ベイスタジアムで戦って最後まで残った方が勝つ、超高速回転で行われる新時代のベーゴマバトル、それがベイブレードだ！
カイのベイブレード「ドランザー」と対決し、自分のベイブレードを破壊されてしまったタカオ。だが強敵の登場にタカオは闘志を燃やし、キョウジュやアキラの協力を得て新しいベイブレードを作り出す。
練習中だったタカオは、川でおぼれた子犬を助けたのをきっかけにマックスというブレーダーと出会い、仲良くなった。さっそくマックスと勝負するタカオ。
『スーパーバトルトーナメント』、それはブレーダーたちが夢見る日本一への一本道だ。タカオもキョウジュもマックスも、そしてカイもその戦いの場へと参加していた。
最後の予選ブロックDとで20人の参加者を倒し勝ち残った少年レイ。その未知の強さにタカオが闘志をかきたてられる中、準決勝の第1試合マックスvsカイが始まった。
バトルトーナメント2日目、準決勝第2試合。昨日の夜からキョウジュの姿がないことを気にかけつつもタカオは試合にのぞんだ。
祖父達の応援を受けて決勝戦に向かうタカオ。待ち受けるは強敵カイとドランザー！ タカオはいきなり必殺技で勝負をかけ、その嵐でカイを吹っ飛ばす。
タカオたち日本代表チームは、キョウジュを専属メカニックに加え、まずアジア大会に向けて出発した。最初の目的地は香港。初の海外旅行に、タカオはちょっと浮かれ気味。
タカオたちに挑戦者をけしかけた少年の名はキキ。彼はレイを挑発し、勝負を持ちかけてくるが、そこで黙っていられないのがタカオだ。再び始まるバトル！
いよいよ始まるアジア大会。タカオたちはAブロック第1試合でタイチームとぶつかった。レイもマックスも、予想以上に強い相手に苦しめられるが、なんとか勝利を収める。
レイから白虎を取り返そうとする中国チーム。中でもキキは、香港での一件があり特に執念を燃やしていた。
白虎の力を失ったレイは、チームの足手まといにならぬようにと、置き手紙を残して姿を消してしまった。だが、それを納得できないタカオはレイを追って飛び出してしまう。
大会もいよいよ準々決勝を迎え、中国チームはモンゴルチームとの闘いにのぞんでいた。先鋒のガオウは空腹のために集中出来ず、熊の聖獣を出現させながらも敗退してしまう。
準決勝の朝、タカオは夜更かししたために思い切り寝坊していた。レイが起こそうとするも失敗し、結局タカオとレイを残してメンバーは先に出発することに。
いよいよ決勝戦の幕が切って落とされた。第1戦はマックスvsガオウ。共に最大の防御と攻撃を誇る聖獣のビットのぶつかり合いとなった！
紫禁城を模したスタジアムで始まる決勝戦第2試合。レイはマオとのファーストバトルへ臨むが、マオのガルクスの不意打ちと一瞬の迷いで遅れを取ってしまった。
タカオvsライ、中国大会決勝の火蓋が切って遂に落とされた。砂と岩に覆われたステージで先制攻撃を仕掛けるドラグーン。しかしライのガルオンは、あっさり逆転し強さを見せつけた。
世界大会への切符を手にしたタカオたちが一休みするため戻った日本では、今やベイブレードがブームとなっていた。日本チームの活躍がそれに火を付けたのだ。
いよいよアメリカへ降り立ったタカオたち日本チームが最初に目指すのは、アメリカのベイブレード研究所だ。そこではキョウジュが目を輝かせるほどの最先端技術がベイブレードに注がれていた。
ひとまず見学が終わりジュディと食事を共にする日本チーム。後は宿に戻るだけなのだが、そこでタカオが1つ提案をする。
アメリカチーム1軍の実力を見せ付けられ悪夢にうなされるキョウジュ。そんな時、タカオたちの元に大転寺会長から特訓場所を示すメールが届く。
アメリカ大会前夜祭のチャリティ会場。そこでは特別イベントが始まろうとしていた。それは大会参加者から選ばれた世界選抜チームとアメリカ大統領チームによるドリームマッチ！
いよいよ幕を開けたアメリカ大会。日本チームの最初の相手はメキシコチームだ。第1試合にレイを登録しようとするキョウジュ。だが、そこでカイが初めて動いた。
タカオたちの次の相手はエクアドルチーム。試合の朝、エミリーは日本チームの負けと、エクアドルが最も警戒すべき敵であることを告げる。
いよいよ準決勝を迎えたタカオたち。相手はブラジルチーム、そうチャリティマッチでマックスと共に闘ったマリオのチームだ。
決勝戦前夜。既にデータ収集を終え、万全を期したアメリカチーム。対する日本チームはキョウジュがマックスを外したメンバー編成を提案していた。
果敢に攻めるも圧倒的なパワーの前に為す術のないタカオ。だが、カイとレイが与えた助言により活路を見出し、苦戦の末に必殺のファントムハリケーンで逆転勝利を収めた。
アメリカチームのリーダー、マイケルの力は凄まじかった。第1セット、緊張の取れないマックスのドラシエルをたった一撃で場外に叩き出したのだ。
アメリカ大会を終え、日本チームは次の戦いの場、ロシアへ向かうことになった。旅立ちを前に、キョウジュはこれまでの戦いを振り返る。
世界大会決勝戦の舞台、ロシアへ一路向かうタカオたちは今、豪華客船の上だった。プールに食事、ゲームと娯楽だらけの船内だが、キョウジュに説得されタカオたちは過去の教訓を踏まえた訓練に入った。
イギリスに到着したタカオたちは、食事をしに行っている間に何と船に置いて行かれてしまった!?
陸路でロシアへ向かうことになったタカオたちは、高速列車でフランスを目指す。何故か客の姿がない列車に、貸切だとはしゃぐタカオ。だが、不審に思ったレイは車内を調べに出た。
世界大会の妨害を狙う“チームWHO”。カイは、強敵の出現に備えるべく、1人姿を消す。一方、置いていかれたタカオたちは見物も兼ねてパリの街へと繰り出していた。
チームWHOを退け、束の間の休息を得た日本チームは思い思いの場所へ出かけていた。タカオも、キョウジュと共にルーブル美術館に行く事に。
オリビエの言葉に従いイタリアにやってきた日本チームは、チームWHOのカイロナを倒したという少年、ジャンカルロの家を目指す。
ジャンカルロに完敗したタカオ。だが、落ち込むどころか次こそは勝つと、訓練に打ち込んでいた。キョウジュやレイ、マックスも進んでそれを手伝い、アンフィリオン打倒の秘策を相談する。
ジャンカルロはタカオたちを連れて、仲間であるラルフの城へと向かう。そう、豪華客船で圧倒的な力を見せたあのラルフの元へ。
打倒ラルフ、打倒ジョニーを誓ったタカオたちは、ラルフの城に居座ってでも意見を通すことを決める。そんな中、カイは一人敗戦から立ち直るべく特訓を自分に課す。
リベンジに燃えるカイは、特訓の成果でジョニーの必殺技ファイヤーロッドを一度は防ぐが、聖獣同士の戦いに持ち込まれ大苦戦する。
ヨーロッパを離れ、一路ロシアへと向かうBBAチーム。今、彼らの関心は謎に包まれたロシアチームにあった。全ての試合を負けなしで来ている強豪ロシアに、タカオは闘志を燃やす。
ヴォルコフ修道院で見た光景を夢に見てうなされるカイは、1人原因を探りに修道院へ潜入する。一方のタカオたちも、やはり見物やトレーニングに出かけるが、そこで懐かしい相手と出会う。
カイの前に立つヴォルコフ。彼は修道院で訓練していた頃のカイを知っており、自分たちの元“ボーグ”へ帰ってくるように言う。しかし、カイは昔の自分ではないと警備員を振り切って脱出を図った。
カイが戻らぬまま夜は明け、ヴォルコフバトルドームの完成記念マッチ、ロシアｖｓアメリカチームの試合が始まろうとしていた。第1試合はスティーブｖｓイワン。
まるでシェルキラーの頃に戻ってしまったかのごとく、ただ強さのみを求めるカイは、ロシアチームの他のメンバーを無視して中国チームに対してさえ1人で戦うことを決めてしまった。
仲間だと思っていたカイの離反にタカオたちはショックを受けていた。が、そこへカイからの招待が舞い込む！ ジュディたちを見送りに行ったマックスを除いたメンバーはこれを受けて一路バイカル湖へ。
タカオたちと和解したカイは、ボーグ本部へと舞い戻る。そしてブラックドランザーで施設を破壊すると、今度こそボーグに別れを告げるのだった。
徒歩で会場へ向かう羽目になったタカオたちBBAチームは、通りがかりのジャンカルロたちユーロチームのバスに拾われる。だがボーグへの怒りでタカオは平常心を失っていた。
ついに世界大会決勝、BBA対ロシアの戦いが始まろうとしていた。我こそはと先鋒を買って出ようとするタカオ。だが、それを制してカイが名乗りを上げる。
カイがまさかの敗北を喫し、後の無くなったBBAチーム。次鋒はレイ…対するはファルボーグを操るボリスだ。だが、試合が始まるやファルボーグの攻撃はドライガーだけでなく、レイをも襲った！
決勝の最終試合を前に、タカオはカイを相手に特訓に余念がない。そこへ現れるマイケル、ラルフ、ライ。彼らも特訓に協力するために来たのだ。
そして始まった第2セット。突然吹き荒れるブリザードに閉じ込められるタカオ。何とそこはウルボーグが作り出した異空間だった。
