鋭敏電子が開発したスーパーコンピューターが"アメリカ王"と名乗る謎の男に奪われた！ アメリカ王の手からスーパーコンピューターを取り戻せるのは、 伝説のハッカーBPS（バトルプログラマー・シラセ）のみ！ 鋭敏電子の秋月は、スーパーコンピュータの奪還を依頼すべく、BPSに接触するが……
スーパーコンピュータ奪還のため、鋭敏電子日本本社へと向かう、白瀬。 しかし、彼の目の前で、鋭敏電子日本本社ビルは爆破されてしまう。 スパコンを使い、鋭敏電子本社のコンピューターへと爆破ウィルスを送り込むアメリカ王。 鋭敏電子本社を救うため、白瀬は秋月の携帯を使いネットへの接続を試みるのであった……。
秋月の携帯（イ-mode）でネットへと接続した白瀬。世界最高クラスの演算能力を誇るスーパーコンピューターを擁するアメリカ王VS神の指を持つバトルプログラマー白瀬。 次々と攻撃プログラムを鋭敏電子のコンピューターに送り込むアメリカ王に対し、白瀬は彼の一手先、二手先を読み、防御プログラムを実行する。 そして、ついには白瀬のプログラム能力がスーパーコンピュータの演算能力を凌駕し、スーパーコンピューターは、オーバーヒートしてしまうのだった……。
千葉県九十九里沖で政府がチャーターした貨物船が座礁した。表向きは重油となっている貨物船の積み荷は、なんと政府が極秘で輸送していたプルトニウムだったのだ！ しかも、防衛庁の海保のコンピューターがハッキングされ、事件の詳細を記したデータが何者かの手に！ プルトニウムを狙っているとおぼしき不審船が暗躍する中、東京物理大学戦略ネットワーク研究室の林教授から物理的警護のみではプルトニウムを守りきれないと指摘された海上保安庁の秋月は、BPSに電子警護を依頼するのだった。
プルトニウム貨物船を座礁させ、その事故情報を某組織に売り渡したのはアメリカ王だった！ アメリカ王より情報を得た某組織は嵐に乗じて九十九里へと不審船を進める。 一方、九十九里に臨海学校でやってきた美紗緒は嵐の中、中等部の川原とふたり岩場に取り残されてしまうのだった……。
不審船の進行を止めるため、また岩場に取り残された美紗緒を救うためBPSはキーボードを叩く！ 灯台の光を集め不審船の動きを止めたBPSは、美紗緒たちを救うため電線を切断する！ BPSが見守る中、電線をロープ代わりにして岩場を脱出する美紗緒と川原。 だが、美紗緒を助けるため電線を切断したことが災いし、灯台の光は消えてしまう。 活動を再開する不審船。 BPSは、不審船の動きを止めるため旧ソ連が廃棄した軍事衛星を九十九里に落下させるのだった……。
国内に存在しないとされる核兵器……。 あるはずのない兵器の制御装置が何者かによってハッキングされれた！ 食料援助を断られた某国による非合法報復なのか!? 事態を重く見た陸上自衛隊幕僚監部秋月三佐はBPSに協力を依頼する。成層圏で核ミサイルを爆破し強力な電磁波を発生させることで地上の電子機器のすべてを使用不能にしようとする相手に対し、BPSは防御障壁をプログラムを構築することで対抗せんとする……。 だが、米軍の介入により事態は一転、BPSが構築していたプログラムも含め事件に関する全てのデータは米軍の手に渡ることとなる。 日本より引き渡されたデータを解析しハッキングを阻止した米情報海軍の少女プログラマー柚木頼子はBPSの構築した防御障壁プログラムに強い関心を示す。そんな彼女がとった行動とは……。
美紗緒の通う学校に転校してきた頼子は、美紗緒と仲良くなることでBPSに接近する。 自らの夢を語りBPSにパートナーにならないかと誘う頼子。 言葉を濁すBPSに頼子は問う。 『あなたの夢は？』と。 だが、頼子の問いにBPSは答えを返さなかった……。
核兵器制御装置をハッキングした連中が再び動き始めた！ 緊急招集を受け、対処にあたる頼子。 だが、ハッカー連中の裏には"あの"アメリカ王率いるキャラテック社が！ 核兵器の成層圏爆破をあきらめたハッカーたちの狙いは核兵器の地上爆破！ 地上で核兵器が爆発すれば、美紗緒たちの住む町も核汚染されてしまう……。 頼子の脳裏に美紗緒の笑顔が浮かぶ……。 ピンチに陥った頼子のもと一通のメールが届く。 それはBPSからのメールだった！ BPSの助けを借りてハッカーたちの野望を打ち砕く頼子。 短い休暇を終えた頼子は、BPSや美紗緒との思い出を胸に日本を後にするのだった。
美紗緒の担任、本木紗英は最近なんだか浮かない様子。 それというのも家族から早く結婚するよう迫られているからである。 やけ酒を飲んで、路上で寝ていた紗英は、偶然、高校時代の先輩、白瀬（BPS）と再開する。 悩みをぶちまけるだけぶちまけるとお巡りさんの自転車を拝借してふらふらと去っていく紗英。 一方、BPSも姉に早く結婚するよう迫られていた。 急遽、持ち上がったお見合い話。姉の命令には逆らえないBPSはしぶしぶ会場へと向かう。はたして、BPSのお見合い相手とは誰なのか!? 美紗緒の想いはどうなる!?
BPSのお見合い相手は、紗英だった！ BPSと紗英のお見合いが迫る中、会場となるホテル・ニュービューティフル習志野を舞台にアメリカ王の恐るべき計画が実行へと移される。 男女の精神を操る電磁波を使い、ブライダルコンサルタント事業に手を出そうとしていたアメリカ王は、計画の第２段階として、 ホテルを訪れた男女をエレベータに閉じこめようと計画していたのだ！ 度重なる異変を重く見た一級結婚仲介士の秋月はBPSに事件の解決を依頼するのだった！
アメリカ王の計画は実行に移された！ 紗英とともにエレベーターに閉じこめられてしまうBPS！ 電磁波に操られてか（？）BPSに想いを告白し始める紗英！ 色っぽい紗英の態度に思わずBPSもその気に!? "このままではマズイ" とBPSが思ったそのとき、彼の携帯に一通のメールが届く。 それは、米情報海軍の少女プログラマー柚木頼子からのものだった。 かねてよりアメリカ王の計画を察知していた頼子は、アメリカ王の野望を打ち砕くため、BPSの救出に乗り出す！ 頼子によってピンチを脱したBPS。お見合いはうやむやの内に終わってしまったが、紗英の告白が果たして電磁波に操られてのものだたのか、そうではなかったのか……それは誰にわからなかった。
BPSはソフト開発会社でのアルバイト中、謎の美人ホステスと知り合った。 彼女に、パソコンのことを教えてくれと頼まれ、少々戸惑い気味のBPS。 そんな中、警視庁公安部の秋月がBPSを尋ねてくる。 秋月は、このところ著名なコンピューター技術者たちが連続して姿を消すという事件が発生しているとBPSに告げ、警戒を促すとともに事件の解決を依頼するのだった。
BPSが謎の美人ホステス川原砂姫にパソコンを教えると約束した日は、美紗緒ちゃんが中等部のサッカーの試合を応援するためチアリーディングをする日でもあった！ 美紗緒ちゃんか美人ホステスか思い悩みつつも、結局、美人ホステスのマンションを訪れるBPS。 一抹の不安を抱えつつも、砂姫のマンションを訪れたBPSは、早速、パソコンの設定に取りかかる。 そこに現れたのは、砂姫の友人だと名乗る謎のニューハーフ！ その男（？）こそ、一連の技術者誘拐事件を起こした犯人だったのである！ 咄嗟の機転で、電源をショートさせ、ニューハーフを撃退するBPS！ 警視庁公安部の秋月も駆けつけ、事件は一件落着かと思いきや、謎のニューハーフはBPSが護身用に用意していたマグネシウム弾を逆に利用し、BPSを連れ去るのだった……。
砂姫とともに謎のニューハーフによって誘拐されてしまったBPS。 BPSと砂姫はヘリに乗せられいずこかへと移送されていた……。 事態を打開すべくBPSは 砂姫の携帯を使い、現在の位置を察知。また海上保安庁を誘導するとともに、秋月にも連絡をとる。秋月からヘリへと無線連絡が入り、うろたえるニューハーフ。 その時、ヘリを運転していたパイロットがニューハーフに注射を打ち、彼（？）を失神させた。 ヘリを運転していた男こそ、BPSが以前所属していたMPS（三浦プログラミングスクール） の三浦校長だったのである。 「ミカも会いたがっている……」 三浦はそう言い残すと、ヘリからパラシュートを使い飛び降りたのだった。 なんとか窮地を脱したBPS。 だが、謎は残されたままである。 三浦とBPSの間に一体どんな過去があったのか？ ミカとは？ 多くの謎を残したまま、この物語はひとまず幕を閉じるのであった。
