とある城下の酒場に現れた、黒いよろいの剣士が起こした事件。それは酒場にいた城の兵士を大剣で襲ったというもので、剣士の捜索で町中が色めき立つ。領主はその報告を受けると、なんと軍を率いて町を破壊し、剣士をおびき出す。そして現れた剣士はボウガンで領主を倒すが、領主は大蛇の化け物になってよみがえった！ 攻撃を受け、絶体絶命の剣士……。起死回生に左腕の義手大砲を放つと、領主は体を吹き飛ばされてしまう。さらに剣士は矢で止めをさし、立ち去っていく。――この剣士の名はガッツ。この男の若き日の物語が今始まる。
少年時代のガッツ――。傭兵として各地を渡り歩いていたガッツは、ある戦場で“灰色の騎士”と恐れられていたバズーソを倒した。一方、そんなガッツの姿を、敵方の傭兵に雇われていた“鷹の団”の団員たちが目撃。戦いが終わり、旅立つガッツの報奨金を狙って、鷹の団のコルカスらが襲いかかった。しかしガッツはコルカスらをものともせず、駆けつけた鷹の団NO.2のキャスカも一蹴する。しかし、助けに来たグリフィスはたった一太刀でガッツを昏倒させてしまった！ 鷹の団で治療を受け、回復したガッツはグリフィスに再戦を挑む。
剣を交えるガッツとグリフィス。ガッツの激しい撃ち込みを難なくさばくグリフィスに対し、ガッツは剣を捨て肉弾戦を挑む。しかし格闘でもグリフィスにはかなわず、ガッツは肩の関節を極められる。グリフィスはそのままガッツの肩を外し、決闘は終了した……。事前の約束通り、鷹の団に入団することになったガッツ。初仕事は敵本陣の物資倉庫を撃破する一団に参加し、その最後尾を守ること。ガッツは任務中、敵に囲まれ危機に陥るが、そこにグリフィスが駆けつけガッツを救出。他の鷹の団のメンバーもガッツの働きを認め、ガッツを仲間として迎え入れるのだった。
夜襲の翌朝。ガッツは、グリフィスから壮大な野望――自らの国を手に入れるという夢を聞かされる。それを聞いたガッツは思わず、自分の過去に想いをはせる……。ガッツは生まれた時にすでに親を亡くし、ガンビーノに育てられた。しかしガンビーノは戦場で負傷し、精神の安定を失うと、ガッツを殺そうとした。自らの命を守るため、ガンビーノを殺し、逃げたガッツ。――それから4年後、鷹の団と出会ったガッツはその3年後には鷹の団の幹部として活躍していた。
鷹の団の切り込み隊長として活躍するガッツ。しかし千人長のキャスカは、ガッツの無茶な行動に腹を立て、二人は衝突ばかりしていた。そんな折鷹の団はミッドランド王国正規軍に任命され、作戦指令を受ける。指令は敵補給基地を制圧すること。早速、行動に出た鷹の団は見事な動きで敵補給基地内に侵入する。だが、補給基地の守備をするアドンが火薬庫に火を放ち逃走。それを目撃したガッツは仲間に退却を命令し、爆発に巻き込まれずにすむ。そして、作戦を成功させた鷹の団に与えられた次なる使命は、城攻めという大役だった。
敵の城塞をほぼ制圧した鷹の団。だが、敵の大将を倒すことが出来ず、その本丸を占拠することが出来ない。しびれを切らしたガッツは一人、本丸の中へ入ると、そこには怪物と見まがう大男がいた。……“不死のゾッド”！ 100年以上も戦場で猛威を奮い、けっして死ぬことはないと言われている伝説の存在だ。ガッツはゾッドと闘うが、攻撃が通じず、しかもゾッドは怪物の姿に変身する。グリフィスが部下を連れて救援に来たが、ゾッドにはまったく歯が立たず、柱に打ちつけられて気絶してしまった。しかし、とどめを刺そうとしたゾッドは、グリフィスのベヘリットを見て攻撃を止める。そして、ガッツに不気味な預言を残すと、空へと羽ばたいて消えていった……。
ゾッドとの戦いで傷つき、療養中のグリフィス。一足早く回復したガッツは見舞いに行こうとするが、キャスカたちがそれを止める。グリフィスの部屋に重臣たちが来ていて、中には入れないというのだ。だがお構いなしにガッツは行こうとして、キャスカに殴られてしまう……。渋々引き返したガッツが翌日、剣を振るっていると、そこにグリフィスが現れた。グリフィスは、なぜ自分を助けたのかと問いかけるガッツに、理由はないと答える。その時ミッドランド国王が通りかかり、グリフィスに娘のシャルロットを紹介する。その後、グリフィスが回復すると、またも新たな作戦が命じられた。
川沿いに面し、難攻不落を誇るブラックス砦の攻略を命じられた鷹の団。グリフィスの作戦で、ガッツは川にロープを張って渡り、砦の裏側から乗り込むことにした。砦の正面ではグリフィスたちが砦の警備隊――アドンたちを引きつけている。ガッツたちが砦の内部に入った合図をすると、鷹の団は一世に砦へと襲いかかった！ 慌てふためくアドンはさっさと脱出してしまい、鷹の団は見事ブラックス砦を攻略した。この功績が認められ、ついにグリフィスは伯爵の称号を受ける。しかしそれは、グリフィスを妬む人間には許しがたい出来事だった……。
王国の恒例行事“秋の狩り”の警護をすることになった鷹の団。グリフィスは狩りに初めて来たシャルロットの側にいて話し相手になっていた。すると突然、シャルロットの馬が狩りの獲物に脅え、走り出してしまう。すぐさま追いかけて、馬をなだめるグリフィス。その時、何者かが放った弓矢がグリフィスの胸に突き刺さった！ ……しかし、矢は偶然にもベヘリットへ当たり、グリフィスは無傷で済む。その後、矢に塗られた毒から真犯人がユリウスであることを突き止めたグリフィスは、ガッツにユリウス暗殺を命じた。
ユリウスを暗殺したガッツは、勢い余ってユリウスの息子も殺してしまった。自分の行為に戸惑いながら逃げるガッツは、身を隠すために飛び込んだ下水道の中で気を失う……。夢の中で養父・ガンビーノを殺した過去にうなされ、ガッツは苦悩する。そして意識を取り戻したガッツは、キャスカと共にグリフィスの元へ向かう。グリフィスは宮廷の噴水でシャルロットと語らっていた。偶然、友とは自分と対等の者、と語るグリフィスの言葉を聞き、ガッツは衝撃を受ける。そしてその言葉は、ガッツの胸に深く刻み込まれるのだった。
ついにチューダーとの最終決戦が始まった。ミッドランド軍の先陣を務め、獅子奮迅の活躍をする鷹の団。真の友とは自分と対等の者だ、というグリフィスの言葉が重くのしかかるガッツは、戦いに没頭してその言葉を忘れようとする。一方、月のものが始まり体調の悪いキャスカは、アドンに苦戦し絶体絶命の危機に。その危機を救ったのはガッツだった。圧倒的な力でアドンを撃破したガッツ。だが、失神したキャスカを助けようとした瞬間、アドンの放った矢がガッツを捉えキャスカともども崖から転落してしまった！
崖から転落後、洞窟に身を潜めたガッツとキャスカ。ガッツはキャスカが鷹の団に入ったいきさつを聞く。貧しい農村で生まれた自分が、グリフィスと出会い戦って勝ち取る生き方を教えられた、と語るキャスカ。それ以来、キャスカは鷹の団に入りグリフィスに心酔する。しかし、そのグリフィスも夢の実現のために苦悩していることを知り、キャスカは一層グリフィスのために働きたいと思うように。だが、ガッツの出現でグリフィスが変わり、キャスカは嫉妬していたのだ。そんな思いをガッツにぶつけるキャスカ。その様子に戸惑うガッツだが、そこへアドンの手先が近づいて来た。
アドンの追跡を振り切ろうと夜の森を走るガッツとキャスカ。だが、キャスカの体力が回復していないためアドンの軍勢に取り囲まれてしまう。次々と襲いかかる兵士やアドンの弟サムソンを倒したガッツだったが、自分も深い傷を負ってしまった。キャスカだけでも逃がそうと、決死の覚悟でアドンたちに切り込んでいくガッツ。キャスカは決心を固め、必ず仲間を連れて戻ると走り出す。何とか追っ手を倒しつつ逃げるキャスカ。だが、ついに力つきて敵に押さえ込まれてしまうのだった！
絶対絶命のキャスカを、シュドー達の捜索隊が救った。すぐにガッツ救出へと向かったキャスカ達。もとの場所に戻ってみるとガッツは敵兵の死体の山の中で眠っているのだった……。鷹の団に戻り手当てを受けたガッツは、テントを抜けだしキャンプの様子を見ていた。そこにやって来たキャスカにガッツは言う。グリフィスやお前のように賭けるものを持っていない自分にとって、鷹の団はちょっと立ち寄っただけの場所だと、その言葉に驚いたキャスカはガッツが鷹の団を離れるつもりだと気づく……。
ここの攻略が戦の行方を決すると言われる要衝ドルドレイ城塞。だが、守備を務めるチューダー最強の紫犀聖騎士団によって、ミッドランド軍は苦戦を強いられていた。しかし、グリフィスは、その攻略に名乗りを上げる。実はこの城塞の総督は、かつてグリフィスが取り入った領主ゲノンだったのだ。一方、そのゲノンはグリフィスの噂を聞き、紫犀聖騎士団の将軍ボスコーンにその生け捕りを命じる。難攻不落の城塞に背水の陣で挑む鷹の団。鷹の団として剣を振るうのはこれが最後と心に決めたガッツは、敵陣の奥深くまで突進し、紫犀聖騎士団の陣形を切り崩していくのだった……。
一度は敵陣に食い込んだものの退却する鷹の団。ゲノンは追撃をかけるが、それは城塞の守りを手薄にするグリフィスの策だった。隙を突いて城内に攻め込んだキャスカ達は、中に残っていたアドンを倒し、城塞を制圧。一方ガッツは、敵将ボスコーンとの一騎打ちで剣を折られ危機に立たされるが、どこからともなく飛んできた剣を手に取り、辛くも勝利した。チューダー軍は総崩れとなり、グリフィスに命乞いをする総督ゲノン。だがグリフィスは、あの時はあなたを利用させてもらったまでと言い、ゲノンを一突きするのだった。
熱狂的な民衆に迎えられ、鷹の団は王都に凱旋した。しかし王妃達は、グリフィスを葬り去る陰謀を企てていた……。王宮の祝賀会に出席した鷹の団は貴族達に引っ張りだこ。その雰囲気になじめないガッツに、こんな場所が嫌いなのになぜ、と聞くキャスカ。ガッツはそれに、グリフィスのことを見届けようと思った、と答える。それを聞いたキャスカは、鷹の団を離れるガッツの決意が固いことを知る……。そんな中、王によってグリフィスが将軍に叙せられることが伝えられ、それを祝して乾杯が執り行われた。だが、杯を飲み干したグリフィスは、その場に倒れてしまう！
グリフィス毒殺に、祝賀会は騒然とした雰囲気に包まれた。一方、陰謀の成功に上機嫌の王妃達。だが、王妃達の集まった館が火に包まれた。驚いた王妃が窓から外を見ると、そこには殺したはずのグリフィスが。陰謀を察知したグリフィスはフォスを取り込み、逆に王妃達を罠にはめたのだ。この策略を知る者はグリフィスとガッツのみ。全ては闇へと葬り去られたのだった。数々の事件の余韻も薄れた雪の降る夜。部屋から外を眺めていたキャスカは、旅立つガッツを見つける。ガッツを追ったキャスカは、鷹の団から出ていこうとするのを引き留めるが……。
キャスカやジュドーら仲間の説得も聞かず出ていこうとするガッツ。その前に立ちふさがったのはグリフィスだった。お前はオレの物だ、出ていくなら3年前と同じく剣で自分をもぎ取って行けと言うグリフィス。3年の間にガッツも腕を上げ、もはや腕は互角。踏み込んだグリフィスの剣を弾き、肩めがけて剣を打ち下ろすガッツ。勝負は一瞬で決まった！ 呆然とするグリフィスを残してガッツは去ってしまった……。その夜、シャルロット姫の部屋に忍び込んだグリフィスは姫の体を奪う。だが翌朝の帰り道、グリフィスは城の近衛隊に捕らえられてしまうのだった。
あれから一年、各地を放浪して剣を振るっていたガッツは、山間で鍛冶屋を営むゴドーのもとに身を寄せていた。一心不乱に修練に励んでいたガッツは、これを振ることでしか自分は生きられないと確信。世話になっていたゴドーのもとを出て旅に出ようとする。だがその時、鷹の団が反乱軍として追われている事をガッツは知る。森の中で野営する鷹の団。一年に及ぶ逃走で兵も減り、団長代理を務めるキャスカは疲れ切っていた。そこに賞金稼ぎ達が急襲する。突然の夜襲に応戦できない鷹の団。キャスカも敵兵に追いつめられる。だが、その危機を救ったのはガッツだった！
ガッツの出現で勢いを取り戻した鷹の団は、ついに敵を撃退。喜びの再会もつかの間、鷹の団に起こったことを知らされたガッツは驚く。ジュドーは、反逆罪で捕らえられて拷問を受けるグリフィスの救出計画をガッツに伝える。一方、ガッツに厳しい表情を見せていたキャスカは、お前が全てを台無しにしたんだ、と斬りかかった。そんなキャスカに、どうすりゃよかったんだと答えるガッツ。互いの心情をぶつけて心の通じ合った二人は、ついに結ばれるのだが……。ガッツが戻り、態勢を整えた鷹の団は、ついにグリフィス救出に向けてウィンダムに出発する！
ウィンダムの町外れの墓場にやって来たガッツ達は、隠された地下道から再生の塔へと向かう。その頃、残った鷹の団では信じられない事が起きていた。突如現れた怪物が、鷹の団に襲いかかったのだ。居合わせたリッケルトは、あまりの恐怖に立ちすくむ……。塔の中に突入したガッツ達は、最下層にある拷問室へ。そこで目にしたのは、変わり果てたグリフィスの姿だった。怒り震えるガッツは拷問官を剣で貫くと、押し寄せた警護兵を次々となぎ倒して階段を進んでいく。返り血を浴び血だるまのガッツは、塔の外で待ち伏せていた兵も切り倒し、グリフィスを連れて逃走するのだった。
ミッドランド軍の追っ手を退けたガッツ達だったが、グリフィスが戦えないことが分かり、鷹の団に動揺が走る。そんな中、ジュドーはガッツに今度こそはキャスカを連れて行けよ、と言う。だがキャスカは、自分はグリフィスとともに残ると言うのだった。その時突然、グリフィスの乗った馬車が走り出した。幻影に導かれ自由の利かない体で馬車を操るグリフィスだが、馬車から放り出されて沼に落下。するとその手には失ったはずのベヘリットが……。そして馬車を追って来たガッツがグリフィスに駆け寄ると、日蝕が始まった！
突如出現した異空間に慌てふためく鷹の団。グリフィスを抱え上げたガッツは、血涙を流すベヘリットに気づく。そこへ4人のゴッド・ハンド達は、グリフィスは魔王へ転生し、鷹の団はその生け贄になるのだと言う。その言葉に呼応して周りの人影が、使徒へと変形し始めた。ゴッド・ハンドの一人、ボイドが降魔の儀を執り行うと言うと、地面が巨大な腕となり、グリフィスをゴッド・ハンド達の前に差し出す。ゴッド・ハンド達に自分の原風景を見せられたグリフィスは、無数の犠牲の上に夢を追求し、その夢がまだ達成されていないことを思い出す。ボイドは言う、夢を見果てぬなら、お前に残された全てを捧げれば新たな力を与えようと。一方ガッツは、巨大な腕を登りグリフィスに近づこうとする。それを見たグリフィスの唇が「捧げる」と静かに動く。するとボイドの手から放たれた光が、次々と鷹の団に烙印を刻み、それを合図に使徒達が一斉に鷹の団に襲いかかる！
使徒達に無惨に殺されていく鷹の団。だが、ジュドーやキャスカ達は、この悪夢から逃れようと必死でもがく。一方、ガッツは巨大な手の祭壇からグリフィスを救い出そうとするが、そこにも使徒達が迫る。絶望の中、使徒と戦うガッツの目に餌食にされようとするキャスカが写った。それを救おうとするガッツだが、腕に使徒が食らいつき動けない。その時、グリフィスが転生した新たなゴッド・ハンド、フェムトが誕生した。ガッツの前に舞い降りたフェムトは、あろうことかその眼前でキャスカを犯す。それをただ見せつけられるだけのガッツの右目には、怒りと憎悪、絶望と悲しみが刻まれるのだった……。時は経ち、鍛冶屋ゴドーのもとから旅立つガッツの姿があった。そしてその背中には巨大な剣が……。
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