にアマゾネスが可愛く見えてきて・・・？
シロのもとへ、もう6年も帰っていないという北海道の奥さんから『重要書類』が送られてきた。 それを預かったリクはとうとう彼の元へ「離婚届」が送られてきたのだと思い、慌てるが、当のシロはというと、ここしばらくの間、ずっと島崎と二人きりで過ごしていたようで・・・。
『金星行き定例報告会』の日。 村長がロケットには重量制限があることを告げ、金星に行く予定のメンバーたちはシスターのオリジナルエクササイズ、P子のイチゴダイエット、ジャクリーンのエステとそれぞれの方法でダイエットに励むことになったが・・・。
河川敷住人たちの夏祭りの晩。 ニノたちの可憐な浴衣姿に浮かれるリクたちだが、 またしてもアマゾネスと天狗たちが乱入してきた。 ニノに一方的に張り合おうとしてそれなりに努力するアマゾネスを見て、 協力することにした星だったが・・・。
河川敷での王様ゲームが開催されることになった。 王様になった者の命令は、河川敷住人総出で叶えるのだ。 住人たちはそれぞれの願いをかなえるため、 まずは予選の水上バトルステージに挑む。
河川敷での王様ゲーム決勝戦。果たして勝者となる者は！？ そして、ニノたちの金星行きは・・・！？ 荒川アンダー ザ ブリッジ×ブリッジ（第2期）最終話
